公時平古遺址從其規模來看可以推測已經經過了相當長的時間。遺址調查需要大量的人手，參加調查的人員除了必須具備專業知識以外還要從事和土木工人一樣的體力勞動。
雖說為了讓專業人員集中精力對重要部分進行發掘、觀察、記錄和整理，應該避免讓他們從事重體力勞動，但是出於工程預算的考慮以及考慮到如果把土木作業交給一般人員有使遺址遭到破壞的危險，最後還是決定起用專業人員和有基礎知識的人從事調査。
為此，調査時間定在了學生放暑假的七、八月份。
7月上旬，預備調查開始。首先進行了現場的測量和打孔探查，據此繪製了發掘現場和周邊地區的地形圖，初步摸清了現場的地理條件和發掘範圍。
根據預備調查的結果，正式調查準備從7月20日起分兩期進行。第一期工程從7月20日到31日共12天，第二期工程從8月20日到31日，也是12天。
和土地所有人經過協商達成了一致，條件是只對準備蓋房的地段進行調查，周圍的土地維持原貌。
工地內搭起了兼作休息和倉庫的簡易房，宿舍安在了離現場最近的俵石溫泉的縣療養院。
人們把考古發掘比作外科手術，手術刀的失誤會斷送人的生命，同樣，發掘的失誤也會使古遺址遭到徹底破壞。
遺址發掘不管怎麼小心翼翼地進行、也不能避免它對先人創造的傳播人類歷史的文物和遺扯的原形、原貌的「改變」，這種改變如果沒有充分的目標和必要，就是一種破壞。即便當時採用的方法是最先進的方法，也會被後世發明的更先進的方法所代替。考古學的發掘調查試圖在現階段把人類悠久的歷史長河攔腰截斷，然後再逆流而上儘可能忠實地再現歷史的原貌，然而大河一旦被截斷，它的原貌也就不存在了。
在不斷改良「截流方法」的同時，根據流傳的歷史文物再現人類的整個歷史。這就是考古學博大精深的內涵。它探求的目標是遠大的，但它每天面對的卻是「黃土」。
7月20日上午9時，調査隊全體人員在公時平集合。首先，箱根神社的神主做了祈禱儀式。上午10時，隨著現場總指揮金井昭麿的一聲令下，發掘調查正式開始。
由於小笠原高氣壓的強勁勢頭，日本列島處於典型的夏季熱帶氣壓控制下。雖然大地酷暑難耐，但高原的大氣仍是清爽無比。舉目遠眺，金時山、乙女峰、長尾峰、三國山連綿起伏，夏季的白雲不時從山脊上噴出，閃著耀眼的光芒在高原的上空緩緩漂過。
雖說這裡已被旅遊開發搞得滿目瘡痍，但覆蓋著中央火山口的山毛櫸林和水桴林仍是鬱鬱蔥蔥，掠過仙石原草原的微風仍使人感到心曠神怡。
高原的坡地上建起了高爾夫球場，林間別墅和住宅山莊星羅棋布，這裡再也不是一望無際的草原，聳立在火山口中央的神山高聳入雲，駒之岳魏然矗立，儼然一付箱根盟主的威嚴。
每到清晨，隨著太陽的升起，原本是百鳥爭鳴的高原被露營者和郊遊的年輕人的歡笑聲所代替。
7月20問清晨，仙石原的一角響起了一群青年男女的喧囂聲，他們的裝束別具一格，和暑假郊遊的，生完全不同。他們是前來參加發掘調查的集古館大學和東京女學館短期大學考古學班的學生，一共有三十人。
對於參加課外實習的大學生，他們帶著一種參加夏令營的新鮮感。在女同學面前，男生們個個顯得精神抖擻。乍一看，很難把他們和考古調查隊聯想到一起，倒象是一所林間學校或野外俱樂部。
第一天的工作是第一溝槽和第二溝槽的設定，以南北為主軸間隔10米各設定兩條2×30術的構槽。
溝槽的好處在於它可以根據挖掘過程的需要全方位地進行各種規模的設定，然而在開掘長溝槽的過程中也有逸失必要的斷層的危險。
第一階段的表土排除是力氣活兒，男同學們奮勇爭先，女生們也毫不示弱。男同學憑著年輕力壯有時不知不覺挖過了頭，女生們正好起到緩衝作用。
挖掘作業在一片樂融融的氣氛中進行著。
「老師，怎麼還不見骨頭出來？」
和余井一起參加了座間市橫墓穴調査的大崎滿懷希望地挖著。
「這裡不是墓，不能抱太大希望。」
「即使不是墓，如果以前有人住過的話，也應該有人骨出來。」
