高太后能被稱為「女中堯舜」，足見其治下朝政清明，然而，宋朝歷史上最激烈、最殘酷的黨爭也發生在這一時期，甚至從元祐時期一直延續到宋哲宗親政後，在朝的大臣無論是保守派還是變法派，都不可避免地捲入激烈的黨爭。這其中，複雜微妙之處難以言表，既有保守派與變法派之間的政治之爭，也有宋哲宗與高太后的衝突，還夾雜著許多無法說清的個人恩怨。
司馬光上台後，把變法的責任都推給王安石，攻擊「王安石不達政體，專用私見，變亂舊章，誤先帝任使」；接著全盤否定了新法，誣衊新法「舍是取非，興害除利」，「名為愛民，其實病民，名為益國，其實傷國」。新法大部廢除，舊法一一恢複。司馬光在宋神宗變法時隱居洛陽達十五年之久，他廢除新法之徹底，不能不說他受到了自己數年來政治上鬱郁不得志情緒的影響。然而，高太后卻不僅一味信任司馬光，委以重任，還在司馬光病死後，將其反對變法的措施執行到底，並起用大批保守派人物如文彥博、呂公著、范純仁和呂大防等人。這就是歷史上所謂的「元祐更化」。
其實，此時王安石變法已經有十餘年之久，無論是保守派，還是變法派，他們中的絕大多數人對變法的態度都與最初的有所不同，比如保守派蘇軾在寫給朋友的信中就流露出他對變法偏激言行的反思，而變法派中的章惇也認為新法中有不少弊端，需要糾正。這充分說明，經歷了十多年的時間，雙方都看到了新法的利與弊。十分可惜的是，司馬光的上台使得兩派的矛盾再也無法調和，黨爭進入白熱化的狀態。
保守派入朝，意味著變法派就有可能下野。變法派大臣感覺到危機，為了保全權位，以「三年無改為孝」的說詞，攻擊高太后不應該擅自更改宋神宗的新法，陷小皇帝宋哲宗於不孝不義。高太后義正詞嚴地說：「孫兒幼沖，不能親政。既然由老身主持政事，這就不是皇帝他以子改父，而是老身我以母改子！再說，我只是回歸仁宗皇帝的祖宗舊制，誰曰不宜？」如此，變法派的敗勢已露。
這裡特別要提一句，「以母改子」的意思是以宋神宗母高太后的名義來變更宋神宗朝的政治措施，這是高太后最有力的駁詞，但也由此埋下她與孫子宋哲宗不和的導火線。
司馬光也打著「以母改子」的旗號，狂熱地反對新法。當時有些頭腦較為清醒的人曾經勸告司馬光，要他為年幼的宋哲宗設身處地，異日若有人教以「父子義」，唆使宋哲宗反對今天的「以母改子」，後果不堪設想。司馬光竟然說：「天若祚宗社，必無此事！」
元祐元年（1086年）閏二月，變法派開始有計畫地被驅逐出朝，第一個便是前面在立儲一事上興風作浪的蔡確。宋神宗死後，蔡確為「山陵使」，負責治理宋神宗喪事。御史劉摯等人彈劾他沒有入宿守靈，懷有不恭之心，於是被排擠出朝，罷為觀文殿學士知陳州。不久，又因為其弟蔡碩（治平二年進士）招權納賄罪，蔡確受到牽連，被奪職，貶於安州（今湖北安陸）。
蔡確到了安州，去遊覽車蓋亭，即興賦詩十首。車蓋亭是安州名勝，魏文帝曾於此留下「西北有浮雲，亭亭如車蓋」詩句，故有此名。不過，蔡確隨意寫下的這十首詩卻成為知漢陽軍的吳處厚（福建邵武人）發泄私憤、陷害蔡確的依據。吳處厚曾在蔡確手下為官，因沒有被蔡確舉薦而懷恨在心。吳處厚將蔡確的詩上呈朝廷，說其中「內五篇皆涉譏訕，而二篇譏訕尤甚，上及君親」。其中有「矯矯名臣郝甑山，忠言直節上元間」一句。甑山，安州人，唐高宗時的忠直之士。唐高宗曾想讓位給皇后武則天，郝甑山上奏反對。吳處厚歪曲詩意，說此處是將高太后比做武則天。高太后看到後怒不可遏。諫官劉安世乘機進饞，說蔡確「罪惡昭著，何待分析」。張燾、范祖禹、王嚴叟等人紛紛要求太后馬上給蔡確定罪。蔡確先被貶為光祿卿。但范祖禹則認為：「蔡確之罪，天下不容。而今尚為列卿，恐怕平息不了民憤。」執行大臣吳安詩、梁燾等人也乘機落井下石，認為處理太輕，應從嚴制裁。於是，高太后將蔡確貶到新州（今廣東新興）。
蔡確被貶新州，開創了宋廷朝臣貶到嶺南先例。當時的嶺南被認為是「煙瘴最甚」，有「人間地獄」之號。在那個時代，被貶往嶺南，實際上就相當於被判了死刑。蘇軾曾有詩云：「問翁大庾嶺頭住，曾見南遷幾個回？」意思是說，被貶到嶺南的人，沒有幾個能夠生還，由此可見嶺南環境之惡劣。
