明朝中央官制有四個顯著的特點。具體如下：
第一個特點是廢除了丞相制度。明初沿元制，設中書省和丞相。洪武十三年(公元1380年)，明太祖鑒於元末丞相權力很大，足以廢立皇帝，又因本朝丞相胡惟庸擅權撓政，於是在殺掉胡惟庸後，立即宣布廢除中書省，罷丞相不設。從此，長期存在於中國歷史上的宰相制度被廢除了，明清500多年推行的是無宰相的君主專制體制。廢丞相後，明朝中央機構重新進行調整，形成了以六部為主幹，府部院寺(司)分理政務的行政格局。
六部按其序列是吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部。從隋唐到明初，六部雖屬中央重要部門，但不直接隸屬於皇帝，或隸於尚書省，或隸於中書省，職權有較大的局限性。廢丞相後，六部直屬於皇帝，成為中央主理政務的最高一級權力機關。吏部是管理文官的機構。下設文選、驗封、稽勛、考功四司。戶部是管理土田、戶口及國家財政的機構。下設十三司，司名與明代地方十三省區的名稱相對應。各司又分民、度支、金、倉四科。戶部庫藏稱太倉，是明朝的國庫。禮部是主管禮儀教化的機構，下設儀制、祠祭、主客、精膳四司。兵部是主管軍政的機構，下設武選、職方、車駕、武庫四司。刑部是主管刑政的機構，下設十三司，司名與戶部相同。工部是主管工程建設的機構，下設營繕、虞衡、都水、屯田四司。六部長官是尚書，副貳是左、右侍郎，同稱正官或堂上官。司又稱清吏司，設郎中、員外郎、主事，同為屬官。郎中視為正郎，員外郎視為副郎。又設司務為首領官，負責部內庶務。《大明會典·弘治間凡例》云：「本朝設官……雖文武並置，而政事皆歸之於文職。」吏部是管理文官的機構，在六部中地位最高。各部、各司的權力集中在正職手中，《明史·顏繼祖傳》說：「六部之政管於尚書，諸司之務握之正郎，而侍郎及副郎、主事止陪列畫題。」
府、院、寺、司是與六部相配合的機構。與禮部相關的機構有宗人府、太常寺、光祿寺、鴻臚寺、行人司、國子監、欽天監、太醫院、教坊司、僧錄司、道錄司等。宗人府，主管皇室屬籍及纂修玉牒(皇室宗譜)。明初設宗人令、左右宗正、左右宗人。以後不備官，以勛戚管府事。太常寺是與禮部祠祭司相關的機構，主管各種祭祀、禮樂活動。光祿寺是與禮部精膳司相關的機構，掌管祭享、宴筵和宮廷飲食。鴻臚寺是與禮部儀制司、主客司相關的機構，掌管朝儀、款賓和官吏引見之事。三寺皆設卿、少卿、寺丞等正官。主簿或典簿為首領官，屬官為具體業務官員。太常寺另一職事是提督四夷館。四夷館是專門翻譯外國及少數民族語言文字的機構。行人司主管外出使臣之事，設司正、左右司副、行人。國子監是最高學府，設祭酒、司業等正官。首領官為典簿，屬官有監丞、《五經》博士、助教、學正、學錄、典籍、掌饌。欽天監是掌管編製曆書、觀察天文氣象的機構，設監正、監副及各種專業人員。太醫院是掌管醫療衛生事業的機構，設院使、院判、御醫等官。教坊司主管樂舞，設奉鑾、左右韶舞、左右司樂等伶官。僧錄司掌管天下佛教徒，設左右善世、左右闡教、左右講經、左右覺義等僧官。道錄司掌管天下道教徒，設左右正一、左右演法、左右至靈、左右玄義等道官。
與兵部相關的機構有五軍都督府和太僕寺。明初設大都督府，由元朝樞密院演變而來。廢丞相後，大都督府改為中、左、右、前、後五軍都督府，簡稱五府。五府各設左右都督、都督同知、都督僉事等正官，掌管兵籍及天下都司衛所(詳後)。五府正官俱系武官。衛所有的設在京師，有的設在地方。京師為天子居地，全國都會所在，衛所設置最多，稱京衛。京衛有三類。其一，五軍都督府之屬，共三十三衛，主要任務是拱衛京師及巡視京城各門。其二，上直衛，亦稱親軍衛，初設十二衛，後增至二十六衛，主要任務是「番上宿衛」，「以護宮禁」，同時也兼有巡警京城各門之責。其三，有十五衛，分屬工部等機構，負責匠役和護衛皇帝陵寢。各衛又抽調精銳，與地方輪流到北京訓練的軍隊組成京營。京營是軍事編製，又稱三大營，即五軍營、三千營、神機營。三大營各設提督太監、武臣、掌號頭官統領。各軍分設坐營官、把總、坐司官、監槍內臣、把司、把牌等。景泰時候，京營改為團營。嘉靖時候，恢複三大營，以大將一員統率，稱總督京營戎政，以文臣一員輔佐，稱協理京營戎政。下設副將、參將、游擊、佐擊、坐營、號頭、中軍、千總、把總等。五府與兵部分權。兵部管軍政，參與調發，但不具體治兵；五軍都督府管兵籍，但不得調動軍隊，戰時由皇帝另派總兵官統帥。太僕寺是掌管馬政的機構，設卿、少卿、寺丞等正官。
