建安七年（202年）袁紹去世，他所擔任的大將軍一職，理論上也空了出來。袁尚雖然以袁紹的接班人自居，但許縣朝廷不可能給這個年輕人發來大將軍的任命。
次於大將軍的軍職是車騎將軍，之前獻帝任命他的老丈人董承擔任該職，董承上任沒有幾個月，就被發現策划了謀反事件，董承被殺，車騎將軍一職也空了出來。
在文官方面，曹操擔任司空，並明確司空為三公之首。現任的三公還有司徒趙溫，而太尉一職，曾給過袁紹，袁紹改任大將軍後按理不會再擔任這一職務，但這一職務也沒再任命給其他人。曹操曾有意讓荀擔任三公，指的可能就是太尉，但被荀堅決拒絕了。
所以，到曹操擔任冀州牧時，在職務上能與他同列的只有趙溫一個人。曹操應該還有一個頭銜，這是他初到洛陽迎駕時被授予的：錄尚書事。這是一個加官，即兼職，以前說過這個職務很重要，類似於「主持朝廷日常工作」，官職大到三公乃至大將軍，如果沒有這個加官，權力也大打折扣。
獻帝劉協在他位於許縣的宮殿里，開始還能看到趙溫、荀、孔融、趙歧、楊彪、張儉、陳紀、桓典等人，後來趙歧、陳紀、張儉、桓典等先後去世，對於朝廷里空出來的這些職位，曹操並沒有及時補充的打算，所以許縣朝廷班子越來越小。
曹操對司空府的建設非常重視，機構逐漸龐大，內設部門不僅涵蓋了經濟、民政、司法、人事等，還設置了軍師、軍師祭酒、參司空軍事、軍謀掾等軍職，以服務戰爭的需要。此時雖然曹操沒有再擔任大將軍或車騎將軍，但他的司空府實際上具備了軍政合一的職能，成為事實上帝國的最高決策機構。先後不同時期里投奔曹操的主要文士，除荀等極少數人外，都在司空府任職或曾經在司空府任職。
建安九年（204年），曹操攻佔鄴縣，兼任冀州牧。這時，有人建議他恢複古代的九州制（有說操宜復置九州者），原因是在古代九州里，冀州的面積最大，曹操現在擔任冀州牧，那樣一來勢力範圍更大，更容易為天下信服（所統既廣，則天下易服）。
對於這個建議，曹操有點動心。佔領冀州後，他一直在思考如何處理與許縣朝廷的關係，如果把大本營還放在許縣，將會有許多不便，不管怎麼樣，劉協都是天下人公認的皇帝，自己作為三公之一，理應履行做臣子的本分，比如按時上朝、有事上報、天子隨招隨到等等，這又是曹操不可能做到的。
一想起那次南征張綉前，天子的虎賁衛士把冰涼的鐵戟架到自己脖子上的情景，曹操就覺得脊背嗖嗖發涼。他已經打定主意跟許縣的天子「分開過」了，但那樣一來，必須給自己找出一個合理的理由和一個恰當的操作模式。而且，傳統概念上的司空府也不掌兵，以司空府來統領天下的軍政大權，時間長了也容易被人說三道四。
在這種情況下，有人提出恢複古代九州制的時候，曹操認為這倒是個好主意，可以破解當前的政治難題。冀州在古代九州裡面積最大，曹操擔任冀州牧，從而可以更好地號令天下。
九州是人們對古代中國的另一個稱呼，這其實是它的虛指；它還有一個實指，指的是九個州，即九大行政區。但是，這九大行政區指的都是哪些，一直存在不同的版本。
最早提出九州概念的是《周禮》，但它說得比較含糊，是根據大方位確定的地理概念：東南叫揚州，正南叫荊州，河（指黃河）南叫豫州，正東叫青州，河東叫兗州，正西叫雍州，東北叫幽州，河內叫冀州，正北叫并州。但周朝屬於諸侯聯邦的形式，九州並不是行政區劃。
《呂氏春秋》認為：河、漢之間為豫州，是周天子；兩河之間為冀州，是晉國；河、濟之間為兗州，是衛國；東方為青州，是齊國；泗上為徐州，是魯國；東南為揚州，是越國；南方為荊州，是楚國；西方為雍州，是秦國；北方為幽州，是燕國。但在春秋爭霸的局勢下，這個九州也只是一個說法，不是行政區劃。
最通行的「九州說」出自《尚書》里的《禹貢篇》，九州的名字是冀州、兗州、青州、徐州、揚州、荊州、豫州、梁州、雍州。它是用山川河流為界限划出的地理分野，也不是行政區劃。
以「州」為單位的行政區劃始自漢朝，但已經不是九個州，而有十來個州，陸續增加了幽州、并州、益州、交州等新的州。目前，天下共有十三個州，「梁州」的名字改為「涼州」，未設雍州，增加了一個司隸校尉部，管轄兩京地區，被視為一個州。