蔡確名聲雖然不佳，但也有人不希望看到他死，何況車蓋亭詩案本身就是無中生有、穿鑿附會。呂大防和劉摯曾以蔡確母親年老，嶺南路遠，主張改遷他處。高太后懷恨當初蔡確詆毀她打算廢掉宋哲宗趙煦一事，斬釘截鐵地說：「山可移，此州不可移。」
蔡確被貶時，范純仁（范仲淹子）對呂大防說：「嶺南之路長滿荊棘七八十年矣，今日重開，日後我們難免有此下場。」范純仁雖然是保守派人士，但卻不希望見到蔡確有如此下場，還特意請宋哲宗向高太后求情。然而宋哲宗畏懼祖母，只以沉默來抗議。宋哲宗親政後，將大批高太后任命的元祐大臣貶至嶺南，印證了范純仁當日的憂慮。
車蓋亭詩案完全是無中生有的文字獄。保守派利用高太后對蔡確的不滿，捕風捉影，對變法派開始進行清算。蔡確被貶到新州後不久，就染上當地的疫病，之後病死於貶所。蔡確倒台後，章惇就成為下一個目標。
章惇，字子厚，建州溥城（今屬福建）人。少年時英俊有豪俠氣，博學又善文。宋仁宗嘉祐二年（1057年）中進士。當時，長他十歲的侄子章衡中進士第一名，章惇覺得作叔叔的竟然名次在侄子之下，深以為恥，竟推辭敕令而出。之後，在競爭異常激烈的情況下，章惇再次參考，舉甲科，調為商洛令。
章惇與蘇軾交好，二人曾經同游南山。走到仙游潭時，見仙游潭下臨萬仞絕壁，壁上有一塊很短的橫木。章惇請蘇軾到壁上題字作記。蘇軾俯身望一望潭下，煙霧氤氯，深不見底，當即搖頭，連說不敢。章惇卻從容走到潭邊，吊下繩索攀著樹，提起衣服就爬下去了，用毛筆在壁上大書：「蘇軾、章惇來。」然後攀樹緣索，回到潭邊，面不改色，神采依然。蘇軾當即拍拍章惇的肩膀說：「君他日必能殺人。」章惇不解問，「何以知之？」東坡說：「能自判命者，能殺人也。」章惇聽罷哈哈大笑。
據說章惇出生時，父母不想要他，打算把他放在水盆里溺死，被人救止。蘇軾贈給章惇的一首詩中有「方丈仙人出渺茫，高情尤愛水雲鄉」之句，章惇認為這是嘲諷自己，很不高興，二人因而交惡。其後，蘇軾落難之時，章惇曾經多次打擊蘇軾。
宋神宗任命王安石執掌朝政後，王安石很賞識章惇的才華，用其為中書校正。當時朝廷正在經制南、北江少數民族，又任命章惇為湖南、湖北查訪使。提點刑獄趙鼎說峽州一帶的少數民族百姓苦於其酋長的剝削，正在商議內附朝廷。辰州一個叫張翹的布衣百姓也說南、北江的一些少數民族欲歸附大宋。王安石於是把招附少數民族的事下派給章惇。章惇招募流人李資、張竑前往兩江招附。這兩個傢伙卻是好色之徒，只顧和當地婦女淫樂，結果被酋長發現殺死，酋長大怒，發兵討宋，一時兩江震動。宋神宗深怪章惇擾命誤事，貶修起居注，後召回京師，知樞密院事。章惇與蔡確關係密切，二人曾經一唱一和，矯稱擁立宋哲宗定策有功，為高太后所忌。
元豐八年（1085年）十月，高太后突然下旨，提升慶州知州范純仁為左諫議大夫，知虔州（江西贛州市），唐淑問為左司諫，朱光庭為左正言，蘇轍為右司諫，范祖禹為右正言。任命名單下達到三省和樞密院後，高太后問執政大臣對這五人的晉陞有何意見。
章惇作為知樞密院事，事先竟然不知道這五人的任命。他感覺已經被冷落，心中不快，忍不住發問道：「按照慣例提拔諫言先由兩制（翰林學士、知制誥）官推薦給中書，然後由執政大臣向皇帝彙報，皇帝批准後再作宣布。這次任命范純仁等人為諫官，本人身為執政大臣，居然沒有得到兩制官的推薦意見，不知太皇太后從何處得到的名單，難道是左右近臣推薦的嗎？這種違背祖宗舊制的方法是不可取的。」語氣已經相當咄咄逼人。高太后不得已，辯解說：「這五個人均由各位大臣推薦，並非宮內宦官等近臣所薦舉。」章惇冷冷道：「倘若是大臣所薦，就應該光明正大。」
一時間，高太后極為尷尬。呂公著、司馬光等老臣不得不挺身維護高太后，辯解說：「之所以推薦范祖禹、范純仁等人，是因為與我等有密切關係。」這下就被章惇抓住了小辮子，他立即按照祖宗法加以駁斥：「台諫官乃是糾察執政大臣過失和錯誤而設置的，倘若執政大臣建議提拔親戚及所薦舉人任台諫官，必須將被推薦的人任命為其他官職，這是祖宗成法，是不能違背的。」
司馬光無可奈何，只好說：「范純仁、范祖禹等人任諫官是眾望所歸，不能因為我的緣故而擋住賢臣晉陞之路，倘若必