明軍在撫順等多處戰敗後，明廷更為焦急，他們沒有想到努爾哈赤率領的滿軍竟然一連攻取了這麼多城，陣亡的將士更是不計其數，長久下去將會受到更大的威脅。於是明廷下了狠心，急忙向遼東調兵遣將，但是遼東現在的兵力已經捉襟見肘，無法再分兵支援了。正在明廷為這事焦頭爛額的時候，努爾哈赤卻提出跟明朝言和，並保證說馬上退兵回赫圖阿拉，而實際上加緊內部訓練，尋找戰機。
清河，位於四山之中，東有鴉鶻關（今遼寧新賓西南三道關）屏障，為建州進入遼東腹地的戰略要衝。明經略楊鎬出關前曾吩咐鄒儲賢道：「如果滿軍來襲，一定要利用清河的複雜地形，尋找一個利於防守戰鬥的好區域為作戰基地。」隨後，他又吩咐道：「光靠地形也不行，我命令你在四個月的時間內在有利地形修築戰事堡壘，以做迎敵之用，千萬不要把兵力集中在城中，束手待斃！」
在隨後的幾天內，鄒儲賢彙集了城中所有將士和人民，在清河城附近修築了軍用工事，工事中設有火炮、槍、鉛子、鐵蛋、滾木等。決定等滿軍兵到時，設伏實施阻擊。
萬曆四十六年七月二十日，努爾哈赤率領兵將出赫圖阿拉，向清河進發，當天就圍困了鴉鶻關。鄒儲賢得到滿兵入了清河的消息，心中大駭，急忙調集了兵力回到了清河城。放棄了剛修築好的工事。他認為在任何地方打，不管設伏還是圍攻都對自己不利，唯有回到城中才能攻守兼備，才能與滿軍抗衡下去。而他這樣的做法，卻正好違背了楊鎬先前給他的守城計畫。
二十一日，努爾哈赤衝破鴉鶻關，來到了清河城外，發起進攻。
城上守軍頑強抵抗，連放火炮、滾木和石頭。先前攻過去的滿軍頓時被打得七零八落，努爾哈赤下令退兵。
努爾哈赤在鴉鶻關附近紮營，這時已到深夜，天上的星辰如點點星火般忽閃忽亮。而在此時努爾哈赤看來，卻顯得異常詭異。他在營外走了一圈，心中升起了一絲疑惑，為什麼明軍不在此設伏呢？同時心裡也產生了一絲僥倖。他找了一塊石頭坐在上面，思索清河城到底該怎麼破，關鍵是怎麼把城門給破了，只要把城門破了，大軍衝進城內，明軍必定大敗。
「大汗今天怎麼這麼有雅興，跑到這裡來欣賞星辰來了？」來人是李永芳，努爾哈赤把自己的一個孫女許配給了他。
努爾哈赤嘆了口氣，說道：「每到此時我心裡就有一股氣憋在心裡，想釋放也釋放不了，難受啊。」
李永芳笑著說道：「大汗這是心病，只要心病解了，那股氣也就溜出去了。」
「你有什麼法子么？」努爾哈赤突然問道。
李永芳說道：「我在明朝也曾為官，對清河守城將鄒儲賢有些了解。這個人不善用兵，只憑自己的好惡去做事，在朝時得罪過不少人。」
努爾哈赤一愣說道：「你跟我說這些有什麼用。」
李永芳笑著說道：「大汗還是沒聽明白，鄒儲賢這個人很獨斷，不管大事、小事都要自己拿主意。有探子回報說，楊鎬曾經提供給他一個計謀，他卻沒用，率領所有士兵又退守到清河城了。這樣一來，對我們來說是極其有利的。」
「能講得明白些么？」努爾哈赤還是有些不解。
李永芳說道：「兩兵交戰，必有傷亡。自從撤兵回來，我心裡就冒出一個計謀來。強攻清河城肯定行不通，但是我們可以採取另一種方法，就是挖城牆其中的一角，從城下通城內，但是這樣做，就必須要犧牲一部分士兵來做掩護，轉移敵軍的注意力。我可在恰當的時機站出來，勸降鄒儲賢。行的話，我們則就避免了這一戰；不行的話，我們就只好用那個法子了。」
努爾哈赤沉默了片刻，突然說道：「此計甚妙，勸降鄒儲賢我覺得有點不可能，不過可以試試。剛才聽你說挖城牆其中的一角倒是一個非常好的辦法，兵分兩路，一路正面和明軍交鋒，轉移明軍的注意力，另一路悄悄繞到城牆的一角挖隧道。等明軍反應過來的時候，我們的士兵已經通過隧道進入城中了。」
