清初官制，大體承明之舊，只是對明朝官制中突出的弊端稍加厘革。直到雍正、乾隆時候，才逐步調整，從而穩定下來。清朝中央機構仍設內閣、六部、都察院及各卿寺。
清朝內閣沿襲於明朝。入關前，皇太極曾創設文館，是為內閣的雛形。後來又把文館擴展為內三院，即內國史院、內秘書院和內弘文院，負責起草文書、撰擬詔令、編纂史書、頒布制度。入關後，仍設內三院，順治十五年(公元1658年)始稱內閣。三年後復改內三院，康熙九年(公元1670年)恢複內閣。設大學士、協辦大學士、學士，俱滿、漢分授。大學士仍冠以殿閣之名。清初有四殿(中和殿、保和殿、文華殿、武英殿)二閣(文淵閣、東閣)，乾隆時去掉中和殿，增設體仁閣，為三殿三閣。清朝內閣雖居百官之首，但權力又遜於明朝。因為清初政務中心是議政王大臣會議。議政王大臣會議，是清朝初期滿洲親貴大臣商討並決定軍國大政的一種形式，稱為「國議」。其源可以上溯到努爾哈赤時代諸貝勒共議國事的制度。皇太極時參與議政人員的範圍有所擴大，故稱議政王大臣會議。清朝入關後，議政王大臣會議仍握有很大權力，內閣只不過負責一般例行的票擬。清聖祖親政後，在宮內設南書房，選翰林官入內當值。入值者得參與機密，擬寫諭旨，於是內閣之權又分於南書房。雍正七年(公元1729年)，清世宗設軍需房，不久改名軍機處。軍機處本是秉承皇帝意旨指示軍事機宜的機構。清高宗即位，改名總理處，後仍復舊名。軍機處地址在今故宮隆宗門內的北邊。設軍機大臣和軍機章京，均為兼職。軍機大臣的全稱叫「軍機處行走」，或「軍機大臣上行走」，初入軍機處或資歷淺者則稱「在軍機大臣上學習行走」，歷事一段時間後，再去掉「學習」二字。行走是入值辦事的意思。軍機大臣由皇帝從滿、漢大學士和各部、院、寺長官中特簡，或由軍機章京升任。軍機大臣之間無統屬關係，以品高資深者為班首。軍機處總的職責是「掌軍國大政，以贊機務」(《清史稿·職官一》)。自軍機處成立後，皇帝對中央及地方機構或官吏有所指示，都由軍機處起草諭旨，皇帝閱定後，可以公開宣示的交內閣頒發，稱作明發；機密的或個別諭行的由軍機處封寄，稱作廷寄。不僅內閣無權過問，連議政王大臣也形同虛設，南書房也只管供奉詩文書畫了。議政王大臣會議在乾隆五十六年(公元1791年)下諭取消，南書房延續到光緒二十四年(公元1898年)取消。「軍機大臣，惟用親信」，一切秉承皇帝的意志行事，欽承宸〔辰〕斷，表明君主集權達到空前的高度。如果說明朝中期內閣首輔多少還保留一點宰相權勢的話，那麼清朝的內閣和軍機處，則徹底消除了歷史上宰相制度的影響。
六部之設，與明朝相同。但有三點變化。一是六部之官為復職，即有一漢員，必有一滿員。尚書、侍郎如此，司官也是一樣。一般說來，司官掌印為滿員，辦事為漢員。又有筆帖式，滿語是文書官的意思，專供筆札，以滿、蒙、漢旗人擔任(各院寺皆設)。二是所屬機構有部分調整。如戶部下設十四司，刑部下設十八司。三是職權小於明朝六部。如吏部的一部分人事權劃歸軍機處。兵部不問八旗軍政，所司止綠營具體事務，軍事調動、命將征伐，則歸於皇帝，出於軍機處。工部主管工程建設，但黃河、海塘等重要工程皆皇帝指示調度，工部並不過問。乾隆時，六部之外，又增設樂部。樂部管理大祭禮、大朝會演樂及審定樂器音律。設典樂大臣。統領神樂署、和聲署、什幫處。
都察院也與明朝相仿。不同之處有五點。一是左右都御史、左右副都御史均為復職。乾隆時裁撤僉都御史。其中左職為堂上官，主管都察院事務；右都御史為總督的兼銜，右副都御史為巡撫、河道總督、漕運總督的兼銜。二是把明朝具有封駁職能的六科併入都察院。六科設掌印給事中和給事中，均為復職。六科的主要職責是掌發科抄，即各科每日派一名給事中赴內閣領取批複的本章，按內容分抄有關衙門承辦。給事中地位高於御史，為御史升轉之途。清朝給事中一般不司封駁，稱清望之官。三是都察院按省區分為十五道(清末增至二十道)，每道設掌印御史和一般御史。十五道分管稽核各省刑名案件，同時分工稽察在京各衙門事務。清代各道與明代最大的不同是御史出巡制度廢革。順治時，還因臨時需要設過巡按御史、兩江御史、巡田御史及巡鹽御史，均不屬於十五道，行之不久，即行罷革。以後雖偶有差派在京御史巡察各地，但規模小，時間短，不成制度。四是增設五城察院和五城兵馬司。明朝京師有巡城御史及五城兵馬司，清朝在京師中、東、西、南、北五城各設有一個察院，其長官稱巡城御史，由給事中、御史中簡派，一年一更替。五城兵馬司各設指揮、副指揮等官。各城察院和兵馬司，分管本城區的治安。五是增設宗室御史處、稽查內務府御史處，分別監察宗人府和內務府的事務。都察院與刑部、大理寺仍稱三法司。都御史與六部尚書合稱七卿。九卿的設置也與明朝相同。
