元祐皇后其實就是宋哲宗趙煦的廢后孟氏。孟氏被廢，實際上是黨爭的結果，孟氏不過是政治的犧牲品。令人稱奇的是，宋哲宗死後，宋徽宗即位，孟氏再次被迎回宮中，復皇后位，為了區別宋哲宗的第二任皇后劉氏，稱元祐皇后（因是在元祐年間所立）。但不久後，孟氏又被宋徽宗趕出皇宮，相當於第二次被廢除皇后位，結果反而因禍得福，為她個人帶來絕大的好處。這一切，都要從宋哲宗的後宮談起。
高太后在生活上對宋哲宗的管教一直很嚴格。為防止宋哲宗耽於女色，高太后派了二十個年長的宮嬪照顧他的起居，又常令宋哲宗晚上在自己榻前閣樓中就寢。這就相當於限制了小皇帝自由活動的空間。宋哲宗當時年紀還小，後宮也一直平靜無事。但到了元祐四年（1089年）十二月，民間卻有流言，說宮中派人出來尋找乳母。此時宋哲宗才十四歲，後宮竟然尋找乳母，人們難免會想到這是皇帝沉溺聲色的結果。本來，這些都是民間的流言飛語，也傳不到後宮深處。即使是真的，那也是皇帝的家事。大臣劉安世卻偏偏要多管閑事，上了一封語氣很不客氣的奏章，告誡宋哲宗要自重。而另一大臣范祖禹則直接上疏高太后，言辭更加激烈。對此，高太后解釋說：是宋神宗遺留下的幾個小公主年幼，需要乳母照顧。對外的話是這樣說，但高太后其實也不明所以，她派人私下將宋哲宗身邊的宮女一一叫去審問。宋哲宗開始還不知道，後來發現身邊的宮女們個個紅腫著眼，臉色慘白，樣子十分可怕。打聽之下，才知道是因為劉安世、范祖禹上奏的結果。他既感到憤怒，也感到恐懼，因為自己的一舉一動都在高太后的監視之中。
經歷了此事後，宋哲宗明顯感覺到後宮令人窒息的氣氛，他的逆反心理也開始蠢蠢欲動。
元祐七年（1092年），宋哲宗十七歲時，孟氏被立為皇后。孟氏為眉州防禦使馬軍都虞侯孟元的孫女，小宋哲宗一歲，自小就被高太后選入後宮，教以女儀，因賢淑溫婉而為高太后所喜愛。從這個時候開始，皇帝才算有了正式的妻子。本來這是件好事，但卻由此又引出了高太后和宋哲宗之間的矛盾。
皇帝大婚非同小可，欽天監選定的日期是五月十六。這是因為宋朝皇室普遍迷信道教，而道家以五月十六為「天地合日」。但是在民間這一日卻有禁忌，夫妻應該分床，如有違背，將有性命之憂。宋哲宗生母朱太妃擔心兒子，出於寧可信其有不可信其無的心理，提出要更改大婚日期。宋哲宗自己也偏向母親一邊。但高太后卻堅決不同意，認為禁忌一說純屬無稽之談，堅持以五月十六為大婚日期。
儘管大婚典禮隆重非凡，但宋哲宗一直籠罩在祖母的陰影下，被逼迫在禁忌日成婚，心中難免憤憤不平。如此來看，他對高太后所選的孟皇后不可能有特別的好感。高太后有能力將自己喜歡的女子選給孫子做皇后，但孫子喜歡、寵愛後宮哪個女子，高太后就鞭長莫及了。宋哲宗喜歡明艷照人的劉婕妤，劉婕妤寵冠後宮，也開始恃寵而驕。高太后在世時，她尚有所收斂，高太后去世後，她與孟皇后的衝突日益顯露。
有一次，孟皇后帶領後宮嬪妃到景靈宮朝拜歷朝帝後畫像。禮畢後，孟皇后就座休息，其他嬪妃都在一邊侍立。只有劉婕妤獨自一人站在帘子下，背對孟皇后。這顯然是公開藐視孟皇后。孟皇后身邊有個侍女叫陳迎兒，忍不住上前呵斥劉婕妤。劉婕妤置之不理。孟皇后身邊的宮人無不憤怒有加。但宋哲宗寵幸劉婕妤，孟皇后也沒有辦法。
冬至那天，嬪妃照例要到隆祐宮謁見向太后。當時向太后還沒有起來，眾嬪妃就坐在殿右等候。按照規定，只有皇后才能坐朱漆金飾的椅子。劉婕妤看到孟皇后坐下，就一個人站在一旁，不願坐普通的椅子。劉婕妤身邊的宦官郝隨知道劉婕妤心中所想，於是替她換了把朱漆金飾的椅子，與孟皇后的一樣，劉婕妤這才滿意。不料已經惹怒了孟皇后身邊的侍女，決定要整治劉婕妤一下。
劉婕妤剛剛坐下，突然有一人傳呼：「皇太后駕到！」皇太后到來，眾人都要起立迎接，劉婕妤也站了起來。不料等了片刻，並不見向太后身影，於是嬪妃們又各自坐下。劉婕妤剛要坐下時，孟皇后的侍女將椅子搬走，她一下坐了個空，仰天跌在地上。原來剛才是故意有人謊報向太后到來，目的就是為了誘騙劉婕妤起身。
