漢代皇帝掌握最高司法權。為了嚴格控制司法權，皇帝對重大案件實行審核，對於犯罪的官吏先要「上請」皇帝，然後才可以審理，有時還親自進行審案。如漢宣帝、東漢光武帝都曾親自審案。國家有喜慶大典，如立太子、立皇后、新君登位以及水旱災害等，皇帝常常頒布大赦或特赦令。通過這些方法，將司法大權操縱在皇帝手中。
漢承秦制，幾乎全盤接受並完善秦朝的廷尉制度。漢代廷尉的地位很高，他「平決詔獄」，直接辦理皇帝下詔交辦的案件，秉承皇帝旨意斷案；又作為地方司法機關的上訴審，凡郡國審判的疑難案件均報廷尉複審平核。漢高祖七年詔令，縣司法官凡有重大疑難案件，均應上報廷尉，廷尉不能判決的，應當奏請皇帝決斷。廷尉不僅負責審判，還管理監獄，稱廷尉獄。漢武帝時在中都洛陽設26所監獄，加強封建國家的鎮壓職能。漢代廷尉以冷酷著稱，他們戴的帽子是特製的法冠，叫獬豸冠，象徵他們像神獸獬豸那樣公正，神聖不可侵犯。廷尉一職往往是父傳子，子傳孫。東漢時的郭弘就是「數世皆傳法律」，子孫中有七人當過廷尉；吳雄一家三代當廷尉。
漢朝的地方司法機關是與行政機關合而為一的，司法審級同政權組織系統一致，郡縣長官兼理司法。漢代地方司法機關權力很大，一般案件都可以自行處理，並握有死刑案件的處決權。例如，漢朝東海郡有一孝順的媳婦被誣告謀殺婆母，郡太守不作調查就把她殺了。這個有名的「東海孝婦」的故事後來演變成戲劇《竇娥冤》。又如，東漢光武帝時，名噪一時的「強項令」董宣，在北海相(相當於郡守)任內審理公孫丹父子殺人一案，竟判了30餘人死刑，漢朝廷並沒有說他越權，只是責斥他「多殺無辜」。
漢代的起訴叫「告劾」，分自訴和公訴兩種。官府接「告劾」後，按犯人的身份分別採取不同的程序。對普通人犯，隨時逮捕；對有貴族官僚身份的人犯，如需要逮捕的，必須先奏請皇帝批准，叫「有罪先請」，逮捕後不加刑具，以示寬容。
漢代基本沿襲了秦時的逐級審轉複核的訴訟制度，但是，如果有冤獄，可以逐級上書皇帝，這叫「詣闕〔yique易確〕告訴」。
漢律對被告進行審訊，稱作「鞫獄」。在審訊中被告的口供是定罪量刑的主要根據。為了取得口供，便進行刑訊逼供，「捶楚之下，何求而不得」。在暴刑之下，犯人只好胡說八道。取得口供三日以後再進行審判，看供辭是否相同。進行判決時，要向被告宣讀判詞，這叫做「讀鞫」。「讀鞫」以後，如果罪犯喊冤，允許犯人請求複審，這叫「乞鞫」。如果被判二年刑的，家屬也可以代替「乞鞫」。漢時乞鞫一般以三個月為限。被告「乞鞫」以後，官吏並不立即複審，經常是無限期地拖延下去，以至於「有罪者久而不論，無罪者久而不決」。
秦代尊崇法家，強調「依法治國」，嚴格規定法官依律斷案，違者治罪。從漢代開始，封建法律儒家化，採用《春秋》決獄。《春秋》是孔子修訂的一部魯國編年史。漢儒董仲舒認為，孔子作《春秋》的目的在於討伐亂臣賊子，宣揚「禮義之大宗」。隨著漢律儒化，董仲舒等人把儒家思想引到司法實踐中去，以《春秋》的經義來斷案決獄。也就是說，用禮義學說作為判斷是非、善惡以及賢、不肖的標準，作為審判案件的根據。這樣做可以拋開肯定明確的法律條文，用儒家的禮義學說任意解釋人們的行為是否犯罪和應該受到何種處罰。當時，以《春秋》決獄之風盛行。董仲舒已不在朝廷做官了，朝廷有重大案件還派廷尉張湯到他家中去請教。於是，董仲舒著有《春秋決獄》一書，共有232個事例，又稱《春秋決事比》。