在帝國的臨時首都長安，朝廷大權一直由李、郭汜、樊稠組成的「三人小組」共同掌握。王允被殺、呂布外逃後，這裡仍然是涼州軍閥的天下。
涼州軍閥是個大概念，如果細分，除了他們幾個人之外，已被朝廷收編並正式任命為征西將軍馬騰和鎮西將軍韓遂也應該屬於這一陣營。過去，他們曾經互為敵手，現在大家都有朝廷的正式任命，也分不清你黑還是我白了。征西將軍馬騰駐紮在董卓曾經苦心經營的塢（今陝西眉縣），鎮西將軍韓遂駐紮在金城（今甘肅蘭州）。興平元年（194年）初，馬騰與「三人小組」發生矛盾，動起手來。
據《後漢書》說，馬騰當時到長安公幹，率部移住到了長安東郊的灞橋。馬騰因為有私事想走一下主持朝廷工作的李的後門，結果李不理，馬騰覺得很丟面子，於是翻臉（騰私有求於，不獲而怒）。
其實這背後還隱藏著玄機，馬騰此行不是普通的出差，而是有預謀的。馬騰秘密策划了一場政變活動，參與的人有侍中馬宇、右中郎將劉范、前涼州刺史種劭、中郎將杜稟等。劉范是劉焉的兒子，被留在長安作人質，他的弟弟劉璋剛被派回益州給老爸傳話不要搞分裂活動。種劭是名人之後，他的爺爺種嵩、父親種拂都位至三公。這是一場由幾個高幹子弟和年輕軍官策劃的政變，馬騰是真正的幕後推手。
李沒給馬騰面子，馬騰便以此為由要與「三人小組」翻臉。眼看矛盾升級，朝廷希望息事寧人，於是動員韓遂前來調解。韓遂堂而皇之離開金城進入關中，到了之後就公開與馬騰站在一起。
不僅如此，劉范出現在政變者名單上說明情況更不一般。據《英雄記》等書記載，劉范不是以個人名義參與的，而是代表了劉焉。興平元年（194年）二月，馬騰、韓遂的聯軍已經進軍到長安以西五十里的平樂觀，這時馬宇等人的計謀敗露，馬宇、種劭等逃了出來，帶著一部分政變武裝退守到槐里（今陝西興平）。李命令郭汜、樊稠以及自己的侄子李利等人率兵與馬騰交戰。失去內應的馬騰不敢在長安周圍久留，向涼州撤退。郭汜、樊稠進攻槐里，馬宇、種劭等參與政變的人被殺。《英雄記》還說，造成政變計謀外泄的人是劉范。事情敗露後，他先逃到了馬騰的軍營，之後又逃到了槐里，這兩個地方在不同的方向，劉范此去可能是向槐里的政變武裝傳達馬騰的命令。
劉范同時還向劉焉求救，劉焉派遣校尉孫肇率領五千蜀兵前來助戰。這一來一往肯定需要很多時間，孫肇還未到，槐里即被攻破，劉范跟馬宇等人一同被殺，劉焉留在長安的另一個兒子劉誕隨後也被殺。
事後，「三人小組」既恨馬騰和韓遂，又害怕他們捲土重來，於是以獻帝劉協的名義，赦免了此次叛亂參與人的罪過，重新任命馬騰為安狄將軍，任命韓遂為安降將軍，此事暫告一段落。
在這次行動中，李的侄子李利有點擺譜，不太聽郭汜、樊稠的招呼，讓郭汜和樊稠很看不慣。「三人小組」雖說共同執政，但李常以首席領導人自居，早就讓他們心生不滿。現在更不能接受李的侄子在他們面前耀武揚威。
郭汜還有點涵養，沒有吱聲。樊稠卻忍不住，教訓李利道：「現在天下人提起你老叔都恨不得殺了他，你這條狗還仗什麼人勢？難道我不敢殺你嗎？」