在中央機構中，屬於清朝特設的機構還有理藩院和內務府。
理藩院是清朝管理內外蒙古、青海蒙古、西藏、新疆各少數民族事務的機構。初名蒙古衙門。崇德三年(公元1638年)改稱理藩院，隸禮部。順治十八年(公元1661年)定與六部同等，列銜工部之後。設尚書及左右侍郎，均為滿員。又有額外侍郎一人，選蒙古貝勒、貝子之賢能者充任。下設旗籍、王會、典屬、柔遠、徠遠、理刑六司，分管部界、封爵、設官、戶口、耕牧、賦稅、兵刑、交通、會盟、朝貢、貿易等事。此外，理藩院還掌管一部分屬國及其他外國交往事宜。另一部分由禮部掌管。北、西陸路方向的由理藩院負責；南、東海路方向的由禮部負責。理藩院最重要的是掌理中俄交涉事宜。
內務府全稱總管內務府衙門，清朝定都北京後即設。順治十一年(公元1654年)改稱十三衙門。所謂十三衙門是蹈襲明朝宦官制度，將二十四衙門精簡為十三衙門。清聖祖即位後，諭令裁革十三衙門，仍立內務府。內務府主管宮禁事務，凡皇帝的衣食住行，皆由該府承辦。長官是總管大臣，由滿族王公大臣兼任，下設堂郎中、主事、筆帖式等，統領七司三院(苑)。廣儲司掌管庫藏；都虞司掌管內府護軍及畋〔tian田〕漁之事；會計司掌管內府帑〔tang倘〕項出納，莊園及選用太監、宮女；掌儀司掌管內廷禮樂及考核太監品級；營繕司掌管宮院繕修；慶豐司掌管牛羊畜牧之事；慎刑司掌管上三旗(鑲黃、正黃、正白)刑獄案件；上駟院掌管御用馬匹；武備院掌管製造器械；奉宸苑掌管景山、三海(北海、中海、南海)及天壇齋宮。圓明園、暢春園、萬壽山、玉泉山、香山、熱河行宮、湯泉(今北京昌平東湯山)行宮、盤山(今河北薊縣西北)行宮、黃新莊(今北京良鄉北)行宮，因與皇帝駐蹕〔bi畢〕有關，也歸內務府管轄，但不屬奉宸苑，另外委官。此外，內務府還掌管三大殿(太和殿、中和殿、保和殿)、寧壽宮，管理慈寧宮、壽康宮處、御藥房、文淵閣(專藏《四庫全書》)、武英殿修書處、御書處、養心殿造辦處、咸安宮官學(掌教上三旗官學學生學習滿漢文及翻譯)、景山官學(掌教上三旗官學學生學習滿漢書籍)、長房官學(掌教太監學習滿、蒙、漢文字)、敬事房等。敬事房也稱宮殿監辦事處，是管理宦官的機構。凡宦官的任免升調，都由內務府移咨吏部及敬事房辦理，太監如有不法，許內務府先拿後奏。內務府是清朝最龐大的機構，設官也最多，僅職官就有3000多人，所轄範圍實際也不止「宮禁」，如都虞司的打牲、掌儀司的果園、會計司的莊園、慶豐司的牧廠及各處行宮，都在京城以外。至於織造綢緞，還遠到江蘇、浙江兩省。清朝設置內務府的意義，在於把宦官納入內務府系統，從而杜絕了中國歷史上宦官專權的現象。
中央其他機構，如宗人府、通政使司、中書科、太常寺、太僕寺、光祿寺、鴻臚寺、翰林院、國子監、太醫院、欽天監、詹事府等，皆沿於明，設官為復職，職掌變化不大。清朝自雍正以後，實行秘密建儲制度，不預先明立皇太子，雖設詹事府，但為閑職，只作為翰林官的升轉之途。翰林院增設的單位有庶常館、起居注館及國史館。庶常館為教習庶吉士之所。起居注館為記錄編纂皇帝言行的機構。國史館掌修本朝歷史。清朝國子監還掌八旗官學，每旗一所(康熙時一度改二旗一所)，是為八旗子弟而設的學校。又有算學，專門教授八旗世家子弟學習演算法。此外，又有左右翼宗學，掌教宗室學生；八旗覺羅學，掌教八旗覺羅學生，兩學屬宗人府。蒙古官學、唐古特學及托忒〔te特〕學，是培養蒙文、藏文、托忒文的三所學校，由理藩院兼管。教坊司改和聲署，併入樂部。僧錄司、道錄司，仍隸於禮部。
清朝也設兩京，除北京外，還有盛京(今瀋陽)。盛京以內大臣鎮守，主要機構有盛京戶、禮、兵、刑、工五部，目的是「隆重陪都」。五部不設尚