AJA4301客機墜落在東京灣後的一個月里，海上自衛隊的潛水隊和打撈船日以繼夜的工作，打撈起一百十二具屍體以及除第四引擎外的全部機身殘骸。又經過一段時間的奮力搜索，剩餘的二十六具屍體和第四引擎最終還是沒能找到。
搜索停滯不前。海上保安廳使用水中攝像機和水中聲波探測儀，尋找遇難者和第四引掣。由於墜毀現場是深水區域，必須派遣水上飛機潛海搜索。由於海底污泥混濁，這些費了九牛二虎之力弄來的「新式武器」，也不得不望洋興嘆。
東京灣，一連幾天狂風暴雨。惡劣的氣候，給搜索救援工作帶來了巨大困難，經過連續晝夜的搜索，潛水員疲勞之極，相繼病倒。被譽為「海上男子漢」的船員們，體力消耗達到了極限。參加打撈的船員，幾乎都不同程度地得了感冒和神經性胃炎。再這樣下去，將大量減員。要不了多久，將「全軍覆沒」。
打撈剛開始的階段，竹芝棧橋上擠滿了遇難者的親朋好友。隨著遺體打撈工作接近尾聲，竹芝棧橋上的逗留人漸漸減少。如今還堅持光顧的，是一些尚未打撈到遇難者遺體的家屬。
在這段時間裡，由紀子天天「出勤」。任憑海風刺骨，任憑暴雨連連，準時來到棧橋。她多麼希望能親自參加搜索，多麼希望能用自己的雙手從海水裡捧起丈夫那熟悉的身體。
——已經在大海里度過一個月的丈夫，也許凍得直打哆嗦？儘管自己站在棧橋上不能起到任何作用，可與丈夫之間的距離似乎近了，又彷彿感覺到丈夫的脈搏在激烈地跳躍。
在棧橋思念丈夫的日子裡，與其他空難者的家屬熟悉起來。可由紀子覺得自己是全日航遇難職員的家屬，總感到在這個特殊的大家庭里羞愧滿面，無地自容。
機組人員的遺體，全部打撈完畢。唯全日航的遇難職員——自己的丈夫，至今仍下落不明。
作為全日航公司空難職員的家屬，當然不能像別的家屬那樣，向公司提出這樣或那樣的過高要求。既是旅客遺孀又是公司職員，在這種公開場合，很難亮出自己的觀點。
每天上棧橋，不是默默無言就是獃獃望著大海。
機身中段、尾翼、第三引擎、主翼的一部分、第一引擎、第二引擎、主翼的根部以及機首部分，相繼被打撈上來。
由政府委派組織的「全日航飛機失事原因調查組」，在海上保安廳、東京地方檢察廳和東京警視廳聯合組成的搜索救援指揮部的協助下，開始對運送到羽田空港全日航倉庫里的AJA4301殘骸，展開詳細而又嚴格的調查和取證。
與此同時，美國斯普魯多飛機製造公司的工程師團和美國民間航空委員會的航空安全監督調查官，同機飛來日本。他們作為調查組成員，一起參加事故原因的調查。
在形同露天操場的巨大倉庫里，機首、主翼部分、機體中段、尾翼以及起落架等殘骸碎片，不計其數，比比皆是，連走廊通道也堆滿了。
調查組將殘骸碎片連接起來，進行調查。
經過取證分析，調查組與搜索救援指揮部達成了共識，結論如下。
一、海底現場的機身狀況：二月十日，在羽田燈標東側十二點六公里、深度三十二米的海底，先後發現機首駕駛席、機身中段、主翼和尾翼。這些殘骸碎片，從千葉向著羽田方向，呈逆向狀態散落在海里。
上述殘骸碎片，從二月十二日開始，共打撈兩天。
二、打撈上來的機身狀況：飛機，斷裂成六個大塊：機首、尾翼、兩個主翼和兩大塊機身中段。兩大塊機身殘骸，雖已成碎片，但還能勉強組合在一起。尾翼，完好無損。機首的下半部分，呈S形狀。數以千計的紅色、白色配線，宛如一大團理不出頭緒的亂麻，垂掛在機身的外側。
三、儀錶狀況：儀錶群的主要儀錶，是機長座席使用的儀錶和機械員使用的儀錶。
1．機長坐席使用的儀錶盤狀況：（1）唯顯示第四引擎馬力的數值，異常低；（2）引擎的轉換開關，在儀器盤上側，控制燃料、潤滑油的補充管道。開關外側端部，裝有信號燈。當某引擎發生火災等非常情況的時候，標有該引擎編號的信號燈，隨即閃爍。唯第四引擎的轉換開關，其端部有被拆卸和拽過的痕迹；（3）唯第四引擎的啟動槓桿朝下，處在啟動與停止之間的位置；（4）防凍儀錶以及儲壓儀錶顯示的數值，與通常數值相同；（5）著陸燈開關，處於關閉狀態（事故當天十九時零分三十秒，空中交通管制所調度員曾向該機發出點亮著陸燈的指令）。
