元朝確立了一整套由蒙古族地主貴族所壟斷的司法體系。中央司法機關除刑部和御史台外，還設立了管理蒙古族貴族事務、具有獨立管轄範圍的中央司法機關——宗正府。它負責審理京師附近蒙古人和色目人的訴訟案件。另外，還專門設立宗教審判機關——宣政院。僧侶具有強大的勢力和尊貴的地位，僧侶的奸盜、詐偽、致傷人命等重大刑事案件由地方長官審理後報宣政院，其他刑事案件由寺院主持僧審理，地方官吏不得過問。僧俗之間糾紛，則由地方長官約會寺院主持僧一起審理。這種司法制度確認了僧侶在司法審判上享有特權。
元代的司法審判權除宗正府和宣政院掌握外，還設有中政院、道教所和樞密院分別掌管有關案件。中政院是執掌宮廷事務的機關，負責審理內廷官吏的案件。道教所是執掌道教事務的機關，負責審理與道教有關的案件。樞密院是執掌軍事大權的機關，負責審理重大軍事案件和校尉軍官案件。可見，元代的司法管轄，不僅實行地區管轄，也根據民族、身份、宗教的不同，實行特別的專門的管轄。
元代，蒙古族貴族實行野蠻與落後的統治，談不上法制秩序。雖然，元律也規定了迴避、上訴、量刑等制度，實際上司法官員根本不去執行，形同虛設。元代是中國歷史上少有的任意不任法的朝代。正如元代著名戲劇家關漢卿在其名著《竇娥冤》中通過劇中人所說的：「官吏無心正法，百姓有口難言」，「衙門自古向南開，就中無個不冤哉！」這是元朝司法昏暗的真實寫照。
元朝由於經濟關係的發展和各民族的融合，民事糾紛日益增多，民事訴訟較宋朝有新的發展。其一是出現了代理制度，主要是在田宅、婚姻、繼承等案件中實行，這是歷史的進步。其二是在民事訴訟中廣泛運用調解，有民間調解和司法機關調解。調解的結果對當事人具有法律效力，訴訟雙方一般不得再以同樣事實和理由重新提起訴訟。這也是歷史的進步。