劉婕妤受了這番捉弄後，驚忿交集，也顧不上拜見向太后，跑去向宋哲宗哭訴。宋哲宗雖然不喜歡孟皇后，但孟皇后一向循謹，他也沒有相信劉婕妤的搬弄是非，只是安慰了一番劉婕妤了事。劉婕妤無可奈何，只能哭泣來發泄氣憤。宦官郝隨勸慰說：「婕妤不必生氣，若能早為官家生子，此座（指皇后位）正當為婕妤所有。」
郝隨不過是一個宦官，竟然敢在孟皇后還在世的情況下說這樣的話，顯然背後有不尋常的力量在支持，這力量就是宰相章惇。之後，宰相章惇就通過郝隨與劉婕妤搭上了關係。劉婕妤之所以與章惇勾結起來，只是因為她想當皇后，她需要有人幫助她拔掉孟皇后這顆眼中釘。而章惇則想利用最得寵的劉婕妤探聽宋哲宗的秘密，而剛好孟皇后也是他的目標。章惇想廢除孟皇后，並非他與孟皇后有仇，而是因為孟皇后為高太后所立。當時朝中的保守派已經死的死，貶的貶，章惇已經能夠為所欲為，就將打擊的目標指向了後宮。不過，因為孟皇后端莊嫻雅，性情和淑，很得向太后喜愛，加上宋哲宗一向尊重孟皇后，所以還得尋找有利時機，但機會很快就來了。
孟皇后無子，只有一個女兒福慶公主。福慶公主突然染病，孟皇后的姐姐懂得醫術，曾經治好孟皇后的病，因而皇后的姐姐經常出入宮中，親自侍奉孟皇后。她聽說消息後，特地入宮醫治小公主。因藥物無效，孟皇后的姐姐便將民間道家治病的符水帶來替公主治病。宮中最忌諱符水一類的物事，孟皇后一見，大驚失色，連忙禁止，說：「姐姐莫非不知宮中禁令，與外間不同嗎？倘被奸人藉端播弄，這禍事就不小了！」趕緊將符封存了起來。等宋哲宗到來時，孟皇后才將符取出，如實說明了事情的原委。宋哲宗倒也沒有怪罪，只說：「這也是人之常情。」
此事過後不久，宮中有謠言流傳，說孟皇后與娘家人勾結在一起，在宮中大搞符咒厭魅。孟皇后大為緊張，憂心忡忡，日夜難安。她的養母燕氏、女尼法端、供奉官王堅出於好意，便為孟皇后和夭折不久的福慶公主祈福，不料剛好落人口實。宋哲宗聽說後也開始懷疑起來，詔令內侍押班（宦官）梁從政等人在皇城司（負責宮城守衛）審理此案。在宰相章惇和劉婕妤的支持下，皇城司逮捕了孟皇后左右侍女宦官三十多人。這些人都被拷打，直至體無完膚。在酷刑威逼下，孟皇后的「罪行」被供認了出來。
因為皇城司沒有司法權，宋哲宗又派侍御史董敦逸前去複審。董敦逸到場一看，所謂的「罪人們」都已經沒有人形，且氣息奄奄，無一人能出聲。董敦逸感覺無從錄起，有些遲疑。郝隨生怕他翻案，立即加以威脅。董敦逸膽小畏禍，只得將皇城司所取得的口供抄了一遍，稀里糊塗地了結了此案。
孟皇后既然「有罪」，就不能再母儀天下。但宋哲宗顧念髮妻之情，一時下不了廢后的決心。這時候，有人翻出了當年五月十六「天地合日」的老賬，說孟皇后不廢，皇帝將有生命之憂。於是，宋哲宗以孟皇后「旁惑邪言，陰挾媚道」為由，下詔廢去孟氏皇后位，孟氏出居瑤華宮，號「華陽教主、玉清妙靜仙師」，法名「沖真」。此時，孟氏還不到二十歲。
廢后的詔書下達的那一天，天氣陰翳異常。侍御史董敦逸心中有愧，認為這是天降異兆，於是上奏說：「中宮之廢，事有所因，情有可察。詔下之日，天為之陰翳，是天不欲廢后也；人為之流涕，是人不欲廢后也。願陛下暫收成命，更命良吏複核此獄，然後定讞。如有冤情，寧譴臣以明枉，毋誣後而貽譏。」又說：「臣覆錄獄事，恐得罪天下後世。」宋哲宗看了奏章後大怒，對群臣道：「董敦逸反覆無常，不可在言路。」打算貶斥董敦逸。樞密使曾布說：「陛下本以獄案是近臣推治不足准信，故命敦逸錄問，而今大案始定，就貶錄問官，何以取信中外？」意思是說，正因為皇城司沒有司法權，所以才派董敦逸去複審，如果就此貶斥複審的官員，就無法取信天下了。宋哲宗這才放過了董敦逸。
孟皇后被廢后，身邊的人也受到了相應處罰，養母燕氏、女尼法端、供奉官王堅三人都被處斬，孟皇后心腹侍女陳迎兒被杖責後驅逐。但孟皇后無辜被構陷，卻在民間引起了廣泛的同情。《雞肋集》中記載了一則故事：孟皇后所居住的瑤華宮是所道觀，在開封西北，剛好位於金水河邊。這裡地處繁華，小商小販很多，十分熱鬧。當時京師賣熟食的小販，都要在吆喝上下工夫，「必為詭異標表語言」，這樣才能引人注意，生意才能興隆。唯獨有個賣饊子（饊音sǎn，同傘。饊子是一種油炸的食品，古時環釧形，現細如麵條，呈柵狀）的漢子，每天都到瑤華宮前，放下擔子，既不吆喝