貴由即位之後，矛頭首先開始針對帖木格。窩闊台死後，帖木格曾以弔喪為由，率大軍包圍了國都。如果單純是為了弔喪，完全沒有必要率大軍而來。
貴由知道他的打算。他是想通過在宮中主持窩闊台的喪事，爭取在忽里台上的發言權。
當時多虧了耶律楚材，沒有動用一兵一卒，便讓帖木格退了兵。但是現在，貴由舊事重提，開始對帖木格進行查問。
在脫列哥那的建議下，貴由讓蒙哥負責調查這件事。脫列哥那的這個決定可謂非常巧妙，她一方面將處罰叔祖父一事推給了蒙哥，也通過這件事給了拖雷家面子。
通過這次查問，帖木格麾下的重臣都被處決了。元兇帖木格則因為忽必烈出來求情，免於一死。但是，他已經沒有任何實力。
皇族、諸將看到帖木格受到了這樣的處罰，無不戰慄。貴由這次殺一儆百的行動取得了出色的效果。
肅清了帖木格一家之後，貴由將矛頭對準了拔都。
拔都無視哈剌和林的再三催促，沒有回來參加忽里台。他雖然每次都是以西方的反蒙古勢力還很猖獗為由拒絕回來，但是很明顯，他沒有把宗家的命令當回事。
貴由繼任可汗在形式上是忽里台的決定，但是實際上這次忽里台不過是一次確認儀式。拔都從內心不願承認貴由為蒙古的可汗，他現在已經征服了斡羅思各公國，以伏爾加河的河口為根據地，建設獨立的欽察汗國，逐漸有獨立門戶的態勢。
當年，拔都的父親朮赤是因病未能回國，而現在拔都則公然無視命令，野心昭然。
西方各國的人才和商人聚集於欽察汗國，逐漸形成了一個新的繁華之地。
現在，欽察汗國的版圖已經從東方的也兒的石河到達了西方的多瑙河，國土遼闊。
斡羅思的各公國和孛烈兒等國服從的是欽察汗國的可汗，而不是位於遙遠東方的蒙古帝國的可汗。
但是，貴由絕對不會承認這個所謂欽察汗國的新可汗。這樣下去，蒙古帝國將會一分為二。說不定蒙古帝國的權威和文明等都處於欽察汗國下風，那時貴由的才能也會因此被人懷疑。
剛剛肅清了帖木格一家，貴由便於一二四七年七月下令發起第三次西征。這次出征名義上是要繼承成吉思汗的遺志，將帝國的版圖擴大到地中海東岸。
這次遠征之際，貴由命皇族及諸侯各派出五分之一的人力去打仗。眾人都非常吃驚。由於窩闊台的去世，他們剛剛從西方戰場回來不久，還沒有來得及休息，便要第三次西征，而且這次的規模要遠遠大於第二次西征，在全民皆兵的蒙古，戰時出征，閑時放牧，以此來保證生計。因此只能動員五成兵力，剩下的人要負責留守後方。這次實際上發動了四成兵力。
「不知道可汗是怎麼想的，動員這麼多的兵力，必然使國力疲憊。」
「現在拔都王子已經在西部建立了欽察汗國。這次發起的第三次西征必然會觸及他的利益，拔都王子不會坐視不管的。」
「這樣就大事不好了。如果和拔都的軍隊發生衝突，不管哪一方取勝，都會兩敗俱傷，導致帝國分裂。」
「即便不產生衝突，將版圖擴大到地中海東岸的話，欽察汗國將會成為國中國，對於宗國和拔都家都沒有任何好處。」
諸侯和重臣紛紛提出反對意見。
蒙哥也面見貴由，勸道：「將帝國的版圖擴張到天涯海角雖然是祖汗的遺訓，但是此次西征時機和方位都不對，因此有百害而無一利。要是想攻到天涯海角的話，應該是向東向南。非要出兵，就應該東征或者南征。」
蒙哥知道，貴由不過是借成吉思汗的遺志為由，討伐拔都。因為如果一開始就說要討伐拔都，很多和拔都交好的將領肯定不會同意出兵，而一旦出兵，則如離弦之箭，一發而不可收。
貴由不聽蒙哥勸告，堅持說：「東方和南方的戰場現在比較安定，西方戰事卻因為先帝駕崩而突然中斷，馬扎兒和孛烈兒未收，便不得不回國。如果就此放棄，第二次西征就完全沒了意義。不用擔心，我們這次西征只需要征服馬扎兒，消滅孛烈兒而已。」
貴由語氣輕鬆，彷彿這次西征沒有什麼困難，就像去遊山玩水一樣。
「拔都王子已經征服了馬扎兒。如果我們現在再去攻打，必然會和拔都的軍隊交鋒。自相殘殺乃是最不好的結局。」
