「日本建國以來最大的劫難，因為天佑神助而躲過，但是此後恐怕……」時宗心中明白。
同時，他也認為這是上天賜給他的一次鞏固幕府政權的絕好機會。幕府的實權雖然掌握在執政的手中，但是名義上，將軍才是幕府的最高統治者。
從京都招來的宗尊親王在位十四年，逐漸培養了一股勢力，這讓時宗頗不高興。
廢了宗尊親王，將大權集中在自己手中的時宗，試圖以蒙古來襲為契機，鞏固自己的權力。
時宗聽到北九州防衛軍的報告，看到了日本軍的弊端。在與蒙古軍作戰的時候，日本軍幾乎是一盤散沙。
迎擊蒙古第一次遠征軍的，主要是較獨立的北九州奈族。他們世代都是地方豪族，不服從總將命令，各自為陣，導致兵力分散。
鎌倉幕府的九州守將主要居住在關東，不在九州當地。如果當時九州的守將是在鎌倉直屬的御家人的指揮下作戰，說不定會將損失降低到最少。
日本面臨著迄今為止最大的國難，時宗感到了身上的重擔。如果自己判斷失誤，日本將會亡國。高麗已經成為蒙古的屬國，與亡國無異。在高麗，上至國王，下至百姓，都被迫剃去頭髮，制度、禮儀、風俗和習慣都被強制改變。
一想到自己被迫剃頭並穿上蒙古服裝的情景，時宗就覺得非常屈辱。
「自神武天皇開國以來已歷兩千餘年，豈能讓日本在我這一代被賊寇侵犯。第一次是神明護佑我們擊退了敵軍，如果他們還敢來，我們就用自己的力量把他們擊退。」
時宗態度強硬。
他開始修正防衛的缺陷，並調整九州、山陰、山陽甚至北陸道的任官，鞏固自己的權力。大部分新的守將都是北條家的人。
當然，被更換下來的舊將也有反抗，但是時宗的態度卻非常堅決。
「不顧國家大難，只顧自己的地位和私利，實乃不忠。」
時宗把元人來襲當成了加強自己權力和鞏固邊防的一個絕好契機。為了可以動員更多兵力，時宗讓寺院和神社負責自衛，並向朝廷要來了對寺院和豪門私領的武士的徵兵權。
另外，他還下令在博多沿岸一帶築一種易守難攻的堡壘，堡壘高兩米，寬三米，面朝大海。他還常設衛隊，加強防衛。
如此時宗還不滿意，在一二七五年十二月，他對少二經資下令道：「賊宼的基地在高麗。我們不能坐等賊寇來襲，而應先發制人。召集所有兵船水手。」他又令中部和九州的各守將出兵。
但是，聯署北條義政和政所執事二階堂行綱等重臣堅決反對出征高麗。
「蒙古來襲之後未及一年，我方國力疲弊，實在不是出兵海外的時候。如果現在動員出兵，定會導致國力衰微，人心離散。而且即便我方出兵討伐高麗，也無法阻止賊寇來襲。高麗不過是賊寇的橋頭堡，我們消滅它，不會對賊宼產生什麼影響，反而會刺激賊寇，使其提前來攻打日本。我們應該自重，爭取準備時間，加強國力，鞏固邊防。請大人三思。」
時宗無奈，只得作罷。
遠征日本失敗的消息很快傳到忽必烈耳中。原本堅信這次遠征一定會取得勝利的忽必烈非常吃驚。
這次遠征動用兵力總數三萬三千，包括水夫在內則有四萬，有一萬三千五百人沒有回來，即便是回來的人，也都滿身瘡痍，兵船也都遭到了破壞，實在是慘不忍睹。
聲稱失敗是因為遭遇暴風雨，忽必烈沒什麼話好說。但他聽完報告的時候，才意識到自己小瞧了日本。
遠征軍於十二月二十八日回到了高麗國都開京。次年一月，忻都、洪茶丘和劉復亨等回到了大元，將此次的戰況報告給了忽必烈。忽必烈聽完忻都的報告之後，犒勞了遠征的將士。
「卿等並非敗給了日本，而是敗給了暴風雨。對於卿等在戰場上的英勇表現，朕已經滿足。厚葬戰死的將士，厚遇他們的遺族。負傷者要好好給他們治療。」
同時，忽必烈決定再次發動遠征。
一二七五年，元奪取了建康，逼近宋的都城臨安。
現在，南宋已成口中之肉，因此忽必烈沒有必要擔心宋會和日本聯手了。
忽必烈心裡清楚，第一次遠征，蒙古輸給了日本。
在此之前對西方的作戰中，雖然也曾遭遇過花剌子模的札蘭丁這樣的英雄，也失敗過，但是不過是局部戰役，從來沒有遭受過這種全局性的失敗。