也就是說，九州製作為行政概念從來沒有施行過，現在要恢複它，依據是什麼呢？僅僅為了增加冀州的面積，似乎又有點過於興師動眾了。畢竟，行政區劃的調整歷來都不是一件小事，涉及各方面的技術困難和各派勢力的利益衝突，更何況有些地區還不在「曹統區」，能否推行下去都是一個問題。
果然，身在許縣的荀聽說後，立即寫信給曹操，表達不同意見：「現在如果依古制，那麼冀州的管轄範圍將包括現在的河東郡、馮翊郡、扶風郡、西河以及幽州、并州的全部，這些地方本來人心就不穩，讓他們歸屬冀州，將會使大家更加不自安。如果因此引起叛亂，那麼天下大業就不好說了（若一旦生變，天下未可圖也）。」
荀建議曹操先平定黃河以北的地區，修復舊都洛陽，之後南下荊州，討伐劉表、劉璋等不肯朝貢的軍閥（責王貢之不入），讓天下人都知道這些想法，從而人人自安。等到天下大定之後，再來議古制。
荀的這番表態，讓曹操吃了一驚。
其實，曹操堅持恢複九州制的真實原因倒不是增加冀州地盤這麼簡單，其背後還有玄機，可惜荀沒有看到。
九州制是一個地理概念，或者說是一個規劃中的行政概念，它是整個古制中的一個組成部分，只有把它與整個古制聯繫起來看才能洞悉曹操的心理。恢複地理或行政區划上的九州制不是曹操想法的全部，甚至也不是主要部分，借恢複九州制進而恢複已經廢除的其它一些政治制度才是要害。
現行政治制度大都因襲於漢初，這一套制度由高祖劉邦初創，經過漢武帝和漢光武帝等君主不斷改造，與最初的形制已經有了很大不同。比如目前推行的三公制與最早的丞相制就區別很大，三公分了丞相的權力，有了制衡卻喪失了效率，東漢三公又長期被尚書台等內朝官分權，有時竟形同虛設。
在曹操看來，即使高祖劉邦定下的制度有些也值得商榷，比如封爵制度，以前是五等爵制，即公、侯、伯、子、男，劉邦非要來一個白馬盟誓，稱「非劉氏不得封王」，斷了一般人的封王之路，異姓的臣子功勞再高，封到縣侯也就到頂了，逼得王莽這樣的人只好另立朝廷單幹。
曹操想恢複九州制，行政區劃調整才是第一步，後面還會陸續推行以恢複古製為重點的政治體制改革，目的是進一步加強自身集權，同時在爵位分封等方面有所突破。
但是，第一步還沒有邁出去，便遭到了荀乾脆利索的反對。
而且，繼荀之後皇家事務部部長（少府）孔融又提出了一個問題：九州制是古制，王畿制也是古制，恢複九州制，王畿制要不要也恢複？
所謂王畿制出自《周禮》：「方千里曰國畿，其外五百里侯畿。」意思是：以首都為中心，方圓千里以內的是「王畿」，方圓五百里之內的是「侯畿」。「畿」的意思是直屬管轄區。孔融認為，按照這個制度，以許縣為中心，千里之內的地區都應該劃入天子直接管轄區里。
這樣一來王畿就包括了豫州、兗州和司隸校尉部的大部分地區，也包括冀州、并州、荊州的一部分地區。孔融端出王畿制來，顯然是跟九州制對著干，誠心讓你弄不成。
孔融最近以來一反初到許縣時的良好合作態度，在很多事情上都喜歡跟曹操唱反調。就孔融的這番談論而言，曹操完全可以不理，也可以追究他的責任，問問他的動機是什麼。但現在的問題比較複雜，中間還夾著荀。荀的表態讓曹操不能不認真對待，荀不僅是自己事業上的第一功臣，而且在士人中很有號召力，自己手下相當一批官員都來自於荀的推薦。
或許荀沒有看出來自己的真實動機，因為僅就行政區劃調整本身而言，費那麼大的勁確實有點不值當，荀及時提出建議是他一貫責任心強的表現。
但是，也有一種可能是他看到了自己的心思而執意反對，如果是那樣就麻煩了。這表明，荀在一些原則性問題上與自己想法出現了分歧，這種分歧將是一個十分危險的信號。
不管是哪一種情況，恢複九州制的提議都不能再進行下去了，曹操下令終止關於恢複九州制的討論（遂寢九州議），他寫信給荀說：「不是先生及時提出反對意見，我要失去的可能更多了（微足下之相難，所失多矣）！」