1988年12月15日，香港大學校外課程部高級講師黃康顯在《信報》發表《向查良鏞教授公開道歉》一文，以嘲諷的口吻，提到1986年3月金庸給港大捐款800萬港幣，隨後拿了個榮譽社會科學博士學位的事。因捐款在前，拿博士在後，為了「避嫌」，捐款的事等到1987年才公布。文章指出，「這不是買與賣，而是施與受。捐八百萬港元是施，拿博士學位是受」。「主流方案」風波中，黃康顯在香港各報發表了大量批查文章，以這一篇流傳最廣。當時港大還要聘金庸做名譽教授，他對內地記者說，打算用三年時間，就中國歷史、中國文化和中國的民族前途做一系列講演，先寫出講稿來。
黃康顯的文章自然令金庸氣憤，1989年1月初，他委託律師向黃髮出律師函，提出四個要求：
一、收回發表於《信報》的《向查良鏞教授公開道歉》一文；
二、一周內向查先生公開道歉；
三、賠償查先生的名譽損失；
四、負責支付查先生的所有律師費。（他請了最昂貴的律師）
沒想到在英國國家檔案館研究過幾年機密外交文件的黃康顯不買賬，先回覆律師信一封，表示已收到他的律師函，限期到了請另外一律師再復一信，稱其指控不能成立。同時繼續在報紙上批查，說1988年3月香港《文匯報》就有羅孚的文章說他在得到博士學位前送給港大100萬，支票由他親自交給港大校長黃麗松，黃校長請他加一個「0」而成為1000萬，責問他為什麼不告《文匯報》和羅孚。
從2月初起，金庸就沉默了。如果要打官司，港大校長黃麗松、校務委員會主席楊鐵梁等都得出庭作證，而對方聲稱有足夠證據證明他先捐錢、後得博士學位。此事最終不了了之。
黃康顯是《明報》的長期讀者，認為金庸的社評文字好，但政治功力不深，武俠小說好，但不是純文學，消費文化而已。
黃所說羅孚的文章是1987年12月寫的，曾以《金色的金庸》為題發表在《讀書》1988年第2期：
前兩年，他是得到了一個博士頭銜的。送這個名譽學位給他的是香港大學。有這麼一個傳說，在得到這個學位前，他送給港大一百萬元，支票由他親自送給當時的港大校長黃麗松，黃麗松一邊收下，一邊笑著說，你寫漏了一個「0」了。一個「0」似乎無足輕重，但這一個「0」不是一錢不值的符號，而是九百萬！他後來又補送了這九百萬。這傳說真實程度如何，不敢說。無論如何，以查的才識，即使是僅僅寫武俠小說的才識，得個博士也不為過。
金庸否認了這個傳說。1993年羅孚將此文收入文集《南鬥文星高》時，加了一句話：
查良鏞後來函告作者，他向黃麗松的繼任人王賡武校長捐過港幣八百萬元是獲得博士學位以後的事。
在古人中，金庸最仰慕的是范蠡、張良，他們都是在轟轟烈烈之後飄然而去，金庸心中也一直有這樣一個「退隱夢」。早在1960年10月5日，他就在《明報》說：「張良的結局怎樣？范蠡的結局怎樣？因為大家不知道，就容易引起各種有趣的想像。」
80年代後期香港未來政制方案引起的風波，讓金庸心力交瘁。「九七」之後的不確定因素，他也不會完全無動於衷。1989年初，他對記者說：「希望能把大部分報社工作托出去，讓自己進入半退休狀態，過些自己喜歡的生活，比如：弈棋、讀書、旅行，或者再寫點小說。……如果要寫，就寫哲理性小說，以哲學為內容，希望新的東西能有新突破。」
這年5月20日，正逢《明報》創刊三十周年，因颱風襲港，狂風暴雨，交通停頓，籌備了好幾個月的慶祝酒會只好取消，當天刊出隨報附送的三十多版報慶特刊，香港總督衛奕信和很多文化名流有賀詞，《明報》的編輯、記者、作者、讀者都有回憶文章，他在《感恩與報答》中提到了湯因比的話，「一種文明的生存，在於能成功地應付挑戰」。原本打算在5月30日舉行的宴會也因國事劇變而停辦，31日，報社員工在八樓以茶會形式聚會，他在會上頒贈長期服務獎狀及金牌，感謝三十年來員工的辛勤服務和卓越貢獻。他宣布，自6月1日起，不再擔任社長之職，只擔任明報集團有限公司董事長，另組行政委員會，由《明報周刊》督印人兼總編輯雷偉坡、《明報》總編輯董橋、《明報》督印人吳靄儀、明報集團副總經理許孝棟四人組成，雷任主席。6月1日，《明報》刊出「本報專訊」《查良鏞今日卸社長職，續任明報集團董事長》，公開了他的決定。他表示，「年事已高，不勝劇繁，退休之念存之已久，希望逐步提升本公司年輕一輩接班，從家長式的管理改為制度化的管理」。
