皇太極稱帝前後，數次入關侵擾，掠奪大批人畜財物，卻不敢立足於內地，除了清兵所到之處受到明朝百姓的紛紛反抗外，其主要原因是明軍仍然控制著山海關以及關外錦州之地。山海關是屏蔽北京的要塞，而錦州乃是山海關的門戶。
為徹底摧垮明朝政府，皇太極打算拔除錦州這個釘子。一六四零年，清兵攻打錦州，錦州明軍守將是祖大壽，祖大壽率軍極力抵抗，殺死清軍將領數人，殲滅清軍半數。一六四一年一月，皇太極又派努爾哈赤之子多爾袞率兵攻打錦州，又失敗。
皇太極大為震怒，決心不惜一切代價攻克錦州。一六四一年四月又派鄭親王濟爾哈朗，武英郡王阿濟格，貝勒多鐸等往代多爾袞圍攻錦州。他們帶來了大批八旗兵和許多門攻城的大炮。他們用大炮猛烈攻擊錦州，錦州因此變得搖搖欲墜。
祖大壽立即向明朝政府告急。明朝政府極為驚慌，最後派洪承疇率領八總兵步騎十三萬救援錦州。洪承疇為人謹慎。因此他步步為營以守為戰，不敢冒進，只在錦州城南十八里的松山西北立營。崇禎皇帝見洪承疇遲遲沒有動作，又下密詔，命洪承疇速戰前進，以解錦州之圍。洪承疇不得不有所動作，便把糧草囤在錦州西南三十里的杏山和塔山的筆架山，然後自己率六萬人開路先進，余軍繼之，騎兵環松山三面，步兵駐城北乳峰山。
皇太極見形勢對己方極為不利，便親率大軍於九月十九日離開瀋陽，二十三日到達錦州前線。皇太極根據先鋒所探消息，當機立斷決定把自己所有的兵力用來打擊明朝援軍。因為錦州當時依然被自己的軍隊圍著，只要自己能夠切斷明軍的援軍，錦州將不攻自破。於是，皇太極陳兵於松山和杏山之間，首先切斷明軍糧道，擊敗塔山護糧明軍，奪得明軍筆架山的糧草。
吳三桂當時率部駐紮在乳峰山，見明軍糧草被皇太極所奪，真是心急火燎。明軍將士更是人心惶惶。吳三桂進退維谷不知所措，進攻清兵吧，此時人心不穩，軍心不齊。況且自己並非大軍統帥，一切行動得聽洪承疇的。撤退吧更糟，士氣低落的明軍將會潰不成軍！
吳三桂已經意識到這場戰鬥所帶來的後果，便急招楊天、陳三強等人來商量。為了慎重起見，吳三桂並沒有將自己的兵士傾巢而出，而大部分兵士仍然駐紮在寧遠。
吳三桂問楊天怎麼辦？楊天說現在我軍軍心動搖人心不穩，其責在於洪承疇延誤戰機。我看是敗局已定，公子得為自己保存實力！吳三桂說我也是這樣想的，不過戰局未定，形勢尚未分明，我們只可見機而作。
正在此時，洪承疇命令乳峰山的明軍撤到松山。吳三桂暗自嘆氣，此時撤退，無異自毀其巢。他對楊天、陳三強說，等下撤退，你們與我一道只管突圍，能逃得性命便行。
可是，當他們的兵力剛到達乳峰山和松山的中間，便遇到清軍的伏擊。本來已經是軍心動搖的明軍此時見清兵鋪天蓋地而來，早已嚇破了膽，潰不成軍地往海邊退縮。剛好碰上大海漲潮，明軍淹死不計其數。
吳三桂率兵也在其中，見海灘上都是明軍的屍體，悲痛欲絕。再環顧左右，卻已不見楊天和陳三強。心裡一急，眼淚就流出來了。他大聲疾呼楊天和陳三強的名字，除了大海的潮水一陣一陣地拍打著海岸之外，四周再無人聲。
