比爾·馬斯特斯的一生中，每天都在工作，不過這個習慣慢慢消失了。他快要80歲了，無論是精神上還是身體上都無法再繼續這種生活方式了。弗吉尼亞離開後，馬斯特斯和約翰遜診所好像安錯了名字似的，顯得怪怪的。問診的病人也漸漸只剩下了稀稀疏疏的幾個。「他的日程安排極少，」弗萊德里克·彼得森說。他是馬斯特斯1994年帶的最後一位臨床研究員。
在馬斯特斯指導下，彼得森進行了一個案例研究，對象是一對已經7年沒有性交過的已婚夫婦。他們在進行了一周的治療之後，就能夠完成性交了。儘管這個診所開始解散，但是就像彼得森描述的，從馬斯特斯「對這些人進行治療時展示出來的魔力」上看，這一療法的治癒力可見一斑。剩下的工作人員太少，因此彼得森的職責延伸到了檢索40多年來搜集的文件和磁帶上。一天，馬斯特斯吩咐他查找一部名為《女性高潮》(Female asm)的老片子，那是他和約翰遜1959年在華盛頓大學拍的。一個電視劇組要拍一部關於馬斯特斯和約翰遜的歷史紀錄片，問能否看看在他們實驗室拍出來的這個片子。馬斯特斯完全想不起來這些膠捲放在哪裡了。
當彼得森最終找出來時，馬斯特斯非常高興。他裝上投影儀為彼得森播放了起來，就像多年前他在醫學院教學生時那樣。不斷移動的畫面在他們面前閃爍著，他完全沒提及那個撫摸他的裸體女人是誰。
「醫生在感受著自己的榮耀，」彼得森回憶道。「他坐在會議室前邊發表著讓人難以聽見的評論。拿著拐杖對屏幕上那個女人的畫面指指點點。」這一來自那個大膽舊時代的紀念物，大概是他事業的最高峰了，當時比爾·馬斯特斯和弗吉尼亞·約翰遜註定要成就一段醫學史傳奇。
最後，膠片放完了，彼得森問，「誰是這個帶子里的敘述者呢？」
「是我！」馬斯特斯叫道，學生居然連這個都不知道，讓他感到驚訝。
彼得森沒有回答，但這讓他再次想到馬斯特斯和約翰遜診所里已經發生了怎樣的變遷。「我沒有認出來，是因為裡邊的聲音跟我認識的他太不一樣了。」彼得森說。
馬斯特斯試圖在他摯愛的診所里開展一批新項目，但沒有一個能夠重現他往日的成功。診所開設了一個針對受性虐待兒童的治療中心，並且搬到了聖路易斯的政府辦公大樓里。馬斯特斯從以往的研究中獲悉，許多受虐兒童長大後都會有性功能障礙、嚴重抑鬱、痛苦的回憶以及毀滅性的人際關係。來自全國各地的轉診病人可以住在該中心安排的公寓里，在此接受一個月的治療。馬斯特斯和作為副主任的馬克·施瓦茨合作，但這一夥伴關係並沒有持續很長時間。「那樣可以帶來一些收入，」馬斯特斯的一個朋友兼診所前職員朱迪斯·塞法爾回憶道，「比爾非常擔心診所不能繼續開下去了。」比爾還嘗試發起了馬斯特斯和約翰遜性信息幫助熱線——顧客可以免費撥打電話並向一位有資質的性學專家諮詢任何問題——但是這一計畫也沒有成功。到1994年12月，如多迪所願，比爾退休了。他關掉了診所，離開了自己度過了幾乎整個成年階段的聖路易斯。「在我這個年紀，是時候聞一聞玫瑰的香味了。」他退休時說。「我會寫些東西，做點演講，但不會再給病人治療，也不會再做研究了。」他很快在亞利桑那州定居下來，和多迪一起在她的老家消磨時光，享受著那裡的好天氣。
為了幫助體弱的父親，豪伊·馬斯特斯負責了診所關閉的善後工作。他同意被列為診所的副主席，在這一非營利性研究機構把最後一份納稅表格交給政府時，確保所有文件都沒有差錯。「沒有任何大事發生——沒有正在進行的治療和研究，這些在很久以前都停掉了。」他說。「那裡只是給他提供了一個每天都能去的地方。」對父母來說，豪伊一直是個充滿愛意的好兒子。他和姐姐一起，在母親莉比跟父親離婚多年後，依然非常支持她。1982年3月，莉比遇到海軍少將威廉·F·羅耶爾並結了婚，從聖路易斯搬到了緬因州，在那裡度過了她最後的時光。平日里她整整花園、做做針線，和美國聖公會的朋友們享受在布斯灣的生活，就像她在拉杜時一樣。
但是，豪伊與父親的關係依然緊張。「非常悲哀的是，比爾幾次都說到豪伊非常不了解自己——不知道他是誰以及他的工作是什麼。」羅伯特·科羅德尼回憶說。「比爾後悔他給兒子的時間太少了。」吉尼完全不能理解比爾對豪伊的態度，好像馬斯特斯接受了那麼多心理治療培訓，卻沒有從他與自己父親那折磨人的關係中吸取一點教訓。「比爾在許多方面確實對兒子不厚道並且很殘忍。」她回憶道。「豪伊根本沒有理由喜歡他。他才是那個努力改善關係的人。他在這方面更像他的母親。」