1989年金庸、沈寶新在《明報》三十周年報慶時
自這年4月中旬以來，《明報》社評的標題常常「宋體加黑」——這代表該篇是金庸親自執筆的，有時幾乎天天都是，6月11日的那篇還署了名。他說，「中立與客觀」向來是《明報》的立場和方針，他不斷提醒年輕的工作人員：「無論如何要冷靜理智，要分辨謠言和事實，要記得自己對國家、社會和廣大讀者負有責任。那一段時期中，不但每天說，在緊急的時刻更加一天中說上數次。但是每個人都是血肉之軀，都有熱血和熱情，人不是機器，怎麼能在這重大的關頭保持絕對的冷靜與客觀呢？」
幾乎每一分鐘，都有電話打進報館來，或提供最新消息，或表示強烈的意見，在這樣的氣氛下，要保持理智客觀真是難得很了。但報紙在任何情況之下都必須保持理智客觀，應當像一面明亮的鏡子，將事實真相不加任何歪曲地反映出來。「由於當時局勢的混亂，真實消息的來源困難，採訪工作受到當局的嚴重限制，也由於工作人員個人的熱情和衝動，在新聞的發布和處理上，我們不能理智冷靜，也曾有不少錯誤。……我們的方針永遠是：尊重事實的神聖，那是不可歪曲的；保持意見的自由，那是應當獨立的。」
不僅一般記者，就是《明報》高層的董橋、吳靄儀、張健波等人也都熱血澎湃。五年後，回顧那些日日夜夜，董橋說：「《明報》上下不眠不休的情景恍如昨日。我當時常常想：我們到底不是賣成衣的，也不是賣糕點的！」
6月份《明報》的日發行量意外地超過20萬份，達到《明報》史上的最高峰。《明報周刊》的發行量一度高達30萬份，穩居香港娛樂周刊的榜首。《明報月刊》6月號第一版印出，頃刻賣光，改版加印，又賣光。一連印了四次，供不應求，而後面印的內容與前面有很大變化。剛剛接任總編輯不久的古德明說，雖然這是創刊三十三年來銷量最高的一期，編輯部里卻沒有一張笑臉。
當年7月16日，《百姓》半月刊報道，根據可靠消息，金庸已委託律師行安排申請移民外國之手續，目的地為加拿大。報道提到他原有退休後到西湖附近買屋之意，加拿大雖有楓紅美景，又如何能跟秀麗江南相比？並感嘆他如果真的移居異邦，《明報》是否還繼續經營？
移民的事此後再無下文，金庸倒是向外界透露了出售《明報》股份的消息。三十年來，《明報》一直只有兩個股東，他佔八成股份，沈寶新佔兩成股份。消息一傳出，不少財團主動表示，希望能收購《明報》，包括國際傳媒大王默多克的《南華早報》、英國報業大亨麥士維的鏡報集團、新加坡聯合早報集團、日本德間書店集團等。香港百富勤證券公司的梁伯韜與創辦《資本》《資本家》雜誌的出版商鄭經翰聯手和他有過多次接觸、協商，價錢差不多已談好，梁、鄭連一張10億元的支票都準備好了，但最終沒有達成協議，因為金庸覺得他們收購《明報》只是商業行為，無法體會《明報》包含的文化意義。他決定暫時擱置出售《明報》的計畫，先將《明報》上市，發行股票。
1990年，明報集團年贏利達到7000萬港幣，1991年衝破1億。金庸的個人資產估計超過了6億。1991年，《資本》雜誌的「90年代香港華人億萬富豪榜」上，金庸名列第64位，沈寶新名列第112位。金庸創造了商業社會「文人辦報」成功的一個神話。倪匡曾跟黃霜討論過，「中國幾千年歷史中，文人不做官而能致富者，怕只有金庸一個人，舉不出第二個例子來了」。
1991年3月22日上午，明報企業在香港聯合交易所正式上市，包括《明報》、《明報月刊》、《明報周刊》、明報出版社及翠明假期旅行社等，合併估價5.8億元，共發售了7500萬股新股，每股認購價2.9元，吸納了2.175億元，凈得資金近2億元。金庸表示，至少為《明報》再服務三年。
「《明報》的成功，可歸功於查良鏞個人的遠見。由早期以武俠小說的金庸作號召，邁向60年代以政論聞名的查良鏞年代，以至目前上市以企業手法經營《明報》，查良鏞成功地將《明報》塑造成了一份備受知識分子尊敬的報紙，可見他的高瞻遠矚。