對付黃巾軍的主戰場有兩個，一個是北部的冀州，北中郎將盧植任總指揮，他的對手是張角三兄弟；一個是南部的穎川郡，分別由左中郎將皇甫嵩、右中郎將朱俊任總指揮，他們的對手是穎川黃巾軍的首領波才。
先說說南部戰場。
穎川郡的位置挨近洛陽，波才又是黃巾軍中最有謀略的將領，朝廷不敢怠慢，派了皇甫嵩和朱俊共同迎擊。黃巾軍作戰英勇，面對朝廷的兩路大軍，不急不怕，沉著應對。
皇甫嵩和朱俊雖然沒有吃到大敗仗，但一舉蕩平敵人的想法沒有實現。儘管有過平叛的經驗，這一次他們也不敢再大意，商議之後，他們決定採取穩紮穩打的辦法，與黃巾軍打持久戰和消耗戰。
這個決策本來是正確的，因為他們這次出征，隊伍是臨時組建而成，來不及訓練，各部之間和上下之間都還不夠熟悉，是一支戰鬥力還沒有完全形成的部隊，穩定一下慢慢來，是有必要的。
同時，大將軍何進在洛陽正抓緊組建預備隊，朝廷的援軍以後會陸續投入戰場，只要堅持下來，戰場敵我力量對比就會發生改變。
波才也看到了這一層，所以他不想長期對抗，而是全力攻擊。他選擇的主攻目標是朱俊負責的方向，結果朱俊盯不住，吃了敗仗。
皇甫嵩分析了形勢，認為得找一個堅固的據點屯兵築寨據守，這樣他帶兵退到了一個地方，叫長社。
皇甫嵩和朱俊的隊伍退到了長社城內，波才隨後指揮黃巾軍將其層層圍住。黃巾軍的人數幾倍於朝廷的部隊，形勢十分危險。
皇甫嵩不斷向洛陽發出求援信號，這樣，新組建的騎兵師共五千餘人，在沒有經過訓練的情況下，即在師長（騎都尉）曹操的率領下投入戰場。這時是光和七年（184年）五月，距張角正式起義僅兩個多月。
長社是一個小縣城，去過北京西南郊宛平城的朋友們可能會有更容易理解這一點，通常這樣的城池只有四個門，站在南門樓一眼就能看到北門樓。平時，裡面的常住人口至多數千人。依靠這樣的城池抵擋黃巾軍數萬人的進攻談何容易？皇甫嵩作為經驗豐富的將領，一面指揮守城，一面思考如何擺脫困境。
站在長社城牆上，他看到黃巾軍的營寨附近都長滿樹木和草，他們這樣做可能是為了宿營的時候更舒服一些，畢竟農曆五月的天氣已經很熱了。
皇甫將軍的臉上露出了一絲不易覺察的笑容，波才，看來你只靠自學成才還是嫩了點。皇甫嵩立即布置下來，準備引火之物和大量易燃品。士兵們趁一個颳風的夜裡衝出城去，他們個個手持火把和引火的東西，衝到敵營，見到樹也燒，見到草也燒，見到營帳也燒。這時候風很大，火勢很快起來，黃巾軍數十天攻城不下，已經比較疲憊，大部分人都在睡覺，突然火光衝天，喊聲四起，營帳里一下子亂了套。
皇甫嵩立即率兵進攻。黃巾軍損失慘重，但他們沒有完全退卻，而是退到長社之外稍遠的地方重新紮營。這時，曹操率領的騎兵部隊趕到了。
三路人馬合在一處，由北中郎將皇甫嵩統一指揮，這次皇甫嵩改變了打法，主動尋求與黃巾軍決戰。對於黃巾軍來說，其實沒有更好的辦法，打持久戰只能對朝廷更有利，也只能選擇決戰了。
結果，這場決戰以朝廷軍隊大勝結束，波才棄軍而走，黃巾軍被斬首數萬。靈帝下詔封皇甫嵩為都鄉侯。
皇甫嵩、朱俊會同南陽郡太守秦頡、騎都尉曹操等人繼續追擊，不斷擴大戰果，於宛城斬殺了黃巾軍另一個首領張曼成，最後於陽翟和西華再次找到波才和黃巾軍首領彭脫率領的主力，取得大勝。
朝廷軍隊三戰全勝，黃巾軍被迫退出穎川、南陽等地，京師南部的形勢轉危為安。在首戰中朱俊所部曾經吃了敗仗，所以皇甫嵩在上報功勞的時候，特意將後面取得的功勞多分一些給朱俊，靈帝下詔封朱俊為西鄉侯，由右中郎將改任鎮賊中郎將。
過去雖然都是中郎將，但左在右之上，右中郎實際是左中郎將的副手。朱俊不再擔任右中郎將一職，意味著他將脫離皇甫嵩單獨行動。果然，朝廷命令二人分兵，皇甫嵩率領所部以及騎都尉曹操所部開住洛陽東部地區兗州刺史部的東郡，在那裡黃巾軍首領卜巳漸成氣候。朱俊仍舊在南陽郡一帶平息黃巾軍余部。
皇甫嵩、曹操率軍到達東郡，擊破了東郡黃巾軍，生擒卜巳，斬首七千餘級。
再來說說北部戰事。
