李自成從北京撤出，直接回到西安。
西安是李自成的發祥之地，因此，他與周邊百姓的關係融洽，占人和之利。加之，太原有陳永福率重兵鎮守，延安、綏德有李過、郝搖旗率雄師佔據，而黃河與潼關又是天然屏障。於是，李自成似乎又找到了自信的感覺，興緻勃勃地籌划起如何抗清的大業來。
李自成召集眾將，問計於他們。
李岩說：「臣以為大順軍這段時間以來之所以節節敗退在於我們無根基。我們每在一處取勝之後，不能在那裡建立自己的政權和鞏固自己的政權。因此，敵兵前來，如果我戰敗，便會如秋風掃落葉般的潰敗。」
李自成見李岩一再提到敗退，心裡有些不舒服，便用不客氣的語氣問：「李愛卿既知我們敗退的要源，想必已有對策？」
李岩似乎並未在意李自成的語氣，坦誠地說：「當務之急，臣認為應該是南取漢中，西征甘肅，攻克蘭州，確保關中，以關中作為我們的抗清基地。」
宋獻策聞之，覺得李岩此計很有理，便大加讚賞。
牛金星本對李岩有嫉妒之心，藉此想奚落李岩幾句，見宋獻策如此說法，便不好再說什麼。
李自成便依李岩之言，定下如此戰略，並下令權將軍劉體純率領十萬大軍過黃河北上。
正如李岩所說，農民軍雖然佔領了大片土地，但對原佔領區內建立的農民政權沒有大力鞏固，清軍糾合原明朝官僚紛紛反攻倒算，李自成所建立的農民軍又相繼被摧毀。尤其是離北京較近的河南更甚。
李自成接到軍報，憂心忡忡，又問計於眾將。
李岩主動請纓，慷慨地說：「請陛下給我二萬精兵，我將率兵前往河南鎮壓暴亂，保護大順政權。」
李自成見李岩歷來如此，今日又主動請求率兵，心裡好生不快。李岩雖然慷慨，但他卻哼哼哈哈，不予答覆。
這一切都讓牛金星看在眼裡，他心裡於是有了倒李岩的念頭。牛金星雖然身為丞相，但除了一些雞鳴狗盜之術以外，心裡並無多少韜略。因此，對李岩每每能夠在大殿之上縱論國事，根本不把他牛金星放在眼裡而嫉恨在心。牛金星恨不得即刻將李岩置於死地，只是苦於沒有機會。今日見此良機，豈能錯過。因此在散朝之後，來進見李自成。
李自成此時本已對李岩心生不滿。李岩一再指出我李自成失敗之原因，彷彿他李岩還要勝過我李自成似的！這是李自成心生不滿的原因。今日在大殿之上，李自成之所以沒有立即答應讓李岩率兵去河南，是因為他對李岩此舉有些不解。他尤其覺得李岩急於請求率兵令人生疑。李自成正在琢磨此事之際，牛金星來了。
李自成問牛金星何事？
牛金星說：「李岩確有過人之處！」因為他還吃不準李自成心裡到底是怎麼想的，所以他的語氣充滿試探味。
李自成一怔，反問：「牛愛卿何出此言？」他也不知道牛金星打的是什麼主意。
牛金星說：「陛下進京之時，李岩才越眾人，上疏定國安邦之計；那日退守西安之時，他又洞察秋毫。指出我大順軍失敗原因。由此說明李岩確實有雄才大略！」
李自成聽了牛金星的話，臉色越來越難看，忍不住將心中之慮說了出來：「李岩自請率兵去河南，牛愛卿是如何看待此舉的？」
牛金星見火候已到，便裝出十分憂慮的樣子說：「李岩是雄才大略之人。陛下見過幾個有雄才大略之人能夠久居人下的？而河南又是李岩的故鄉，如果陛下給他重兵，後果可能難以逆料！我估計這也是李岩要自請率兵去河南的原因！」
李自成聽後，心裡一凜。他雖然對李岩此舉有所猜忌，但還沒有想到這上面來。如今聽牛金星之言，有如夢中驚醒一般。他在心裡琢磨李岩的舉止言談，越琢磨越覺得牛金星說的對，越琢磨心裡越有了後怕。李自成說：「傳朕旨意，將李岩就地捕殺！」
牛金星聽後一喜，看你李岩猖狂到幾時？然而又一憂，趕緊說：「陛下只殺李岩，那其弟李牟呢？」
李自成一驚，又傳旨意：「將李岩與李牟一併捕殺。」
李自成殺害李岩與李牟兄弟二人之事，震動了朝野。許多文武大臣對李自成心生不滿，對牛金星更是痛恨有加。連素來與牛金星交好的宋獻策也扼腕憤嘆。而劉宗敏更是按劍切齒罵道：「他牛金星身無寸箭之功，敢以讒言誅殺兩員大將，我應該揮劍斬了他。」繼而又長長地嘆了口氣道，「文臣與武將不和，將軍與士兵不能團結一心，我看我大順再不可能克敵制勝了。」
一六四四年八、九月間，清兵已沿太行山南下，並從大同入代州、忻州，直逼太原，佔領偏關，威脅陝西邊境。
十一月間，阿濟格率領吳三桂、尚可喜一路大軍攻陷太原、平陽等城。山西全部失守，大順軍退守潼關。
而多鐸率領的一路大軍在順治皇帝的多次斥責下，於一六四五年一月渡河到孟津，與大順軍大戰於洛陽、陝州、靈寶一帶，一直進逼至潼關東三十里處。
李自成見大順軍節節敗退，心裡憂憤交加。他沒有想到自己苦心經營數月之久的防線被清軍一擊即潰。他想：我大順軍如果再失去潼關這道天然屏障，這陝西哪裡會有我們的立足之地？他決心不惜一切代價也要守住潼關。
李自成親自跑到潼關，指揮作戰。
多鐸受順治皇帝所逼，不敢再有所怠慢，只顧命令清兵死攻；而大順軍受李自成所激勵，也打算背水一戰，也是拚命死守。兩軍打得異常慘烈。
兩軍相持了一個多月，時至一六四五年二月八日，多鐸覺得不能再這樣與大順軍相持下去，否則，將對己方不利。因為大順軍大多出身於此，而自己是遠道而來。所以，他下命令不惜一切代價也要攻取潼關。
螞蟻似的清兵在猛烈的炮火掩護之下，向潼關發起了猛烈的進攻。也不知炮火之下倒下的是大順軍，還是清兵，多鐸管不了那麼多了，他一心只想攻陷潼關。
李自成終覺力不從心，率領侍衛撤出潼關奔西安而去。潼關失守。
就在此時，阿濟格與吳三桂率領的清兵自保德渡河進入綏德，投降於李自成的明朝降將唐通又叛變投清。李過、郝搖旗率領大順軍與吳三桂所率領清兵遭遇。經過激烈戰鬥，李過與郝搖旗寡不敵眾，被迫從陝北南撤。延安、鄜州相繼失陷。
於是，西安便變成了清兵攻擊的主要目標。
二月九日，剛剛退入西安的李自成顧不上休息，攜著文武官員匆匆忙忙地從西安撤出來。
望著自己在此稱王的古都西安，想起自己當年率領農民軍從此出發，一路風捲殘雲般的攻進了京城，不知為什麼，李自成心中頓生一種不祥之兆，眼眶一熱，淚水就流了下來。
李自成率領大軍經藍田下陝南，由商州龍駒寨走武關，退守在商洛山區休息一段時日。然後走出武關，到達湖北，進入襄陽，佔據了武昌城。