「不用擔心，拔都也是帝國的一翼。這次遠征，他會非常高興地來支援我們。而且，你和拔都的關係好，如果你去邀清他，他肯定也會加入這次西征的隊伍。」
貴由明白蒙哥的心思，他在心中暗自盤算：蒙哥啊蒙哥，要是拔都膽敢反叛，你也難辭其咎。
很明顯，貴由發起第三次遠征的真正目的是討伐拔都。也就是說，通過消滅拔都而達到牽制蒙哥的目的。
這是貴由的一個巧妙的戰略。他口口聲聲說是要繼承成吉思汗的遺志，實際上是想剷除異己，鞏固自己的權力。
如果繼續勸諫，蒙哥可能引火燒身，因此他沒有再勸下去。於是，貴由不顧蒙哥等的反對，堅持發動了第三次西征。
第二次西征的時候，四位皇子家——朮赤家的拔都、別兒哥、昔班和唐古特，察合台家的拜答兒、不里，窩闊台家的貴由、闊端、孫子海都，拖雷家的蒙哥等人都隨軍西征。拔都任西征軍總將，身經百戰的速不台擔任副將。但是這次西征，各家爭奪指揮權，一片混亂。
第二次西征征服了斡羅思之後，全軍舉行慶功宴。在慶功宴上，拔都舉杯，正要致祝酒詞，卻被貴由打斷。
「這次作戰，實際上是速不台指揮，應該由速不台來致祝酒詞。」
但是，拔都裝作沒有聽見，將第一杯酒一飲而盡。以蒙哥為首的拔都派也跟著拔都喝下了第一杯酒。速不台不喜與人發生爭執，也跟著喝了。
可是，貴由和他的弟弟闊端，還有察合台的兒子拜答兒等人，則將酒杯摔到地上。
眼看著雙方就要發生爭鬥，速不台介入調停，用叱吒疆場時的聲音喝道：
「我們現在舉行的是慶功宴，不是想看兄弟相爭！」
速不台是當年的四駿四狗中唯一健在的開國元老，現在仍然帶兵打仗，馳騁疆場，在軍中有著很高的威望。他的介入使事件暫時得到平息，但是貴由和拔都之間的矛盾卻越來越深。
現在的第三次西征，兵力遠遠超過第二次。總指揮由貴由的親信額勒只帶擔任。貴由也親自率領中軍，御駕親征。
當然，西征軍出發的消息很快便傳到了拔都的耳內。這也正是拔都的期待。要想擺脫宗家的束縛，在西方建立一個獨立的王國，遲早要和宗家進行一次對決。
如果自己挑起戰爭便是謀反。現在戰爭由貴由挑起，他則可以以自衛的名義與貴由作戰。
現在，拔都統治的欽察汗國已經成為西方強國，其勢力已經有了超越宗家蒙古的勢頭。如果雙方交戰，拔都有充分的勝算。
而且，與朮赤一家關係較好的拖雷一家繼承了成吉思汗麾下最為精銳的兵力。貴由到達西方之後，如果蒙哥與拔都協力夾擊，更會勝券在握。想到這裡，拔都不禁精神振奮，馬上令麾下軍隊和屬國斡羅思各公國在國境線上布置了大量兵力。
貴由繼承汗位兩個月之後，脫列哥那似乎已經筋疲力盡，突然去世了。
脫列哥那的去世對貴由打擊很大。諸侯和諸將卻認為貴由可能會因為脫列哥那的去世而放棄這次西征，因而暗自高興，但是，貴由卻似乎想通過這次西征來緩解自己失去母親的痛苦，越發積極了。一二四七年七月，先鋒軍到達波斯。與此同時，脫列哥那的親信都被剷除。
貴由首先罷免了當年母親為了排擠耶律楚材而提拔的奧都剌合蠻，將他流放。他早就對這個借著母親的寵信而耀武揚威的傢伙感到很不滿。
被流放到沙漠中的奧都剌合蠻自此了無音訊。
接著，法迪瑪也被處決了。在貴由身邊，有很多人痛恨法迪瑪。尤其是貴由的弟弟闊端，他更傾向於支持蒙哥。他曾經得過一場重病，堅信這是法迪瑪在背後詛咒了他。
貴由知道，一向迷信的母親雖然每次發出命令時，都讓人感覺那是她自己發出的，但實際上很多都是法迪瑪的意思。而且，自從貴由繼承汗位之後，法迪瑪便總是以功臣自居，覺得是自己的努力使貴由得有今日，因此變得越發傲慢。
脫列哥那死後，貴由對法迪瑪的憎惡和反感一下子如火山般爆發出來。法迪瑪的傲慢不過是狐假虎威，仗著脫列哥那為其撐腰罷了。
在處決法迪瑪的時候，貴由道：「斷了這個魔女的氣，讓她再也無法活著回蒙古作亂。她可能還能用毛孔呼吸。用油將她身上所有可以呼吸的毛孔堵住，裹上毛皮，捆上繩子，扔到火堆里燒掉。」
法迪瑪的處決是公開進行的，當時有很多人圍觀。法迪瑪被毛皮裹住，繫上繩子，扔進火中。貴由築起