李與郭汜、樊稠之間的矛盾有擴大的趨勢。韓遂這個老江湖在退回涼州的路上，順手又玩了一次漂亮的離間計，讓他們的矛盾一下子爆發了。
據《九州春秋》記載，馬騰、韓遂失敗後，樊稠一直追殺他們到陳倉（今陝西寶雞），韓遂派人給樊稠送了一封密信，說你我都是同一個州（涼州）的人，咱們又沒有什麼個人恩怨，雖然有一點小小的不和，但大方面的利益還是一致的，以後難免還要打交道，天下改朝換代的事誰能說得准，幹嘛不留條後路？
樊稠想一想也是，就命令士兵撤退。樊稠還應邀與韓遂在戰場上相見，他們各自催馬來到陣前，靠得很近，別人只能看到他們言談甚歡，卻聽不清說什麼，他們一起說了很久才完事（卻騎前接馬，交臂相加）。
李利恰巧也在現場，親眼目睹了這一場面，回來後即向叔父李打了小報告。李懷疑樊稠與韓遂勾結，於是通知樊稠來開軍事會議，樊稠一到，當場被誅殺，「三人小組」正式解散。
事實一再證明，在亂世中權力是不能分享的，尤其是最高權力。那時候沒有長老院，沒有議會，唯一可行的權力模式是強人統治，失去董卓的涼州集團，最缺少的就是萬眾歸一的強人。只是樊稠死得挺冤，要密謀什麼事，有當著幾萬名將士面的嗎？但是，這種事往往又容易讓人相信。韓遂的這招給另外一個人留下了深刻印象，此人就是賈詡，沒準當時就在現場。
十六年後，曹操領兵西征潼關，面對馬超與韓遂的聯軍，曹操問計於賈詡，賈詡微微一笑，只說了四個字：「離而間之。」曹操會意，於是兩軍陣前同樣上演了這一出，約韓遂拉家常，「交馬與移時」。事後馬超果然起了疑心。
曹操的這一招並不新鮮，發明人原來是韓遂自己。
其實，李未嘗沒有想過這是敵人的一計，但他與樊稠之間的矛盾由來已久，加上樊稠打仗勇猛，愛護部下，很有威望，讓李早就心存不滿，一場火拚已在所難免。現在正好有一個借口，在寧可信其有不可信其無和寧可錯殺也不能漏網思想的指導下，李還是下決心把樊稠幹掉了。他干這件事之前一定沒有跟郭汜商量。郭汜素來跟樊稠關係不錯，樊稠被殺，郭汜立刻有了兔死狐悲之感。李、郭汜二人表面相安無事，但私底下都在做著刀兵相見的準備。
興平元年（194年）到興平二年（195年）間全國範圍內的大饑荒也波及到關中地區，為了籌集軍糧，涼州兵在三輔一帶又殺又搶，弄得民不聊生，人口急劇下降，物資嚴重匱乏。
據《獻帝記》一書記載，獻帝的宮人以及文武百官就連穿衣都成了問題，獻帝想從御庫里調一些布來給大家做制服，李不同意，說宮人們已經有衣服了，幹嘛還要再做？獻帝無奈，只好自力更生，他下令賣掉了一百多匹馬，又讓大司農卿想辦法弄了些絹綢，準備給大家做衣服。
李聽到了，說他們家正缺這些東西呢，就把錢和絹綢給截了。賈詡聽說後，勸說李不要這樣，李根本不聽。
《後漢書》還記載了李乾的一件荒唐事，他差點納當今天子的嫂子、已故少帝劉辯的愛妻唐姬為妾。劉辯死後，唐姬回了家。李的軍隊在關東作戰時將其擄獲，李看她長得漂亮，就想霸佔，但唐姬堅決不從。賈詡聽到消息，趕緊報告給獻帝，劉協大悲，派侍中帶上他的信物（持節）到李那裡才把人要來。