次日，努爾哈赤率領大軍來到清河城外叫陣。守城見昨日敗下陣的滿軍又來挑釁，便大罵道：「手下敗將，還有臉面再回來！依我看，你們還是留下一條命，解散各自回家吧。」
聽說滿軍又來攻城，鄒儲賢立刻驚叫道：「給我守住，拚命給我殺，千萬別讓他們衝進城來。」
鄒儲賢來到城上朝下一看，密密麻麻地站滿了滿軍，心裡一時有些慌亂。這時李永芳從滿軍的人群里擠了出來，仰面朝城上喊道：「城上站著的可是鄒儲賢，鄒將軍？」
鄒儲賢一時沒有尋到喊自己名字的人，便回應道：「是誰在喊本官？」
李永芳又上前了幾步說道：「你我曾經在朝中為官數載，倒把我給忘了不成？」
鄒儲賢看清了李永芳，臉色驟然變了，罵道：「你這個叛國的傢伙，不找個地方結束你的殘生，跑這裡來幹什麼？」
李永芳說道：「一同為官的時候，朝政腐敗到了何等地步，你也不是不知道，如今有了能安定蒼生的新主人，我為什麼還要愚忠即將滅亡掉的朝廷呢？我今天來見你，是想勸你悔改，不要把一身的才智謀略用在沒用的地方。如果你現在投降，也可以像我一樣，既能享盡榮華富貴，亦能施展本事造福於民，何樂而不為呢？」
「呸！你說這話，竟都不臉紅。」鄒儲賢氣得滿臉通紅，抓起一支箭朝李永芳射了過去。幸好李永芳身上穿了特質的盔甲，才沒有受傷。
這其實是李永芳設下的聲東擊西的策略，城中全軍這會兒早已都聚集到城前，嚴密防守。而努爾哈赤就在他們談話的當兒，派了一支身強力壯的精兵繞到了城後。他們有的用鐵鏟，有的用鎬朝城牆角猛挖，用了大約兩個時辰的時間，城牆終於被挖通了。而這時，城門前的戰鬥剛剛開始。
努爾哈赤放了一聲號炮，滿兵們便紛紛開始朝城後轉移。城上指揮作戰的鄒儲賢大為不解，還以為滿軍又要撤兵。正在詫異間，一個士兵滿臉驚恐地跑過來喊道：「將軍不好了！城後被滿軍挖出一條通道來，大批滿軍已經衝進城來了。」
鄒儲賢身子頓時一歪，差點倒了。他回頭對士兵說道：「趕快……趕快……把兵力轉移到城後，千萬不要讓滿軍殺進來。」
城前守城的士兵調走了大半，只留下一小部分。滿軍見守軍大都撤離了城前，心裡估計時機已經差不多了，就冒著箭雨火彈，每人手裡夾著戰死殺場的士兵屍體，堆積到城跟前，摞起了幾排「人梯」，滿軍踏著「人梯」登上了城。守城士兵見狀，紛紛逃跑，跑得慢的大都被滿軍亂刀砍死。
努爾哈赤命令所有士兵大喊，只要投降，絕對不殺。但是明軍卻沒一個投降的，彷彿被灌了迷魂湯一般，只要有口氣，就想殺下去。
清河城頓時一片混亂，哭喊叫殺的聲音蓋過兵器的撞擊聲。明軍已經無法抵抗滿軍的強大攻勢，明軍士兵傷的傷、逃的逃、投降的投降。鄒儲賢見勢，心知再戰下去自己連抽身的機會都沒有了，便帶領一部分殘兵想衝出城去。眼看就要衝出城門，卻被一名滿軍士兵用箭射下馬，被隨後奔逃的明軍士兵踩死了。自此，清河一戰，滿軍得勝，守城明軍大敗。
攻堅戰自古以來就是一件讓人頭疼的事情，進攻的一方大都要付出沉重的代價，更何況這次的城牆上還有殺傷力極大的火炮。一向攻無不克的滿軍初次攻城失利也完全在情理之中。既然此路不通，那就要換一種方法來想問題。李永芳能夠想出挖地道的方法來不失一種減少傷亡的辦法。所謂作戰計謀，有時並非需要心思周密地計畫，才能實施。就像清河之戰挖隧道之法，堅固的城牆下其實是鬆軟的泥土，在明軍看來他們的失敗很突然，而對滿軍來說得勝其實在挖通隧道一刻起就已經掌控在自己手中了。