盧植到達冀州後，利用自己的名望，大量招募兵馬，壯大力量。在這次招募活動中，有兩個人不得不提，他們是盧老師的兩個學生：公孫瓚和劉備。他倆不是一塊兒來的，但都不是只身前來，還帶著不少人，其中公孫瓚帶的人里，一定有一個叫趙雲，劉備帶的人里，有兩個人分別叫關羽和張飛。
關於他們的故事先按下不講。先說盧將軍的對手張角兄弟，幾仗下來，張角兄弟漸漸不支，退到了廣宗。盧植在廣宗城外修堡壘、挖壕塹、造雲梯，準備攻城。正要一舉攻下廣宗的時候，意外發生了，盧植被解職。
朝廷往前線派來了一個人，名叫左豐，是個宦官，他來的目的說是慰問，實際上是監軍，畢竟靈帝劉宏對這些手握重兵的將軍們還不完全相信。這個左豐打仗是外行，搞錢卻是老手，他依照慣例向盧植暗示給自己行賄，但幾天過去了，盧將軍那邊絲毫不見表示，左豐於是很生氣地回去了。
宦官向前線的將領索賄，這是一件很普通的事。打仗得花錢，戰爭預算的制定和撥付掌握在宦官手裡，如果不打點好這幫貪官，什麼事都幹不成。當年猛如「涼州三明」之一的段深知其厲害，刻意巴結宦官。
但盧植不是段，他本質上是個學士，打從心底里看不起這些宦官。盧植以為，到了現在這種時候，靈帝不應該再偏信這些宦官了。他也不相信宦官們會選擇這個時候找事，所以沒有理左豐的茬兒，繼續做攻城的準備。
但是盧將軍錯了，壞人做壞事是不分時候的。左豐回去向靈帝報告前線戰況，添油加醋說盧植消極怠工，故意不出戰，是想邀功。靈帝大怒，給盧植派來了一輛囚車，臨陣逮捕主將，押回京師問罪。
接任盧植的人名叫董卓。這廝想必大家都很熟悉了，在這裡是第一次說他的事。董卓長期在羌漢雜居的涼州一帶長大，先後追隨「涼州三明」之中的張奐、皇甫規與羌人作戰，因為很會打仗，被提拔為并州刺史、河東郡太守。朝廷下詔調董卓前來冀州，指揮前線作戰。靈帝重新設了個東中郎將給他，因為是盧植的職務此刻還沒有免除。
說實話，論打仗董卓是那個時代一流的猛人，但此君長期與羌人作戰，善長騎兵野戰，屬於速度型和力量型選手，拉到河網密布的冀州大平原上一試，居然找不到感覺。他多次想找張角的主力決戰，但總也找不著。靈帝等急了，因為左豐告訴他的是，董卓只需一頓飯的功夫就能拿下張角。盧植怯戰，怎麼換了個夠狠的角色，一樣沒有效果？
這反而救了盧植一命。他被押到京師本來要受到嚴懲，但由於董卓軍事上的失敗，從反面印證了當初他穩紮穩打策略的正確，於是他僅受到免官的處罰。
董卓眼看拿不下張角，乾脆向靈帝上書，說自己無能，然後向天子推薦了一個人代替自己，這個人就是正在東郡一帶清剿黃巾軍的皇甫嵩。
董卓是皇甫規的老部下，自己學藝不精，只好把老首長的侄子請出來。這樣皇甫嵩就接替董卓指揮對張角的戰鬥。
這一年對皇甫嵩來說實在是個人事業的顛峰，而且他運氣也好得不行。接替董卓以後，還沒等他拉開陣式，這場戰鬥就結束了。因為對方的主帥、太平道大賢良師、黃巾軍天公將軍張角不幸病故。
張角突然去世給黃巾軍造成了巨大的打擊，他兩個弟弟張梁、張寶繼續統領黃巾軍主力。在皇甫嵩指揮下，朝廷軍隊在廣宗這個地方取得了決戰的勝利，張梁、張寶先後被殺。張角雖然死了，皇甫嵩仍然撬開棺材，戮屍、斬首，將張氏三兄弟的人頭傳送京師。
到這一年底，朝廷軍隊在各個方向都傳來捷報，各種戰利品以及砍下來的人頭不斷運到洛陽。靈帝下詔將亂軍的人頭集中起來，上面蓋上土，居然像小山那樣高，被稱為「京觀」。
本次平叛功勞最大的當數皇甫嵩，靈帝下詔封皇甫將軍為槐里侯，拜為左將軍，由准將升為中將，同時兼任冀州牧。朱俊也升為右將軍。
凡參與平亂的都有不同的獎賞，騎兵獨立師師長（騎都尉）曹操因為配合皇甫嵩作戰有功，被任命為濟南國相。
好了，一切太平了，張角兄弟死了，人頭帶回來了，各地的黃巾軍都被鎮壓下去了，儘管還有一些地方有黃巾余部在活動，但已經成不了氣候。靈帝想，該喘口氣了，這一年真緊張得要死。
光和七年（184年）十二月，靈帝下詔改元為中平，寓意天下經過一場大亂開始走向安寧和平。
但如果他能未卜先知，他的心情一定會更