關掉診所時，威廉·馬斯特斯關於人類性學的研究還有許多方面沒有做完，他希望在自己退休後，診所能夠繼續下去。他嘗試申請聯邦教育撥款建立一個「強姦危機中心」，以研究性暴力背後隱藏的原因及其癥狀，但沒有成功。性的神經心理學原因依然是最大的謎團。嚴謹地講，他從來沒有回答《人類性反應》中所強調的最根本的謎團，他承認「關於男人和女人為什麼有那樣的反應這本書沒有做出回答」。其他一些歐洲研究者對馬斯特斯和約翰遜最先提出的性反應的4個主要階段進行了重複和肯定，但並沒有得出進一步的結論。到20世紀90年代，透視及核磁共振等醫療設備的出現，使得醫生們能夠窺見大腦和其他器官的內部運轉，這些手段要比馬斯特斯和約翰遜曾經在實驗室里用過的複雜得多。只要政府放開道德方面的管制並且提供資金，只要像華盛頓大學這樣的學術機構能夠重新給他的工作提供人員和支持，馬斯特斯相信他們肯定能夠解開更多謎團。也許他們通過嘗試搜集中風患者、神經疾病患者以及脊髓損傷患者性慾方面的案例，就會給這些病人提供更多的撫慰。
到診所關閉時，整個國家都在採用馬斯特斯和約翰遜模式。正如他們親自試驗的發現推翻了西格蒙德·弗洛伊德關於女性性慾的看法一樣，他們的治療方法也直接挑戰了治療性問題病人的傳統心理分析療法，使其產生了非常激進的改變。儘管他們的治療費有了大幅攀升，但比起弗洛伊德療法還是要便宜得多。「去做兩三年的心理治療，看看那得花你多少錢！」馬斯特斯強調。然而到了1994年，馬斯特斯和約翰遜療法的主體——雙重治療組，即一個男治療師和一個女治療師共同為夫婦們做治療的方式——成了受他人操縱的、護理診療價格重新評估下醫藥價格控制的犧牲品。「用兩個治療師的話，成本就要翻一番。」在去世前幾個月接受的一次採訪中樂維醫生回憶道，他的生活和職業都被馬斯特斯和約翰遜改變了。「現在人們對性寬容多了。所以前來治療某種特別性問題的夫婦並不在乎(治療師)是男是女。」
馬斯特斯和約翰遜通過解剖學發現及臨床描述進行推介的性問題治療方法，很快進入了美國葯業孕育出來的藥物高潮新領域。以前處於性心理研究邊緣的大型製藥公司，通過賣「偉哥」及其他高度市場化的治療勃起障礙的藥物賺了一大筆錢。1998年把「偉哥」投入市場的輝瑞公司，10年間每年從這些小藍藥片里賺取了高達13億美元。「如果問題在於焦慮導致的功能障礙，馬斯特斯和約翰遜的治療方法將是有效、安全的，並且長期來看，是便宜的。」《紐約時報》1998年這樣評價道。在該藥引進的5年之內，已經有超過1600萬人進行了嘗試。突然，在這個「『偉哥』時代」，嚴肅的醫療用途光環緩解了以往在這類討論中存在的陳舊的清教主義以及道德禁忌。在電視上充分曝光之後，人們對持續勃起4小時作為這種藥物可能引起的痛苦的副作用好像也司空見慣了。如果比爾·柯林頓說與白宮實習生的色情事件代表了20世紀90年代美國性態度的一方面——象徵著嬰兒潮一代來自性革命的放蕩氣質——那麼，他的共和黨對手鮑勃·多爾在電視上咕噥「偉哥」解決「勃起功能障礙」上的神奇作用時，則代表了人們將來對性的態度。「每家追求像『偉哥』這種提升生活質量的藥物的公司都這麼做，因為威廉·馬斯特斯和弗吉尼亞·約翰遜讓性健康成為一種合理訴求。」《花花公子》作為他們研究工作的贊助人意味深長地宣稱。性可以通過一種絕大部分上了年紀的美國人無法想像的方式實現其物理上的可能性。像馬斯特斯曾經呼籲的，「上了年紀之後，你不可能像18歲時那樣繞著街區跑步，但你依然可以享受散步。」不過，可以在那個實驗室里找到愛的鑰匙嗎？只要通過預約，就可以使用一家與性有關的大醫藥公司推出的「偉哥」及其他藥片、藥膏和藥水，從而收到神奇療效。「向你的醫生求助吧。」廣告上這樣寫著。馬斯特斯和約翰遜的治療方法在美國精神病學協會的《精神疾病診斷與統計手冊》上也有所反映，這本書被稱為精神健康和健康保險業的《聖經》。但是，他們適用於醫療的方法——治癒率非常高——如今被一種更可靠的瓶裝葯