明教，又稱作牟尼教或摩尼教，發源於古代波斯薩珊王朝，為公元三世紀中葉波斯人摩尼所創立。摩尼充分吸收了佛教、基督教、拜火教（瑣羅亞斯德教）教義中的因素，主張靈魂從肉體中徹底解脫，因而強調禁慾、食素，同時也包括了佛教的轉世說和敘利亞的天使說。教義核心可簡單歸納為「二宗三際」：二宗指光明和黑暗；三際指初際中際後際（過去現在未來），現在是黑暗的，未來是光明的，光明的勢力必將戰勝黑暗的勢力，到達明界。摩尼本人則堅稱自己是佛祖、瑣羅亞斯德和耶穌的繼承者，是真主的先知。
明教在唐代傳入中國，但並沒有得到官方的認可合法普及，唐武宗禁佛的同時也把明教納入左道旁門加以禁止。到了北宋，趙氏王朝依然不承認明教的合法地位，禁止信奉明教，信奉者一旦被官府發覺，就要被流放，財產全部沒收，一半充公，一半獎勵告發者，明教只能以地下宗教的形式流傳發展。
北宋末，浙江的明教由福建地區傳入，在當時的影響很廣，僅溫州地區就有明教齋堂四十多處。當時的明教佈道者對原來的明教教義作了改良，他們不再尊外國神仙摩尼為祖，而是改拜太平道的始祖張角為教祖，同時也拜讀佛教的《金剛經》，中國的明教教徒和佛教徒一樣不吃肉、不喝酒，提倡素食，不事神佛、祖先，提倡節約，死則簡葬，教徒之間提倡團結互助。
相對佛道二教，明教的受眾更偏向最底層的勞苦大眾，更為反映農民階層的經濟意願和政治訴求，所以從宋代開始，歷代農民起義軍都喜歡把它作為宗教旗幟，煽動農民將造反進行到底。
第一個揭起這面旗幟的是方臘。
方臘是睦州青溪（今浙江杭州市淳安縣）人，當地人稱方十三，家住幫源洞（位於青溪縣西北七十公里的山谷中），家境還算良好，有一大片漆園，原來也衣食無憂，但後來因為趙佶派朱勔征花石綱，因幫源洞盛產漆楮竹木，小地主方臘也因此受到造作局的榨取。日子一天比一天難過，信奉明教的方臘便漸漸起了和教友兄弟們反抗朝廷的心思。
政和六年（公元1116年），青溪地區又發生了大水災，天災人禍加上宗教壓制，睦州地區的農民群眾與朝廷的對抗情緒越來越激烈。方臘利用此機會，四處奔走說教，組織隊伍準備起義。
宣和二年（公元1120年）七月，方臘的活動被當地的大地主、幫源里正方有常察覺，把方十三抓了起來，準備送官，但方臘還是逃了出來。大魚漏網後，方有常知道自身難保，舉家逃往歙縣（今屬安徽）七賢村。方臘有仇必報，十月，帶領幾百教徒去七賢村殺了方有常全家四十餘口，然後返回幫源，舉行誓師大會，正式開始造反。
方臘起事在睦州等地如星火燎原，一發而不可收拾，短短的幾天時間，就有近十萬人加入了這個隊伍。十一月一日，方臘自稱聖公，以方肥為宰相，並設置各級將領官職，「以巾飾為別，自紅巾以上凡六等」，並改元永樂，使這支農民隊伍有了基本的組織和領導。
得知方臘起義後，青溪知縣陳光第一時間向兩浙路提點刑獄張苑彙報，張苑也及時向朝廷做了彙報。但消息到了帥哥宰相王黼手頭，王宰相認為朝廷現在的主要重心是組織兵力伐遼，並沒有將青溪這點芝麻小事放在心上，反而斥責張苑大驚小張皇生事。
張苑沒有辦法，只有前往睦州與剛剛上任的睦州通判葉居中一起企圖招撫方臘，方臘剛起了個好頭，當然不可能輕易罷手。
招撫不成，睦州官方只有採取武力鎮壓。兩浙地區最高軍事長官（兩浙路制置使）陳建派出五千官兵，由兵馬都監蔡遵、顏坦率領前往青溪鎮壓起義軍，方臘在隊伍無兵甲少器械的情況下，在息坑威坪鎮（今淳安縣西北新安江北岸）設伏，一口吃掉官府的五千兵馬，擊斃蔡遵、顏坦，並獲取了大量的裝備。
初戰大捷後，方臘一鼓作氣，於十一月二十九日攻克了青溪縣城，知縣陳光倉皇逃跑。方臘隨即率部二萬攻打睦州，睦州知州張徽言棄城逃跑，倒是通判葉居中臨危不亂，率二千餘官兵主動出擊方臘，被方臘擊退後堅守睦州，但兵力太過於寡弱。方臘率兵強攻，十二月一日，睦州陷落，葉居中被半個月前他還企圖招降的方臘砍掉了腦袋。
睦州陷落，附近的縣城相繼被義軍佔領。
