解決了朝廷的人事安排問題，暫時平息了袁紹的不滿，曹操還有一系列挑戰需要面對，最突出的問題來自於經濟方面。
曹操離開兗州大本營，出於戰略考慮將新首都定在許縣，在後勤保障方面就要承擔很大的壓力。近一兩年來，曹操採納毛等人的建議，在兗州一帶積極發展生產，基本保障了自身的糧食供應問題，從而讓自己處處居於主動。
但是，曹操在許縣一帶基礎還不很紮實，許縣以及周邊的穎川郡、汝南郡雖然曾經是重要的農業區，但這些年來遭受戰爭的影響也最深，黃巾軍在這裡勢力很大，有大量人口流失到了南面的荊州地區。
朝廷正常運轉需要大量糧食、布匹等物資，軍隊也需要後勤保障，這些物資如果都依賴兗州供應，浪費會很大，兗州那邊也難以為繼。
拿軍糧運輸來說，就是個很難解決的問題，從兗州運到許縣來必須組織大量人力參與運輸，還要考慮運輸隊伍途中的物資消耗，往往運一車糧食，至少還得再準備一車糧食供人們路上吃，另外，沿途安全又難以保證，這個辦法基本上不可行。
許縣的糧食供應問題必須立足於就地解決。曾在東郡任東阿縣令的棗祗和夏侯的副將韓浩同時向曹操建議，通過在許縣周邊一帶進行屯田的措施解決目前的燃眉之急。
棗祗是穎川郡本地人，家住陽翟縣，跟郭嘉同縣。曹操在東郡時，棗祗在東郡下面的東阿當縣令，張邈、陳宮之叛，兗州近八十個縣裡只有棗祗的東阿縣等三個縣沒有叛變，為曹操反敗為勝立下了大功。棗祗這時也隨曹操來到許縣，有的史料稱他此時擔任獻帝近衛部隊的指揮官（羽林監）。
韓浩一直擔任夏侯的副手，當年夏侯被人劫持，韓浩臨危不亂，將夏侯解救出來，曹操事後對他進行了表揚。
棗祗、韓浩建議曹操效仿漢初以來的經驗，把流民組織起來，開展農業生產，開展大規模的屯田。
屯田作為制度其起源可考的是漢文帝時期。據《漢書晁錯傳》記載，著名改革家晁錯分析了秦朝守塞北失敗的教訓，認為單純以戍卒守邊的制度有很大毛病，必須實行「且屯且守」的制度，把屯田與戍邊結合起來。於是前元十一年（公元前169年），漢文帝下令在邊郡屯田，這比漢武帝時經濟專家桑弘羊建議屯田西域還要早得多。
不過，晁錯和桑弘羊所推行的屯田都與國防建設有關，屬於半軍半民性質，許縣的情況與那時有很大不同，能不能參照前人的辦法推行，在當時還存在著爭論。
反對屯田的人也不少，據《三國志司馬朗傳》等史籍記載，對於曹軍收復的大量無主土地，有相當一部分人認為應該賞給有功之人，有人甚至提出恢複古代的井田制，大力推行土地私有化。實行屯田實際上就是土地「國有化」，由於反對的人不少，曹操也不得不有所考慮。曹操讓棗祗找荀等人商議，荀支持屯田。在當時特殊的情況下，只有實行特殊的經濟政策，才能度過危機。
經過內部討論並逐步統一了思想後，建安元年（196年）曹操頒布《置屯田令》，從定國安邦的戰略高度，充分肯定了秦皇漢武獎勵耕戰，實行屯田的歷史經驗，闡述了屯田積穀的重要意義，下令開始屯田，標誌著這項「戰時經濟政策」正式實施。
從建安元年到魏元帝咸熙元年（264年），這項制度推行了七十年，可以說它伴隨著曹魏帝國的興衰始終，成為曹魏勢力崛起的經濟基礎。
屯田首先在許縣附近試點，具體做法是，把已經找不到主人的土地收歸國有，然後把喪失土地的流民組織起來，由國家提供耕牛、農具、種子，收成由國家和農民按比例分成。
當時能集中起來的土地很多，流民也很多，土地資源和人力資源都不發愁，屯田很容易就搞了起來。
農業工作本應由九卿之一的大司農卿管理，為了加大推行力度，曹操決定親自抓這件事。在許縣試點期間，他任命棗祗為屯田都尉，任命自己的堂妹夫任峻為典農中郎將，管理具體的屯田事務，直接向自己負責。
