荀、孔融等人的反對發揮了重要作用，一直到建安十三年（208年），即赤壁之戰的前夕，帝國的政治體制基本上沒發生什麼變化，曹操仍然擔任司空，恢複九州制的建議也沒人再提起。
這段時間，除了在外面征戰以外，曹操都住在鄴縣，以避免回到許縣跟天子碰面。但是，這種不方便是顯而易見的。據司馬彪《續漢書百官志》介紹，東漢司空府的編製原本只有七十多人，這顯然滿足不了現實需要，但要大規模地增加內設機構和編製，必須得有個說法。
建安十三年（208年）六月，曹操下令改革朝廷政治體制，廢除三公，恢複丞相。
漢代的中央政體是三公九卿制，但就其具體內容而言，在西漢和東漢並不一樣。西漢因襲秦制，三公分別指丞相、太尉、御史大夫，相互不統屬，但有制約，都直接向皇帝負責；九卿分別指奉常（掌管宗廟禮儀）、衛尉（掌管皇宮保衛）、郎中令（掌管宮廷警衛）、太僕（掌管宮廷車馬）、典客（掌管少數民族事務和外交）、廷尉（掌管司法）、治粟內史（掌財政稅收）、宗正（掌管皇室事務）、少府（掌管山河湖海稅收和手工業）。東漢的三公指太尉、司徒、司空，九卿指太常（掌管典禮）、光祿勛、衛尉（掌管宮省禁衛）、太僕（掌管皇室車馬）、廷尉（掌管司法）、大鴻臚（掌管接待諸侯與少數民族）、宗正（掌管皇族事務）、大司農（掌管國家財政收支）、少府（掌管皇帝器用服飾）。
西漢三公雖然互不隸屬，但丞相的地位顯然高於御史大夫以及太尉。與東漢三公相比，丞相的權力更大，這從它的內設機構及編製上就可以看出來，西漢丞相下設十三曹，相當於十三個處，標準的編製為三百八十二人。
這些主要的部門分別是：西曹，負責丞相府內的吏員任用；東曹，負責政府二千石官員的升降，包括軍中的武將在內，二千石相當於部長級，在地方上就是太守一級，在軍隊里相當於將軍，這個部門的權力極大；戶曹，負責祭祀、農桑；奏曹，負責管理政府的一切章奏，相當於唐代的樞密院，明代的通政司；詞曹，負責民事法律訴訟；法曹，負責交通以及郵驛等；尉曹，負責運輸，類似清代的漕運總督；賊曹，負責偵辦盜賊；決曹，負責刑事審判；兵曹，負責兵役；金曹，負責管理貨幣、鹽鐵；倉曹，負責管理國家糧庫；黃曹，相當於丞相府總務處。
從這些內設部門的職能可以看出，丞相府實際上就是一個標準的小內閣，人事、行政、經濟、交通、司法、外交、軍事無所不管。正因為它的權力太大，所以漢武帝重視尚書台，把權力從丞相手中逐步收到自己身邊的一群秘書們手裡，削弱丞相的權力。到了東漢，乾脆設新的三公，把丞相的權力一分為三，互相制衡。
從西漢到東漢，一直存在圍繞著皇權與相權展開的鬥爭，天子是否強勢，成為決定鬥爭勝負的焦點。而到了東漢中後期，政治鬥爭中又夾進來外戚、宦官，形勢更加複雜。三公在現實政治格局中已經完全被邊緣化，直到曹操擔任司空以後。
建安十三年（208年）的這次政治體制改革倒沒有遇到太大的阻力，對於曹操成為丞相，大家已經有了足夠的心理準備，叫什麼只是個名分而已，實質內容並沒有大的改變。
這場政治改革有一個小小的由頭。這一年年初，司徒趙溫突然徵辟曹丕，也就是徵調曹丕到司徒府來工作。因為曹丕的特殊地位，趙溫的這項提議在外人和曹操自己看來並不是有意討好，反而有點惡搞的意思，因而觸怒了曹操，趙溫因此被免官。
作為名義上唯一與曹操地位相當的在職官員，趙溫的日子並不好過，他時刻擔心會做錯什麼事，或者犯了曹操什麼忌，從而惹來殺身之禍。這種樹大招風的心理一直左右著士大夫出身的趙溫。此時，因為一件不大不小、也算不上丟人的事被免官，對於趙溫來說與其是不幸，不如說是幸運。
所以，有人認為這說不定就是趙溫有意而為之，目的是全身而退。趙溫被免官之後，三公只剩下曹操一人，此時恢複丞相，曹操更是理所當然地成為唯一候選人。
六月，獻帝命太常卿徐拿著天子的符節前往鄴縣，拜曹操為丞相。徐就是那個從袁術手下逃脫，並將傳國玉璽歸還漢室的功臣。根據《後漢書徐傳》的記載，曹操對這項任命也作了禮節性的推辭，甚至要把丞相讓給徐當。徐再弱智或者再官迷心竅也斷然不敢應承這種事，堅決予以拒絕（操以相讓，不敢當）。