吳三桂抑制住悲痛，率領數十名兵士奔往杏山。到達杏山之後，吳三桂仍無良策，如果戰，自己兵力有限，且無法再與洪承疇匯合。不戰，自己舅父又被圍困在錦州之中。想起舅父平時對自己的愛護和教誨，吳三桂實在無法控制自己的情緒。
吳三桂思前想後，決定不惜一切代價要解救錦州。因為他明白，自己此時如果不能給錦州解圍，讓錦州淪陷的話，那寧遠勢必成為一座孤城，失去犄角之勢，自己憑什麼守城？於是他打算奔往寧遠，再傾全部兵力而來作孤注一擲。
然而皇太極像早已估計到龜縮在杏山的吳三桂一定會逃往寧遠，又在松山和杏山之間的高橋設下埋伏，等待明軍。
吳三桂率部逃往寧遠之時，在高橋中了清兵埋伏。明軍接二連三的敗退，早已如驚弓之鳥。現在又遭清兵伏擊，更是聞風喪膽。吳三桂奮力殺敵，拚命突圍，才隻身逃回寧遠。
吳三桂回到寧遠後，想重整旗鼓，再救錦州，無奈傷亡太大。如果要解救錦州，寧遠也很危險。
此後，洪承疇只剩下殘兵敗將一萬多人，被清軍圍困在松山城內。洪承疇組織五次突圍，皆未成功，明朝發來的救兵又逡巡不前，洪承疇見進無門，退無路，只好睏守在松山城內。到一六四二年三月，松山城內糧盡援絕，副將夏承德降清為內應，引清兵入城，洪承疇被俘。
被圍困已久的錦州城內更是人困馬乏，城中早已無顆糧充饑，士兵們殺百姓煮熟填腹，搞得人心惶惶怨聲載道。
祖大壽之所以苦苦支撐，是在等待朝廷的援軍到來。但他見到松山杏山的明軍失敗之後，心中再無一絲希望。又見城中百姓面無人色，倒地不起，心中的鬥志便再無半分。於是，祖大壽率眾投降。
吳三桂得知舅父舉城投降，知他是迫於無奈。吳三桂大哭三日，此後便悶悶不樂。郭雲龍和孫文煥見吳三桂如此，知他因受打擊太大，便竭力地幫他管理軍隊，以待他恢複元氣。後來又得知是因為救援洪承疇的明軍逡巡不前致使洪承疇被俘，而洪承疇的被俘致使自己舅舅投降，吳三桂心中便對朝廷有了些許失望。
皇太極降伏了祖大壽，便勸祖大壽去信勸吳三桂投降。祖大壽婉言拒絕，因為他知道自己外甥的性格，不想落個人鬼不是。皇太極便親筆執書，令張存仁去招降吳三桂，吳三桂不肯。
吳三桂雖然對朝廷有些失望，但沒有投降之意。何況此時的父親還在北京，被崇禎皇帝抓捏在手中。他知道自己投降的後果，他不想做個不忠不孝之人。
而此時的農民起義軍已成氣候，在李自成有力的攻擊下，明朝許多城鎮淪陷。崇禎皇帝內外交困驚恐已極，暗使兵部尚書陳新甲、馬紹前去與皇太極談判。但事情敗露，全朝嘩然。崇禎皇帝為了推卸責任，處死了陳新甲。
皇太極見議和不成，又派貝勒阿巴泰率領清兵入關，攻陷薊州，深入畿南，轉至山東，連破八十餘城，殺明宗室魯王。
寧遠便成了一座真正的孤城。
一六四三年皇太極因腦溢血突然死去，皇太極兒子福臨即位，改元順治。
而此時的福臨只有六歲，由兩個叔父多爾袞和濟爾哈朗輔政。此時清朝主要是休養生息，疏理朝政。
這恰恰也給了吳三桂一個發展的機會。
吳三桂見明朝搖搖欲墜，農民軍氣勢洶洶，而清軍又虎視眈眈，便知來日之局不可逆料。因此，趁此機會迅速休整、擴充自己的隊伍。
吳三桂躊躇滿志地對郭雲龍和孫文煥說：「休生養息，以待來日。」