蒙古不敗的神話在日本被擊破了。忽必烈因此遭受的屈辱和打擊是巨大的。
一二七五年二月九日，忽必烈命禮部侍郎杜世忠和兵部郎中何文著出使日本。
元的使者經由高麗，於四月十五日到達了長門的室津。上次的使者潘阜只到了太宰府便回去了，這次為了不重蹈其覆轍，決定過太宰府不停，直接到日本的權力中心與他們面談。
元使者一行被護送到鎌倉。此時，時宗正在加強北九州的海防，打算攻打高麗。元的使者來得不是時候。
「沒必要跟他們啰唆。要是他們來道歉也就罷了，竟然不知羞恥來要朝貢。拉出去，斬了！」時宗下令。
「如果斬掉元使，將沒有交涉的餘地，不如與上次一樣，不給他們答覆，讓他們回去好了，」在場的重臣忙勸阻。
「殺不殺元的使節，理不理他們，該來的還是會來。」
時宗不顧重臣反對，斬掉來使，表明了自己的決心。
忽必烈大概已經預料到使者的命運。他在派出使節的同時，已經命高麗造戰艦和兵器，準備發起第二次遠征。
第一次遠征日本，高麗已經疲憊不堪。高麗國王派金方慶為使者前往元都，訴說了朝廷的窘況，請求不要發起第二次遠征。
此時呈給忽必烈的奏文中，是這樣陳述高麗慘狀的：「……軍國之需，斂於貧民，至於罄其斗升，已有采木實草葉為食者。民之凋敝莫甚於此……若復舉事於日本，則其戰艦兵糧實非小邦所能支也……」
在第一次遠征日本的時候堅持主張攻到太宰府、斬草除根的金方慶最擔心的事情發生了。
但是，忽必烈完全沒有理會高麗的哀訴。
一二七六年，蒙古攻陷南宋的都城臨安。一二七九年二月，南宋的殘餘勢力在廣州灣頭的崖山抱著小皇子沉海自盡，南宋完全滅亡。忽必烈最終完全統一了中國，將目標對準了日本。
南宋滅亡之後的蒙古對日本的遠征，和第一次遠征完全不同。現在的蒙古大帝國，已經延伸到大陸的東西南北，日本成為隔海相望的唯一目標。
在宋滅亡之前，蒙古的最初目標是想與日本結成盟友，防止其與南宋聯手。但是，現在蒙古已經將戰爭目標鎖定日本。更何況，日本軍曾經讓第一次遠征的蒙古軍吃盡了苦頭，是不可饒恕的敵人。
「朕在位期間，一定要完成祖父所說直到天涯海角的遺願，現在我們終於要實現了。還剩下最後一個國家，不將其征服，就無法完成祖汗的遺願。」忽必烈宣布。
從這句話中可以看出，遠征日本是蒙古大帝國以及忽必烈的最後一件大事。
忽必烈吸收了南宋的海軍，增加了不擅長海戰的蒙古軍的自信。
中日兩國的交流源遠流長，亡宋積累了很多關於日本的信息。忽必烈讓宋國的降將擔任征服日本的隨軍謀士。
一二八〇年，忽必烈開始了遠征日本的準備。高麗重新建造了九百艘戰艦，亡宋境內四省也建造了六百艘戰艦。
這一年的八月末，忽必烈召集忻都、洪茶丘、南宋降將范文虎和高麗王等人，討論對日作戰。
在第一次遠征日本六年之後，最終決定再次征伐。
此次遠征除了要完成成吉思汗的遺訓之外，還有一個更大的目的。
元征服了南宋之後，對如何處理南宋的四十萬降軍感到非常棘手。國內沒有了戰爭，將士們也沒有了用武之地，坐視不理的話，會導致社會動蕩不安。
忽必烈希望通過這次遠征，消耗掉他們。他還想把他們轉移到日本。忽必烈對以亡宋軍為主力的江南軍下令：「準備大量的農具、家畜、穀物、鍋、釜、傢具等各種生活用品。」
一二八一年一月，忽必烈下達了遠徵令。
按照上年八月確定的戰略，阿剌罕擔任總將，軍隊分為東路軍和江南軍，前者是忻都、洪茶丘和金方慶率領的蒙、漢和高麗的聯軍四萬共九百艘戰艦，後者是范文虎、夏貴麾下的亡宋降兵十萬共三千五百艘戰艦。在兵力上幾乎是第一次遠征的五倍。
二月二十日，忽必烈在出征之際，下發了詔書。
「始因彼國使來，故朝廷亦遣使往，彼遂留我使不還，故使卿輩為此行。朕聞漢人言，取人家國，欲得百姓土地，若盡殺百姓，徒得地何用。又有一事，朕實憂之，恐卿輩不和耳。假若彼國人至，與卿輩有所議，當同心協謀，如出一口答之。」
從忽必烈的話來看，他還想對日