於是，曹操正式就任丞相，同時任命郗慮為御史大夫。
西漢的三公除丞相外，還有御史大夫和太尉三職。曹操此次恢複丞相制的同時，又恢複了御史大夫，但沒有恢複太尉。有人認為御史大夫很重要，相當於「副丞相」，曹操把如此令人矚目的職務給了名不見經傳的郗慮，確實讓人大出意外。
郗慮字鴻豫，兗州刺史部山陽國高平縣人，跟劉表一個縣。他進入曹操陣營比較晚，但他有一人特殊身份：鄭玄的學生，這讓他沾了不少光。以鄭玄在當時文化界無人匹敵的地位，他的學生崔琰、國淵、王基等人在社會上也享有很高的知名度，加入曹操陣營後都很受重用。
郗慮從小就受教於鄭玄，建安初年來到許縣，在曹操的推薦下做了侍中，並以侍中的身份兼任九卿之一光祿勛卿。對於這項任命獻帝顯然有些不以為然，他曾當著郗慮的面問少府卿孔融：「郗先生有什麼特點和長處（鴻豫何所優長）？」
孔融看著郗慮平步輕雲早就有些不爽，他一點不考慮當事人就在旁邊站著，回答獻帝說：「可以打發他到路邊站崗，不能讓他掌權（可與適道，未可與權）。」
打人不打臉，傷人不揭短，當面受到如此侮辱，郗慮十分惱怒，他反駁道：「孔融當年主政北海國，政治疏失，人民流散，他的能力在哪裡？」從此之後，郗慮認準孔融是自己的仇人，非要找機會整他一下不可。
趙溫的免職通知就是郗慮奉命傳達的（慮持節奉策免溫官），郗慮資歷淺，與孔融等老牌士大夫們關係惡劣，加上他為人尖刻，報復心強，這些正是曹操所需要的，把郗慮提拔為高於九卿的御史大夫，雖然在外人眼裡很意外，但卻十分符合曹操的想法。
曹操擔任丞相後，立即著手推動丞相府的各項建設，選調各類人員。原司空府的人員基本上全部轉到丞相府來，同時還根據丞相府內設機構增加的需要，選調了一些新人。
對於從司空府轉入丞相府工作的所有人來說，工作性質可能變化不太大，但收入卻可以增加不少。舉例子來說，司空府里的處長（掾）一級官吏，品秩是三百石到四百石，月俸是三十斛到四十斛，副處長（掾屬）的品秩是二百石，月俸大約二十多斛，而轉到丞相府後，處長（掾）的品秩升為四百石到六百石，月俸提高到四十五斛到七十斛，副處長（掾屬）的品秩雖然仍為二百石，但月俸可以提高到三十斛以上。
那段日子，大家都沉浸在加薪的喜悅中。
丞相府各個處（曹）中，西曹、東曹兩個部門管人事，負責典選從地方到軍隊的高級官員，地位最為重要。曹操把冀州別駕崔琰調過來，任西曹的處長（西曹掾），把毛調來任東曹的處長（東曹掾），這是他們二人長期負責人事工作的開始。
早在兩年前，曹操西征并州時，留下曹丕守鄴縣，崔琰就以冀州別駕的身份輔佐曹丕。在此期間，曹丕迷上了遊獵活動，不太專心工作。崔琰沒有因為他世子的身份就睜一隻眼閉一隻眼，他給曹丕寫了封措辭很尖銳的信，讓曹丕認真思考一下袁紹父子是如何失敗的，規勸他遵循正道，端正行為，把心思用到正事上來。
面對敢於直言的崔琰，曹丕也只得服服帖帖，他對崔琰說：「昨天看到了先生寫下的諄諄教誨，要我燒掉射獵的用具，扔掉打獵的服裝，現在用具已燒毀，獵裝也扔了。以後再有類似的錯誤，還請先生及時對我教誨（後有此比，蒙復誨諸）。」態度相當的誠懇。曹操知道此事後，對崔琰也十分讚賞。
曹操任命崔琰為東曹掾時專門對他說：「先生你有伯夷一樣的風範，史魚一樣的正直，貪婪之人聽到你的名字就會變得清廉，壯士聽到你的名字就會更加英勇（貪夫慕名而清，壯士尚稱而厲），先生可以稱為時代的表率，所以任命你為東曹掾。」
毛在司空府就從事人事工作，他以清廉公正著稱，沒有私慾，不貪心，沒有不良嗜好，不拉幫結派，沒有小圈子，敢於得罪人，這些正是做人事工作所必備的條件，曹操把典選官吏的大權交給了他。
西曹與東曹都管人事，但分工有所不同，打個比方，一個好比是組織部，一個好比是人事部，崔琰和毛兩個人幹得都很出色。
在丞相府其它十一個處（曹）先後擔任過處長（掾）和副處長（掾屬）的還有司馬懿、高柔、劉曄、裴潛、傅干、楊修、王觀、楊俊、徐邈、辛毗、溫恢、薛夏、王凌等人，他們中的大部分人之前都已作過介紹。
丞相府里還有兩個職