方臘佔領睦州後，目標劍指與睦州相鄰的江南東路的重鎮歙州（今安徽省徽州），當時的歙州知州是仁宗朝名臣曾公亮之子曾孝蘊。曾孝蘊對方臘起義十分重視，方臘剛在睦州起事，曾孝蘊就在歙州界內積極組織兵力布防，以防方臘來侵。
但此時的朝廷還沒有充分認識到方臘起義的嚴重性，他們認為，同時期的活動中，開封附近的宋江起義對帝國來說更有威脅。於是他們把經驗老到的曾孝蘊調到青州去鎮壓宋江起義，而歙州方面用沒什麼資歷和經驗的毛栗代理知州主持歙州全局，同時派東南第三將，有「病關索」（水滸一零八好漢中楊雄的外號）之稱的郭師中率兵進駐歙州。
方臘大軍很快殺向歙州，「病關索」郭師中率兵出戰，被方臘不費吹灰之力斬落馬下，而歙州城內則發生了民變，打開城門迎接義軍。代理知州毛栗坐在一把手的位置上沒兩天就被砍了頭，歙州及附近屬縣陷落。
打下歙州後，方臘調頭殺向了杭州，於十二月二十九日殺到杭州城下，杭州是東南重鎮，有朝廷重兵據守，要吃掉杭州，方臘必須證明他有足夠好的牙口。
看到如洪水般的農民起義軍湧來，杭州知州趙霆嚇得差點尿褲子，撒腿就跑，把守城任務交給了制置使陳建和廉訪使（負責監察方面的長官）趙約。
起義軍發動猛攻，很快將杭州拿下，方臘入城後殺了制置使陳建和廉訪使趙約。
攻佔杭州後方臘軍兵分兩路，一路由大將方七佛率兵六萬北上，攻佔崇德、秀州（今浙江嘉興）；另一路由方臘親自率領，南下攻佔婺州（今浙江金華）、衢州（今浙江衢縣）、處州等地。
方臘所到之處所向披靡，勢如破竹，僅僅用了三個月的時間，方臘便攻佔了六州六十餘縣，隊伍擴展到了近百萬，這終於驚醒了北宋帝國的高層。方臘起義，已經成為帝國開國以來最大的一次內亂。
和宋江比起來，方臘起事更顯得有組織有預謀有戰略。在幫源的起事誓師大會上，方臘就作了慷慨激昂的誓師演講，他指出，現在東南一帶的百姓早已經不堪朝廷重負，他一旦起事，各州府的百姓必然會積極響應。他更是大膽判斷，以帝國地方官員當下的行政辦事效率，至少在半年後才能組織兵力對他們進行有效的鎮壓，他方臘有半年的時間，就一定能帶領兄弟們據有江表，劃江而守。
方臘的判斷是基本準確的，但是他沒有想到的是，朝廷在經過初期的混亂後，竟然在非常短的時間內組織了十五萬人的大軍南下平亂。
他的對手，是帝國軍界第一人——童貫。
宣和二年（公元1120年）十二月二十一日，趙佶任命童貫為並、淮、荊、浙諸路宣撫使，譚稹為制置使，王稟為統制，劉延慶都統諸路兵馬，讓已經集中到京城準備北伐的陝西六路漢蕃精兵共十五萬兵馬全部南下，其中辛興宗、楊惟宗統熙河兵，劉鎮統涇原兵，楊可世、趙明統環慶兵，黃迪統鄜延兵，馬公直領秦鳳兵，冀景統領河東兵，加上東南第一將與第七將地方軍，近二十萬大軍討伐方臘。
方臘起事之初判定朝廷最少要半年左右才能調度大軍來對付他，但世事總有偏差，這些軍馬當初真不是為他準備的，這是方臘的不幸，其實也是童貫的不幸。
趙佶賦予了童貫全權處理東南軍事的大權，賜其御筆，便宜行事。
童貫知道江浙的百姓是為什麼而反的，一到江浙，立即使用了皇帝給他的御筆，下手詔，把強征花綱石的罪過全賴在了朱勔父子的頭上，並革了朱勔父子的職，同時宣布罷花石綱。
此舉雖然不能使方臘放下屠刀回頭是岸，但有效地阻止了革命的烈火繼續擴散。
而剩下的，則需要在戰場上一見高下。
宣和三年正月，童貫命先頭部隊搶在起義軍的前面佔領江寧、鎮江二鎮，避免了方臘軍據守長江天險。隨後，童家軍兵分二路，東路由王稟率領由蘇州南下，指向秀州；西路由劉鎮率領由宣州南下，指向歙州，童貫率余部殿後。
王稟率軍抵秀州，方臘軍方七佛部正在攻秀州城，秀州守將王子武率部頑守，王稟殺到，二軍裡應外合，在秀州城下大敗方七佛，殲敵萬餘，方七佛率二萬殘部退往杭州。
二月，童貫主力到達杭州，杭州城有方臘的主力軍六萬餘和方七佛的二萬餘人，雙方兵力懸殊並不大。
雙方在杭州城下展開一次次激戰，方臘軍傷亡近二萬。二月二十八日，童貫佔領杭州，方臘逃向富陽，後逃回家鄉幫源，童貫軍趁勢收復富陽、新城、睦州。
在東線戰事節節勝利的同時，西路的劉鎮也連傳捷報，在三月十三日攻佔歙州