「嗯，也不能說絕對沒有。」
「也許有人病死以後沒有下葬或者把人殺死後偷偷埋在了這兒。」
「又是在編推理小說吧？」
「日本的考古學之父浜田耕作是這樣給考古學定義的，他說考古學是『用過去人類留下的東西研究人類的過去的學問』，有點類似警察搜査兇手的方法，就是通過搜集兇手留下的材料然後分析整理對兇手進行科學的正確的介定，可以說幾乎是一樣的。要說有不同，那也只是考古學研究的是人類發展的全過程，而警察面對的是兇手。聽說茨城縣新治村下坂田冢挖出了一個帶著箭頭的頭蓋骨，要是我們也能挖出就太好了。」
「老是骨頭骨頭的，嚇死人了。」
從東京女學館短期大學來的栗林君代插嘴道。雖然嘴上這麼說，但臉上卻流露出極大的興趣。
「放心好了！要是挖出來什麼，我們來對付。」
「好哇！你滑頭！讓我們挖土，好吃的自己撈走。」
君代噘起了嘴。
「好好好！挖出骨頭交給你們干行了吧！」
「骨頭我可不幹！要是挖出寶石什麼的還差不多。」
「那就學那個幫主人找寶的小狗在這兒叫兩聲。」
「你壞！老師！」君代投去責怪的一瞥。
發掘初期的表層清理在一片輕鬆的氣氛中進行著。
淤土清理作業的主要工具是鐵鏟和鐵耙。第二天是進行第一、第二溝糟的清理和第三溝糟的設定。22日是第四溝糟的設定和既設溝槽的清理。
23日進入調查開始後的第四天，所有人員漸漸習慣了調查生活，各項作業走上了正軌。這幾天正趕上連日的好天氣，每個人都被曬得黑黑的。
學生們雖然將來不一定都考古，但大家對調查都傾注了極大的興趣和熱心。雖然每天從早晨九點干到下午六點，中間只有一個小時的午休和兩次小休，但沒有一個人發牢騷。
這除了天氣好的原因外，隊內男女同學的均衡搭配可以說也是大家協同配合氣氛融洽的基礎。然而誰知道以後會怎麼祥，如果天氣變壞，疲勞堆積，這種場面是不會長久維持下去的。
正因為有很多嬌弱的女孩子參加，所以必須隨時注意她們的身體狀況和隊員之間的相互關係。所幸的是事先確保了良好的住宿條件，每天工作後有豐富多彩的娛樂活動使每個人身心得到充分的調劑，目前整個調查團處於良好的狀態。
上午十點，進行第三溝糟挖掘的小組發出一片歡呼聲，原來那裡挖出了繩文早期的陶器。這是挖出的第一件文物，同學們顯得興奮無比。
也難怪，如果挖了好幾天什麼也沒挖到，放到誰身上也會泄勁的。金井再一次提醒大家要小心慎重。如果亂鏟亂挖一旦毀壞了文物便無法挽回。
快要到午休的時候，第四溝槽的北端突然湧起一陣異樣的騷動。緊接著一個叫山岡的男生神情緊張地喊了起來：
「老師，快來看。」
「怎麼了？」
正在觀察第三溝槽挖出的陶器的金井聽到喊聲問了一下，沒有回答。平靜中孕育著異樣的氣氛。
會不會是挖出了骨頭？金井想到。第一次挖到人骨總是大驚小怪的。
金井走到山岡的旁邊，山岡緊張地用手指著剛才挖過的土中。
「發現了什名……」
金井話剛說了一半就怔住了。
只見土中一個面目全非的頭顱裸露著，濕漉漉的頭髮像水草似的粘在頭上。頸部往下的骨骼也露出了一點兒，上面纏繞著一些衣服的纖維。骨骼是新的，毫無疑問這不是考吉隊所要調查的對象。
「老師，怎麼辦？」山岡的臉變得刷白。
發掘調查中有時會挖出被害的屍體，然而大部分場合難以和正常死亡的屍體區分開，與其說這是人骨還不如說是「人體」。
「不管怎麼說先挖出來。」
金井把所有男同學叫了過來，讓女同學遠離現場。女同學們雖然很害怕但還是遠遠地圍在現場邊聚精會神地注視著。
金井指揮學生用竹鏟把屍體周圍的土輕輕鏟去。周圍立刻泛起一陣惡臭，很快招來了一群蒼蠅和飛蟲。屍體的頭部位於地下約三十公分的地方，整個屍體成坐姿，頭搭在膝蓋上。屍骨上殘留著身體的肌肉組織，粘附著衣服的纖維，手腕上帶著一塊手錶。
屍體的全貌顯現出來了，金井決定原封不動地保護起來。
如果金井報告說這是百年以前的人骨，警察