清王朝非常重視方誌的修纂工作。清初康熙十一年(公元1672年)為配合《一統志》的編修，康熙帝就曾命各省督撫聘集宿儒名賢接古續今，纂修各省通志。同時將順治十八年(公元1661年)河南省巡撫賈漢復主修的《河南通志》頒著天下為式，促進了一大批地方志著作的出現。據陳正祥教授估計，目前世界上有中國地方志著作約11000種，而見於《中國地方志綜錄》的至少有8000多種，其中清代約有5518種。由此可見，清代是中國地方志的一個重要發展時期。
這一時期結合方誌的編修，許多學者進行方誌理論的探討，並逐漸建立起一套方誌學理論體系。當時著名學者如錢大昕(公元1728—1777年)、孫星衍(公元1753—1818年)、洪亮吉(公元1846—1808年)、戴震(公元1723—1777年)、章學誠(公元1738—1801年)等，都發表過有關方誌學的理論見解，參加過具體的方誌編纂實踐活動，使這一時期的方誌學不僅在編纂數量上，而且在理論上，都得到了長足的發展。
關於方誌理論的闡述，清初顧炎武、方苞等就有論述，到乾隆大修方誌時，有關修志理論方法便更受重視，並逐漸形成了所謂考據地理派和方誌史志派兩大學術派別。
清初顧炎武在編寫《天下郡國利病書》、《肇域志》等著作基礎上，曾對方誌修纂方法、原則有所論述，後人將他的修志要點概括為以下五點：
⑴修志的人要有一定的學識；
⑵要網羅天下志書作參考；
⑶要深入現場進行調查研究，反覆勘對，必得其實而後止；
⑷要有充裕的時間；
⑸文字要通俗易懂。
雍正時，方苞在《與一統志館諸翰林書》中，闡明了修志的許多原則，其中主要包括：
⑴體例必須統一；
⑵由博返約，提倡簡明扼要；
⑶強調資料的可靠性。
考據地理派的代表人物，主要有戴震、錢大昕、孫星衍、洪亮吉等人。他們的主要修志理論和方法，就是倚重考據學的「崇古薄今」思想和「銓釋故訓，究索名物」的方法，認為地方志即是地理沿革考證。所謂：
一方之志，苟簡不可，濫收亦不可。苟簡則輿圖疆域。容有不祥……濫收則或采傳聞，不搜載籍，借人才於異地。移景物於一方，以致以訛傳訛，誤中復誤……撰方誌之法貴因不貴創，信載籍而不信傳聞，博考旁稽，又歸一是(洪亮吉：《更生齋文續集》卷二)。
所以，洪亮吉所撰《乾隆直隸邠州志》，雖記載了今陝西彬縣、旬邑、淳化、永壽的州縣建置、沿革、山川、水利、公署、驛廟、古迹、大事、兵驛、人物、風俗等方面的情況，取材也較為廣泛，但卻重視古代材料，輕視當代材料，儘管考據精詳，而對當時的一些政治經濟社會狀況記述極少或脫漏。他修志所制定的類目，更是以前人的撰著為依據，如其「輿地記」，系仿周輿地圖記簿；「職官表」，系仿班固《百官公卿表》等；「會計簿」，系仿宋李常《元祐會計錄》等；「衙署志」系仿宋無名氏《衙署志》；「先賢傳」，系仿魏明帝《海內先賢傳》等；「列女傳」，系仿劉向《列女傳》；「金石錄」，系仿宋趙明誠《金石錄》等。
與考據地理派同時，是以章學誠(公元1738—1801年)等為代表的方誌史志學派。他們對方誌屬性、編撰理論、方法等都有系統論述。
首先，章學誠提出了方誌是史，是一地區全史的觀點。他明確指出：「志乃史載」，「方誌為國史要刪」，「部府縣誌，一國之史也」，「志乃史體」等，並對戴震「志以考地理」的觀點進行了辯駁。在具體進行方誌編纂的方法、理論上，提出了所謂「史家法度」；「三書」、「四體」、「五難」、「八忌」、「四要」等觀點。
「史家法度」是指修志人應具備的基本素質要求。即所謂「三長」：識足以斷凡例，明足以決去取，公足以絕請託。「三書」、「四體」是章學誠所設定的志書門類。他說：「凡欲經紀一方之文獻，必立三家之學，而始可以通古人之遺意也，仿經傳正史之體而作志，仿律令典例之體而作掌故，仿《文選》、《文苑》之體而作文征。三書相輔而行，缺一不可，合而為一，尤不可也。」而「志」為主體。按其記述內容又可分為「四體」，即：「皇恩慶典宜作紀，官師科甲宜作譜，典籍法制宜作考，名宦人物宜作傳」。即認為一部志書的體例，應分志、掌故、文征三部分，其中「志」下，又分紀、譜、考、傳四門。志下四門分別記述有關慶典、科甲、法制、人物事迹，掌故是有關一方典章制度的原始紀錄；文征則是地方文獻的彙輯。
「五難」、「八忌」、「四要」是指在修志時，注意克服清晰天度難，考衷古界難，調劑眾議難，廣徵藏書難，預杜是非難(五難)；排除「八忌」：忌條理混雜，忌詳略失體，忌偏尚文辭，忌妝點名勝，忌推翻舊案，忌浮記功績，忌泥古不變，忌貪載傳奇；達到「四要」：即要簡、要嚴、要核、要雅。
稍晚於章學誠的鄒漢勛(公元1805—1853年)對方誌編修也進行了實踐和理論總結。他纂修過《貴陽府志》、《安順府志》、《大定府志》等，在理論方面，他認為：纂修地方志應仿《禹貢》、《漢書·地理志》例，以行省統府州，以府州統州縣，以州縣統鄉里，以鄉里統村；並應詳記四至八到、山川、津梁、關隘、水利、鎮市、寺觀；山川要詳其源流、脈絡、流域，關於藝文志的編纂，他主張仿《漢書·藝文志》法，詳載郡中著述，錄其序跋，略作提要。他對立傳的標準提出：賢達以仕跡為斷，文學以著述為斷，封贈以誥軸為斷，耆宿、行宿、孝友、忠義皆以事實為斷。