公元880年，唐僖宗廣明元年十二月初五清晨，在黃巢農民軍的威勢下，僖宗倉皇經金光門逃離長安，身邊只有少數隨從，其中就有其十三歲的弟弟壽王李傑。之後，僖宗顛沛流離、歷經磨難，李傑都跟隨在兄長身邊，因而得到器重。由此也跟僖宗身邊的親信宦官有較多接觸，也是他後來得以被立為帝的重要原因。
黃巢敗亡後，黃金甲煙消雲散，而唐帝國的氣勢也開始漸黯漸淡，瓦解的局勢日益凸顯。各個藩鎮都在瘋狂擴張，全中國變成一片血海。僖宗千辛萬苦地回到長安後，宦官田令孜把持朝政，凶暴而且專橫。河東節度使李克用與河中節度使王重榮聯合起兵，要求罷黜田令孜，僖宗被田令孜控制，再一次逃離京師到鳳翔。之後，邠寧節度使朱玫和鳳翔節度使李昌符再一次聯合起來反對田令孜，一場混戰後，朱玫被殺，田令孜被驅逐。僖宗被折騰得不輕，驚魂不定，很快就病倒。
文德元年（888）三月初五，僖宗病危。因僖宗兒子的年齡太小，任觀軍容使的宦官楊復恭建議立壽王李傑為帝。因李傑和僖宗是同母所生，在眾兄弟中關係最為密切，僖宗同意了，下詔立李傑為皇太弟，代理軍國大事，並立即派宦官劉季述將李傑迎入宮中。這裡，特別要提一句，宦官楊復恭和劉季述後來先後與李傑反目。
當時，支持李傑的只有掌握軍權的宦官楊復恭。朝臣都想立吉王李保，因為吉王在諸王當中名聲最好，年齡也比壽王要大。但自中唐之後，宦官掌握兵權，完全可以操縱皇帝的生殺廢立。朝臣關於立嗣的意見根本得不到重視。
第二天，年僅二十七的僖宗病死在武德殿。僖宗在位十五年，實際上在京師長安的時間還不到八年，之間兩次被迫逃離京師避難，「十五年來無一治，虛名天子老奔波」，可以說是狼狽之極的虛名天子。不過，對僖宗來說他還是幸運的，他是唐朝最後一位死在長安、葬在關中的皇帝，於當年十二月葬在靖陵。
李傑被立為皇太弟後，改名李敏。三日後即位為唐昭宗，又改名李曄。幾次改名，代表著他身份和地位的變化。群臣見昭宗「體貌明粹，饒有英氣，亦皆私慶得人」。
昭宗即位時二十一歲，和許多朝代的末代皇帝一樣，他不是真正意義上的亡國之君。相反，他有振興唐朝的志向，想挽救帝國於危難之中，即位之初，喜歡讀書，注重儒術，整頓內政，很想有番作為。此時的昭宗胸懷大志，雄心勃勃，「以僖宗威令不振，朝廷日卑，有恢複前烈之志。尊禮大臣，夢想賢豪」，被人稱為「有會昌之遺風」。
經過黃巢農民軍起義後，本來在憲宗一朝有所緩解的藩鎮割據勢力重新滋長，以往在形式上聽命於皇帝的節度使們，現在也公然無視朝廷的詔令。靠鎮壓黃巢農民軍發家的各路新舊軍閥乘機擴張實力，據地稱雄，相互吞併。到昭宗即位時，北方出現了以宣武節度使朱溫（因鎮壓農民起義有功被賜名「朱全忠」）、河東節度使李克用、風翔節度使李茂貞（原名宋文通，因鎮壓農民起義有功被賜名「李茂貞」）為首的三大強藩。
昭宗年輕氣盛，聰明輕浮，具有皇室子弟逞能和任性的特質。他往往容易將事情想像得很簡單，一即位就招募了十萬大軍，打算以強大的兵力來壓制強藩。然而，此時唐朝積弱已久，宦官專權，藩鎮跋扈，戰亂不斷，皇權衰微。尤其是各種勢力盤根錯節，宦官和權臣均勾結藩鎮為外援，朝廷內部矛盾重重，往往牽一髮而動全身，局勢相當複雜。昭宗本人也是各種勢力的獵物，勢力集團都想通過控制他來號令天下。昭宗對此卻渾然不覺，貿然對藩鎮採取強硬姿態，企圖挽回中央朝廷權力，結果反而引來更大的危機。
當時，宦官楊復恭自恃有擁立之功，不把昭宗放在眼裡。他還仿照田令孜的辦法，選勇士多人，都收為義子，號稱「外宅郎君」。然後讓這些義子分掌兵權。又養宦官六百人為義子，派到諸道當監軍。宦官的勢力比以前更為強大。昭宗憎惡楊復恭專權，想找機會除掉他。
大順元年（890年），宣武節度使朱溫為了個人利益，奏請唐朝廷下令討伐河東節度使李克用。昭宗感覺這是個機會，想利用朱溫的兵力來對付大宦官楊復恭，先除掉內憂，於是聽從宰相張濬、孔緯的建議，下詔革去太原李克用的官爵，並命宰相張濬等領軍，對河東用兵。各地藩鎮對此都坐山觀望，不積極出兵配合唐朝廷的軍事行動。結果，朱溫、張濬軍均被以驍勇善戰聞名的李克用打得大敗，昭宗派往河東地區的官軍幾乎全軍覆沒。宦官楊復恭乘機反擊，將支持昭宗的宰相張濬、孔緯罷免。
