東漢(公元25—220年)官制承襲西漢官制而有所發展。從中央官講，三公分統九卿之制仍舊存在，但最重要的在於尚書組織的變化，當時稱作「政歸台閣」。從地方官講，最突出的是由郡(國)、縣兩級改為州、郡、縣三級。
東漢中央官的基本構成仍然是三公九卿。但在新皇帝即位之後，則以太傅或太尉錄尚書事，總攬政務。東漢設太傅，稱上公，位在三公之上，負責輔導皇帝。錄尚書事始於西漢，「錄」，據《後漢書·和帝本紀》註：「總領之也」，即以本官總領尚書事。由於當時朝政實權轉移到尚書台，所以太傅錄尚書事位高而任重。不過太傅一職並不常設。
上公之下是三公。東漢初年，以大司馬、大司徒、大司空為三公。建武二十七年(公元51年)，光武帝改大司馬為太尉，大司徒、大司空去掉「大」字。三公排列，太尉在前，由丞相演化來的司徒居後，由御史大夫演化來的司空又後。太尉主管兵政，又分領太常、衛尉、光祿勛三卿。司徒主管民事，又分領太僕、大鴻臚、廷尉三卿。司空主管重大水土城防建築工程，又分領宗正、少府、司農三卿。三公各有屬吏長史及諸曹掾、史、屬等。國有大事，三公共同商議。但東漢三公權力遠不如西漢，這不僅從上述職務上可以看出，而且反映在封爵上。西漢初年，相職由列侯充任。武帝時候，雖布衣可以為相，但封相之後必定封侯，所以丞相又稱君侯。東漢自建武十三年(公元37年)大司徒侯霸死後封侯始，三公皆不封侯。實際上三公成為徒有虛名的高官，真正擁有決策權和監督百官的執行權的是內朝。直到東漢末年，董卓廢少帝，立獻帝，自任相國；建安十三年(公元208年)，曹操秉政，罷三公而置丞相，相權才驟然改變，成為王朝最高權力的實際操縱者，皇帝也在其控制之中。
東漢九卿及列卿沒有什麼太大的變化，只是尚書組織的地位更加強了，所以當時有「雖置三公，事歸台閣」的說法。「台閣」，指宮內辦事處，也就是內朝。光武帝即位，勤於政事，不以實權交給三公，僅以侍從左右的尚書協助處理政事，於是尚書的權責日益上升，由原來的事務官演化為政務官，尚書台也就成為東漢中央非常重要的辦事和決策機構。尚書台以尚書令、尚書僕射為長貳，由左、右丞輔佐，下設六曹尚書。有三公曹，主管年終考課諸州郡事務；吏曹主管選官、祠祀事務；民曹，主管修繕功作、鹽池、園苑等事務；客曹，主管護衛皇帝及少數民族朝賀事務；二千石曹，主管辭訟事務；中都官曹，主管水火盜賊之事。每曹又有侍郎六人，令史三人。尚書令、尚書僕射、六曹尚書合稱八座。皇帝雖也挑選太傅或太尉錄尚書事，無異於自己直接指揮尚書台，所以政歸台閣，實際上是皇權進一步得到了加強。
東漢皇權進一步加強，還表現在監察系統官制的變化上。司空的前身是御史大夫，東漢司空已無監察之責。主持監察的是御史台長官御史中丞。御史中丞屬官有治書侍御史二人，掌解釋法律條文；侍御史15人，掌察舉官吏違法，接受公卿、郡吏奏事。侍御史下分令曹、印曹、供曹、尉馬曹、乘曹 。東漢御史中丞秩僅千石，但權力卻超過了原來的御史大夫，在朝廷上僅次於尚書令。這是因為御史中丞不再隸屬司空，改隸少府，事實上歸皇帝直屬，成為皇帝直接掌管的、監察百官的工具。
東漢中葉以後，母后臨朝，外戚執政，往往抓住兵權以加強自己的地位，於是將軍職務就顯得格外重要。特別是大將軍多為外戚，常在國都，又錄尚書事，自然成為中央要員。將軍名號與西漢相同。大將軍位在三公之上，與太傅、三公合稱五府。驃騎將軍、車騎將軍位在三公之下。前後左右將軍位在上卿之下，不常設置。其餘列將軍，有事則設，因事命號，事已則罷。將軍都有部曲。西漢京軍有八校尉之設，東漢初減並為五校尉。當時人稱五校為五營，即屯騎、越騎、步兵、長水、射聲五營。又置北軍中候以監五校。東漢與西漢不同，北軍指五校所率軍隊。東漢不見南軍名稱。東漢初年以後，北軍的名稱也不再見於文獻記載。靈帝時候，又設西園(上軍、中軍、下軍、典軍、助軍、左軍、右軍、佐軍)八校尉，由皇帝直接統領。曹操曾任典軍校尉。
東漢地方分州部、郡國、縣三級。
京畿地區稱司隸校尉部。領三輔、三河(河東、河內、河南)、弘農七郡。司隸校尉掌糾察京師百官及所轄附近各郡，相當於州刺史，而且比刺史地位為高，權勢也更為顯赫。司隸校尉常常劾奏三公等尊官，故為百官所忌憚。朝會時，司隸校尉和尚書令、御史中丞均設有專席，當時號稱「三獨坐」。東漢以洛陽為國都，所以河南郡長不稱太守，而稱尹。三輔是皇帝陵廟所在之處，仍稱京兆尹、左馮翊、右扶風，地位高於一般郡，但與西漢比有所下降。
司隸部之外，分十二州，州設刺史。西漢時，州為監察區，刺史(西漢末年一度稱州牧)是中央派出的巡視官，無行政權，開始無固定治所和衙門，秋冬出巡，年終回京奏事。東漢初刺史仍稱州牧，但處理郡國事務之權比西漢有所擴大。建武十八年(公元42年)州牧改回刺史。中期以後，刺史又有領兵之制。東漢後期，刺史不僅有固定治所，而且屬吏大量增加，事實上成為凌駕於郡國之上的地方行政長官。靈帝時候，再改刺史為州牧，由一批朝廷重臣出任，「州任之重，自此而始」(《漢書·劉焉傳》)，不少地方的州牧已演變為擁兵自重的割據勢力。
東漢有郡國105個，除司隸部七郡之外，還有98個。其中列郡71個，王國27個。郡設太守。建武六年(公元30年)，裁撤郡都尉，並其職於太守，故太守又稱郡將。縣的設置與西漢相同。東漢為了增加稅收，在各地設有鹽鐵諸官。凡郡縣出鹽多的地方，置鹽官，主鹽稅；出鐵多的地方，置鐵官，主鼓鑄；有湖池魚利的地方，置水官，主平水，收漁稅。皇子封王，以郡為國，置傅、相各一人。相如太守。有長史，職如郡丞。中尉負責治安。郎中令負責大夫、郎中等宿衛官。仆負責車馬。治書、謁者為侍從官。列侯所食縣為侯國，設相如縣令長，不臣於侯，只向侯納租。
東漢為了擴大侯爵，又增進了縣侯、鄉侯、亭侯等爵位，並冠以所食縣、鄉、亭名。後期多為無食邑的虛封。例如關羽被封為漢壽亭侯。漢壽在東漢是縣名，治所在今湖南常德東北。漢壽亭侯也是虛封。列侯就第(退休)後，如受恩遇，可以加官「特進」或「奉朝請」，並以此名義參與朝議。東漢外戚一般為特進侯，未加特進的為朝侯、侍祠侯，外戚、公主子孫在京守祖墳的稱猥〔wei委〕諸侯。