明朝的中央司法機關組織和名稱與唐宋時期基本相同，但職權管轄有所不同。它設立刑部、都察院、大理寺，合稱「三法司」，刑部受理地方上訴案件，審核地方重大案件和審理中央百官案件。大理寺不掌管審判，專門對刑部審理的案件進行複核。都察院是中央監察機關，負責監督刑部和大理寺的司法活動。「三法司」對重大案件實行聯合審判，叫「三司會審」。「三司」會審後的判決必須報請皇帝批准。
清代的中央司法機關與明代的基本相同。中央的最高審級是「九卿會審」。九卿是六部尚書加上都察院左都御史、通政史和大理寺卿組成。每年審理死刑案件的「秋審大典」，九卿都參加。
秋審是清代由朝廷官員定期複審外省死刑案件的一種會審制度，因在每年秋季舉行而得名。明朝時便已有，它是在每年秋後霜降時舉行的。清朝沿襲下來。清律規定，凡嚴重危害封建統治的重大犯罪，應立即處決的，叫做「斬立決」或「絞立決」，對危害性較小或有可疑者，暫判「斬監候」或「絞監候」，延至秋天由九卿會審時重審決定。每年秋審之前，各省督撫必須將有關案件先行審核或審訊，並提出處理意見，於五月中旬前分別送給九卿，供秋審參閱。到八月份，九卿等官員到天安門外金水橋西會同審理。因人犯監禁在各省，秋審只憑檢冊審核。秋審後，上奏朝廷，經皇帝御筆勾除者，才能正法。
秋審後不久，到霜降後10日，九卿對刑部判決的案件或京師附近斬監候或絞監候的重囚犯進行複審的制度，叫朝審。這是明英宗天順三年(公元1459年)首創的。清代把處理京師案件稱「朝審」，處理外省案件稱「秋審」。
明清時，除秋審和朝審外，還有「熱審」。這本來是中國古代於夏天為疏通監獄而設的審判制度。明成祖永樂二年(公元1404年)重又實行，清康熙十年(公元1671年)定為制度。熱審於每年小滿後10日開始，至立秋前一日為止，對不是犯死罪及流罪的犯人，酌情予以減等，笞刑杖刑寬免；監外帶枷號的犯人，暫行保釋去枷，到立秋後再補枷。
經秋審和朝審的案件，有四種處理方法：情實、緩決、可矜、留養奉祀。「情實」，即罪情屬實，處刑恰當，這類案件奏請皇帝批准執行死刑；「緩決」，即案情屬實，但危害性較小，留待下一次秋審或朝審時處理；「可矜」，即案情雖屬實，但情節不嚴重，可免予處死，一般屬於老幼廢疾等人犯罪；「留養奉祀」，即情節雖嚴重，但父母、祖父母年老，無人奉養，可免予處死。
明清朝會審制度雖然存在形式主義、文牘主義的種種弊端，但它有助於法律的統一適用，對地方和中央司法機關的活動也是一種監督。