與刑部相關的機構有大理寺、都察院，合稱「三法司」。大理寺是負責複審平反刑獄的機構。也就是說，刑部審理的案件，要經過大理寺複審。大理寺的正官有卿、少卿、寺丞。下分左、右二寺，各設寺正、寺副、評事等官。左寺負責兩京五府、六部、京衛等衙門的刑案，右寺負責順天、應天兩府，南北直隸衛所、府州縣並在外布政司、都司衛所的刑案。都察院對司法也有監察之權，重大刑獄往往由三法司會審。
都察院的前身是御史台，也在廢丞相後革除。洪武十五年(公元1382年)始置都察院。都察院是最高監察機構。設左右都御史、左右副都御史、左右僉都御史，以及按行省劃分的十三道監察御史(簡稱御史)。都察院稱風憲衙門，以肅政飭法為職。都御史與六部尚書地位相同，合稱「七卿」。御史品秩不高，但很有權威，在朝可以監察中央各官署，糾舉百司之官中的弊政；出使地方，有巡按、清軍、提督學校、巡鹽、茶馬、巡漕、監軍、屯田等職務。其中巡按御史是代天子巡視地方，有考察、彈劾地方各級官長的權力，重要的情況奏請皇帝裁斷，一般的事情可以自行處理。明代小說中常有這樣的記載：一個秀才與富室之女訂婚。後秀才家貧，富室悔婚，對秀才百般刁難，甚至勾結官府加以迫害。而富室女暗贈金錢給秀才。秀才發奮讀書，以後考中進士，做巡按御史榮歸故里，富室認錯，貪官受懲，有情人終成眷屬。這些故事都說明巡按一職十分榮耀，地方上的高級官長對他們也畏懼三分。
此外，還有通政使司。這是明朝創設的機構。掌管出納帝命，受理內外章疏，被稱作是天子的「喉舌之司」。設通政使、左右通政、左右參議等正官。七卿加上大理寺卿、通政使，合稱「九卿」。
第二個特點是內閣制的確立。明太祖廢丞相後，直接指揮六部百司，親裁獨斷，事實很難辦到。所以必須搞個「秘書處」，幫助他處理政事。洪武十五年(公元1382年)，明太祖仿宋朝制度，設華蓋殿、武英殿、文華殿、文淵閣、東閣大學士，統稱殿閣大學士。以後，明仁宗又增設謹身殿大學士。世宗時候，改華蓋殿為中極殿，謹身殿為建極殿，共四殿二閣。不過洪武時的殿閣大學士只備顧問，不參與政事。到明成祖即位後，才正式在皇帝和六部之間成立內閣。閣指文淵閣，在午門之內，文華殿南面，因地處宮內，閣臣又常侍皇帝於殿閣之下，避宰相之名，故稱內閣。最初選翰林官入閣，漸升學士、大學士，一般五至七人。後以尚書、侍郎授殿閣大學士，入文淵閣辦事，地位升高。明中葉以後，主持閣務的大學士稱首輔，其餘稱次輔、群輔。內閣的職責是「獻替可否，奉陳規誨，點檢題奏，票擬批答」(《明史·職官志》)。獻替可否，就是備顧問。奉陳規誨，就是輔弼君德。題奏，指題本和奏本。明朝因公事上呈皇帝的本章叫題本，為他事上呈皇帝的本章叫奏本。票擬，又稱票旨、條旨、調帖，指六部百司題奏上呈後，內閣根據皇帝的指示草擬批文。因擬稿用墨筆寫在小票上，故稱票擬。有人認為入閣就是做丞相，其實不然。第一，內閣大學士不執政，執政的是六部尚書；第二，內閣大學士各自分權；第三，內閣之職，最重要的是票擬，但票擬要嚴格按照皇帝的意志去做，經皇帝批示後才能下發。所以明代內閣大學士葉向高總結說：「祖宗設立閣臣，不過文學侍從，而其重也止於票擬，其委任權力與前代之宰相絕不相同。」(《明神宗實錄》卷五一一)
與內閣關係密切的有兩類機構。一類是中書科、尚寶司、六科。這三個機構與內閣一樣，都設在皇城之內，稱禁直機構。禁直，是入值宮中的意思。中書科，設中書舍人，承辦書寫事務。與唐代中書省屬下中書舍人的地位不能相比。尚寶司，設卿、少卿、司丞，掌管印璽信物。六科是吏、戶、禮、兵、刑、工六科的簡稱。各科設都給事中、左右給事中、給事中。給事中也是小官，掌侍從、規諫、補闕、拾遺、稽察六部百司之事，對皇帝的敕命、臣下的章奏有封駁權。給事中又與御史合稱科道官、台省官、言官、台瑣清班，頗能左右朝政，在明朝政治舞台上是一支十分活躍的力量。
另一類機構是翰林院、詹事府。翰林院是朝廷專司筆札文翰之事的機構，負責制誥、修史