2．機械員使用的儀錶盤狀況：（1）第一引擎的溫度儀錶開關，呈打開狀態；（2）氧氣調節開關，呈正常狀態；（3）機械員使用的室內高度儀錶，顯示每分鐘上升六百米的數值；（4）顯示飛行方向的指南儀錶，指針指向二百七十度（即朝西方向），顯示飛機在朝羽田方向飛行。可由於墜落時的撞擊，儀錶指針有可能出現狂轉的異常情況。因此，不能單從現狀予以判斷；
3．駕駛席內側的鐘，指向十九時五分十二秒，處在停止狀態。可該機曾於十八時五十九分在千葉上空，向東京空中交通管制所發出請求著陸的信號。從千葉到墜落現場，根本不需要六分十二秒的飛行時間。因此，該機墜入大海時，可能有過一番掙扎的時間。
可見，鍾顯示的時間，不代表飛機墜落的時間。
總而言之，儀錶系統的玻璃四分五裂、支離破碎。由於撞擊和海水的浸入，所有的儀錶指針，都有可能出現狂轉的狀況。所以說，儀錶上目前顯示的數值，難以成為分析事故原因的切入點。
四、客艙狀況：從機身尾部到左翼之間的窗玻璃，完好無損。可右翼到機身尾部之間，即26F座位與前排25F座位之間呈斷裂狀態；24F座位底部有裂痕。室內的表面裝飾，有一部分被燒毀的痕迹。所有的座椅，朝左前方和右前方傾斜。
五、機尾狀況：尾部水平翼的升降舵，朝上。方向舵左傾三十度，表示向左旋轉。主體的壓壞和橫截面的壓縮，皆受到左翼的猛烈撞擊。機身殘骸碎片的散亂狀態，是朝東撤開。即整個機身或者水平或者尾部稍稍向下、左傾狀墜毀在海里。
六、引擎狀況：1．第一引擎（左翼）的狀況：主體被錐形螺栓牢牢固定在主翼上，螺栓沒有斷裂。引擎側面的外殼，有縱向裂痕。
當該引擎與水面接觸時，由於衝擊力過猛，受衝擊的引擎部位出現了縱向裂痕。引擎主體的外殼，有裂痕和裂縫。
再者，引擎下端的齒輪傳動箱和燃料噴射管道裝置，呈扭曲狀態。該狀態，是由於墜落時撞擊而形成的。可內部壓縮裝置里的葉片和空氣輸入整流板，基本上保持原樣，證明沒有發生過爆炸。
2．第二引擎的狀況：主體被錐形螺栓牢牢固定在主翼上，其損傷程度與第一引擎大致相同，沒有發現爆炸的痕迹。
3．第三引擎（右翼）的狀況：主體被錐形螺栓牢牢固定在主翼上，完好無損。主體基本保持原形，燃料系統的機器部分，原封不動地附在引擎上。引擎前端的空氣整流板，沒有破損。僅引擎後端的排氣孔，微微破損，也沒有爆炸燃燒的痕迹。
4．第四引擎的狀況：將引擎主體固定在主翼上的A、B、C三顆錐形螺栓，已經斷裂。由於這些螺栓斷裂，導致引擎主體與主翼脫離，至今尚未找到。
A、B錐形螺栓，皆固定在引擎主體前側的上孔和下孔上。可唯上孔的橡膠墊片，還殘留在那裡。螺栓受力框架的上端，有三處受到撞擊的痕迹。其框架下端，有五處擦傷的痕迹。由此可見，第四引擎不是突然與主翼脫離的。
七、遇難者遺體的狀況：遇難者：旅客一百二十九名，機組人員九名。旅客組成狀況：團體旅客八十六名，個人旅客四十三名。機組人員狀況：機長，副飛行員，機械員，報務員，乘務長以及四名女乘務員組成。
旅客遺體：除十二具被火燒成輕傷，其餘幾乎都是腦部骨折，但損傷程度並不嚴重，基本保持原形。打撈出水面時，皆臉呈酒醉後的紅紅顏色，沒有絲毫驚慌失措的神色，似乎都還活著。在打撈出水面的同時，由於水壓變化，所有遺體皆向外噴射鼻血。大部分身著西裝的女性遺體，因接觸水面時受到猛烈撞擊和海水浸泡，下身的內外褲都已經不復存在。
在調查取證時，就上翼上第四引擎的固定螺栓（第四引擎還沒有打撈上來）的斷裂處，進行了格外仔細的檢查和特別周密的分析。從斷裂處的外觀判斷，該斷裂的固定螺栓，沒有發現老化而自動斷開的痕迹。
就上述情況，調查組暫時作出如下推測：第四引擎，由於受到飛機墜入大海時的猛烈撞擊而自動脫離。
可調查組成員中間，有人提出不同意見。他認為：固定第四引擎的部位以及斷裂的固定螺栓，有重大疑點。
這位調查組成員，叫吉村健太郎，是國家航空部里年輕氣盛、分析能力頗強的輔佐官。可在部里坐冷板凳的