也就是說，曹魏早期的屯田工作由司空府直接主導，由下面特設的屯田官來具體負責。這種制度一直保持了很多年。到曹魏時期，隨著屯田規模越來越大，這項工作轉到了尚書台管理，屯田官的職務和品級也逐漸固定下來，成為與地方行政官員並行的一個系列。
屯田剛開始推行的時候也遇到過一些挫折，據《三國志袁渙傳》記載，屯田剛開，被組織起來的農民還不太適應，他們經常逃亡。對此，袁渙建議曹操，農民都有安土重遷的傳統，不能一下子改變，必須因勢利導，要讓他們自願，不能強迫他們在土地上耕種（宜順其意，樂之乃取）。曹操採納了他的建議，情況這才有了好轉。
這麼好的政策為什麼農民不願意接受呢？原因是租稅太重。
過去農民給地主扛長活，交租的標準一般是收成的一半，即五五分成。曹魏搞屯田，政府扮演了地主的角色，收租也按這個比例。如果農民連耕牛一塊租，交租的比例就要提高到百分之六十。如此一來，大家的積極性自然不高。
漢代農業稅的比例大部分時候是三十稅一，即百分之三點三，現在屯田農民的稅務負擔是此前朝廷標準的十來倍。在農業生產技術落後、生產效率不高的情況下，這麼重的稅率，農民生活之艱辛可想而知。
但不這樣又不行，軍事鬥爭每天都需要巨大的開支保障，曹魏所能聚集的財富十分有限，屯田這一塊相對較有保障，課以重稅既是循前朝慣例，也有不得已之處。
不過，曹操還是儘可能予以改進，包括合理安置勞力、分配生產資料、取消屯田戶的徭役等，保證屯田制的健康發展。對於屯田以外的普通農戶，曹操下令重新清查戶籍和財產，據此確定繳納賦稅的額度。
這有點像劃分成分，又像是核定收入申報納稅。據《魏略》記載，這項工作在「曹統區」全面鋪開，包括曹操本人在內都要評定「成分」，然後決定納稅標準。曹操家鄉的譙縣令給曹操、曹洪二人評為同一等級，曹操還說：「我家哪裡有子廉（曹洪的字）家富有呀！」
建安元年許縣屯田開始試點，次年就獲得了好收成，積餘糧達百萬斛。取得這樣的大豐收，除了新的農業政策發揮作用之外，據《齊民要術》一書介紹，還跟一種糧食品種的大面積推廣分不開。這不是新品種，它的名字叫「稗谷」，其實就是一種雜草，它不怕旱澇，容易生長，在《齊民要術》和《汜勝之書》這兩部古代最有名的農業著作里，對它都有詳細介紹。
這種雜草也結穗，只是穗比較小，一般的作物出糧率可能在百分之六七十，這種作物只有百分之三四十，而且吃起來味道也不怎麼樣。但是這種作物有一個明顯優勢，那就是產量特別高。
一般糧食作物畝產約為七斛，按照百分之六七十的出糧率，實得糧食大約四斛左右；種稗谷一畝可收穫二三十斛，即使按照百分之三四十的出糧率，實得糧食也達到近十斛。
據《齊民要術》記載，曹操下令種植這種作物，「頃收二千斛」，即一百畝地收穫二千斛稗谷，糧食單產大增。《汜勝之書》還說，用糞便拌種子產量還會更高，不知道曹操讓人試過沒有。這種糧食口味雖然不佳，但作為戰馬的飼料應該沒有問題。種這種糧食，灑把種子在地里就能長，不用管澆水除蟲的事，不耽誤軍事訓練，確實不錯。
曹魏屯田的規模很大，「曹統區」最興盛的時候曾控制或部分控制了十二個州，有九十一個郡國，大約七百三十個縣，而留下屯田記載的州就有十一個，郡國有二十八個。當然，實際情況肯定比這個還要多。
除了早期的民屯，建安末年又發展出軍屯，在「曹統區」的腹地以民屯為主，在與敵人接壤的地區大興軍屯，平時耕作，戰時打仗，亦兵亦民，在發展經濟、守土護邊方面成效顯著。曹操實行優先發展農業的政策，也培養了一批「農業幹部」，先後在曹魏「農業系統」擔任各級領導職務的有棗、任峻、國淵、袁渙、韓浩、裴潛、杜畿、呂虔、衛覬、蘇則、張既、鄭渾、徐邈、盧毓、嚴匡、杜松、弁揖、王、毛曾、倉慈、李勝、石苞等人，可以說燦若星河。「傷殘軍人」盲夏侯是這項工作的積極倡導者，多年後，他在淮南一帶搞軍屯，組織軍民修水庫，還親自參加勞動，擔土修壩。