這時候，昭宗任命王瓖（昭宗親舅）為黔南節度使。王瓖到達利州（今四川廣元）時，楊復恭派人將王瓖乘坐的船弄沉，王瓖及隨從全部淹死。昭宗知道是楊復恭主使後，便任楊復恭為鳳翔監軍，打算將他派到鳳翔節度使李茂貞那裡，隱有借刀殺人之意。楊復恭立即借口生病，請求致仕退休，暗中卻圖謀作亂。昭宗當機立斷，親自發兵攻打楊復恭私宅。宰相劉崇望鼓勵士兵進攻，楊復恭兵敗，率義子楊守信等人逃往興元（今陝西漢中）。楊復恭失敗後，西門君遂成為宦官的首領。昭宗此舉，大概是他一生中惟一值得一提的事，雖然沒有徹底改變宦官的擁兵地位，但也在一定程度上打擊了宦官。
昭宗驅逐楊復恭後，楊復恭逃到養子興元節度使楊守亮那裡。鳳翔節度使李茂貞一直想擴充地盤，正待機而動，便趁機向朝廷請求出兵討伐楊復恭。但皇宮中的宦官們有兔死狐悲之感，攔住昭宗，不讓他下詔。李茂貞沒有得到朝廷的詔書，就自行出兵攻下興元，俘殺了楊復恭父子，且將興元收歸己有。
李茂貞勢力有了很大發展，他的轄區離長安很近，昭宗由此對他產生了警覺。昭宗下詔要李茂貞讓出鳳翔節度使，專任山南西道兼武定節度使。李茂貞不但不從，還上書辱罵昭宗，公然指責昭宗「只看強弱，不計是非」。
昭宗看完後勃然大怒，決定出兵討伐李茂貞。宰相杜讓能進諫說：「陛下初登大寶，國難未平，茂貞近在國門，不宜與他構怨，萬一不克，後悔難追。」他認為李茂貞就在京畿地區，萬一又意外，後果難以預料，勸昭宗謹慎行事。但昭宗正怒火衝天，堅決不聽，還大罵宰相杜讓能說：「王室日卑，號令不出國門，這正是志士憤痛的時候，朕不能坐視陵夷，卿但為朕調兵輸餉，朕自委諸王用兵，成敗與卿無干。」
昭宗派出的禁軍大多是剛剛招募的市井少年，不懂兵事，而李茂貞一方則是身經百戰的邊兵。三萬禁軍還沒有進入鳳翔就被打敗。李茂貞乘勝進逼京師。昭宗無可奈何，只好跟臣子講和，殺死西門君遂等三個宦官首領，又殺了籌劃軍事的宰相杜讓能，李茂貞才肯退兵。
此後，大臣們也和昭宗走得遠了。昭宗胸懷大志，卻無力回天。他的雄心壯志逐漸開始黯淡。
李茂貞大敗禁軍後，兼鳳翔、山南西道、武定、天雄四鎮節度使，佔有十五個州，成為關中最強大的藩鎮。此外，還有王建據四川、楊行密據淮南、錢鏐據吳越、王潮據福建。
乾寧二年（895年），河中節度使王重盈死後，其子王珙與其兄王重榮之子王珂爭奪節度使之位。實力強大的河東節度使李克用支持王珂，昭宗便將節度使給了王珂。李茂貞支持王珙，由此大為不滿，聯合邠寧節度使王行瑜、華州節度使韓建，一起發兵到長安問罪，打算逼迫昭宗改換河中節度使的人選。昭宗逃往終南山。李茂貞便殺死了宰相李谿（剛被任為宰相）和韋昭度。
之後，李茂貞讓養子李繼鵬留在京城守衛，自己率軍回到鳳翔。河東節度使李克用聞訊後，自然不甘示弱，領兵來攻，殺了邠寧節度使王行瑜。李茂貞知道打不過李克用的沙陀軍隊，便殺掉養子李繼鵬，向昭宗謝罪，以此來息事寧人。
李克用好戰，還準備進攻鳳翔，徹底剷除李茂貞的勢力。昭宗卻怕除掉李茂貞後，李克用勢大無法節制，想保存李茂貞來牽制李克用。於是不許李克用進兵，封他為晉王，讓他領兵回太原。因國庫空虛，昭宗也拿不出更多的賞賜給李克用，只好把後宮的絕色美女送出。李克用帶著美女走的時候，還怨恨地甩下了一句話：「不殺李茂貞，京師一帶便無寧日！」
昭宗從終南山回長安後，心情難過之極，痛定思痛，決定建立自己的武裝力量。他募兵數萬人，全部交給宗室子弟統率。昭宗想不到的是，他這一項措施不但沒有解決任何問題，還給宗室諸王帶來了滅頂之災。
李克用退兵後，李茂貞又捲土重來，借口朝廷對鳳翔用兵，率兵進逼京師。昭宗倉促離開長安，打算逃去太原投奔李克用，不料途中被華州節度使韓建劫持。韓建恐嚇昭宗說：「車駕渡河，無復還期。」之後，昭宗完全失去了人身自由，被強行滯留在華州兩年有餘。
乾寧四年（897年），華州節度使韓建逼唐昭宗解散諸王所率全部禁兵。隨後，韓建又和宦官劉季述合謀，發兵包圍了十六座宗室諸王的宅第。宗室諸王驚恐萬分，大多披髮逃命，