馬西沙同樣反對把明清時代民間宗教統稱為白蓮教，認為南宋茅子元所創的白蓮教與明清時期所謂的白蓮教有很大的不同。但他同時也不持兩種教派系統說，而是強調明清民間宗教教派的多樣化，堅持三教合一的觀點，認為民間宗教的源頭是儒釋道三教。他在《中國民間宗教史》中，從最基本的檔案文本出發，全面系統地梳理了中國民間宗教，特別是明清民間宗教的發展脈絡，並在書後附了各教派的源流表 。
儘管如此，由於明清統治者對民間宗教的壓制政策，大量寶卷被銷毀，而檔案材料又不可避免地帶有統治階級的立場觀點，能保存至今的有關民間宗教的文本材料畢竟很少，我們是否透過這些檔案和寶卷就能完整地梳理出明清民間宗教的線路呢？或者說，因為民間信仰和民間宗教本身的複雜性、混合性，我們能否最終理清其脈絡都是一個問題。我感覺，現在對於明清民間宗教的研究似乎正在走與20世紀80年代以前對義和團的研究一樣的路數，即研究者普遍有一種對「起源偶像」的職業迷戀——「依據最遙遠的過去來解釋最近的事物」馬克·布洛克以基督教教規史為例提醒道，「了解教規的起源對於理解現實宗教現象來說必不可少，然而，以之來解釋現實宗教現象則很不充分」因為宗教「就像一個結，這個結將社會結構與社會精神大量迥異的特徵纏繞在了一起。簡言之，宗教信條涉及整個人類環境問題」 。正是因為宗教是一個龐大的社會文化現象，簡單地追溯其源流只會使其簡單化，特別是僅僅向制度化宗教靠攏。因為民間宗教的創造和傳播並不是被動的，它有其強大的原動力，即民眾中廣泛存在的信仰文化。缺少這一因素，解釋民間宗教仍然是一種很大的缺陷。
三、民間宗教與明清社會民間宗教在明清時期有兩個比較顯著的特點，其一，出現了中國歷史上從未有過的繁盛現象，表現為教派林立，信仰多樣化，影響遍及整個社會；其二，這一時期民間宗教越來越多地與農民運動聯繫在一起，教案連續不斷，發生率頗高，農民借民間宗教反抗政府的運動此起彼伏。
對於民間宗教在明清時期的繁盛，研究者往往從功能角度著手。
功能分析是宗教社會學中較早的方法論之一，其代表人物馬林諾夫斯基認為，人類在求生存的過程中，經常遭遇到種種困難與挫折，譬如災害、疾病、傷亡等，其中死亡是人生過程中所遇到的最具破壞性的挫折，宗教信仰多能適時地給予人類某些程度的助力，使人類有信心生存下去，宗教信仰就是植根於人類的基本需要，使個人擺脫其精神上的衝突，而使社會避免失范的狀態 。李亦園認為宗教在人類社會中扮演的功能至少有三項：認知、整合與表達 。表達是人類對生之喜悅、對死亡、鬼神的恐懼，把人類的各種情緒借宗教儀式來轉化表現；整合是人群借宗教信仰而有共同情緒，借舉行宗教活動而有團結凝聚力。認知功能是人類對大自然現象，對社會現象或人生百態的疑惑常用宗教儀式來指示，尤其是在科學未明之前。
明清民間宗教雖然被統治者視為異端，經常遭到查禁，但仍然非常繁盛，究其原因，便是因為各教派在地方上扮演著重要的角色，具有一定的正面社會功能 ，其功能大概分為心理安慰功能、娛樂功能、社交功能、濟助功能、治病健身強體功能、謀生功能、晉陞功能等。同時民間宗教的繁盛也有其客觀環境的因素和適存基礎，因其「依附民間信仰而創生，取民間信仰之種種內容，以為信仰根本，借佛道經典為依據，佛道儀節為傳布手段，因而能根深蒂固，生機不絕」 。
有關民間宗教反抗運動的研究論著頗多，並且近年來，研究視角有拓寬的趨勢，不再僅僅局限在對政治事件的闡述，而是從社會、文化、宗教等多方面來反省農民宗教運動的時代意義及其內在精神。
對由民間教派所引起的農民運動的研究，主要關注在王倫起義、白蓮教起義和林清、李文成起義這三次比較大的運動上。過去的研究多強調社會經濟因素的重要性，採用階級分析的方法，最後往往歸結為既定的農民生活窘迫論和階級壓迫論，從而忽視了宗教在其中的作用，把宗教僅僅視為農民對社會普遍不滿的表達方式。
比較早反思這一問題的是美國學者韓書瑞，她以民間宗教為切入點，系統地研究了王倫起義和林清、李文成起義，在20世紀70年代末連續出版兩本專著《千年王國運動：1813年八卦教起義》 和《1774年的王倫起義》 ，對民間宗教在農民運動中的作用進行了闡述，從而得出了不同的結論。
韓書瑞在對八卦教起義研究的前半部分，花費了大量筆墨來論述整理白蓮教系統，把白蓮教放在清朝的正統思想的背景中來加以考慮，與中世紀基督教中的異端等各種救世信仰相比較。由此她認為，與其說這次起義是一場農民反抗社會壓迫的起義，還不如說是一場類似千禧年運動的宗教起義。這次起義雖然暴露了清王朝統治的弱點，但並不表明乾隆統治的後期是有些人所言的傳統中國終結的開始。接著韓書瑞在探討王倫起義時，利用目擊者的記載、造反者的供詞和地方的報告，去探索王倫的組織的背景和起義的過程。她考察了白蓮教教派在清代社會中的作用，並指出了這些教派是怎樣給那些在各地生活的信徒們提供生活意義的認識和社會組織的。經過對當時社會、經濟、政治和軍事等方面狀況的調查後，她的意見是：起義的原因更多的是教派組織內部的動力和追求千年盛世的信仰，而不是由於社會本身的危機引起的。
類似的結論也出現在關於1796年白蓮教起義研究中。劉廣京就湖北省的材料，說明無生老母與彌勒佛在白蓮教信仰中的重要性，著重論述這次起義中的宗教因素 。日本學者野口鐵郎也強調了白蓮教起義的宗教性質，特彆強調了民間宗教本身在運動中所起到的動力作用 。
從文化角度討論民間宗教運動的論述較少，但也已有學者開始涉足。筆者所見劉平的博士論文《文化傳統與社會「叛亂」——以清代秘密社會為視角》便是一例。該文從民間文化與民間信仰角度透視了清代秘密社會——包括秘密宗教和秘密教門——的文化內涵。他認為「農民運動並不一定總是發生在生活最貧困、受剝削最嚴重的地區，也就是說，農民運動的起因十分複雜，不能用一個簡單的公式來概括……農民叛亂廣泛借用了他們所處的社會的『文化』因素，尤其是『宗教』因素……信仰——宗教迷信外衣加上巫術符咒、五行八卦、氣功武術等種種『文化』因素，不但為農民變為叛亂者架起了橋樑，也使叛亂者在叛亂過程中進發出巨大的勇氣和力量」 。
四、走出文本傳統研究民間宗教，所依助的文本主要是指檔案和寶卷。民間宗教比較繁盛的明清兩代，恰好保留下大量有關秘密宗教的檔案，這是明清政府在鎮壓各種秘密宗教的活動中形成的，其中絕大部分是官文書，包括地方督撫等官員的奏摺和題本及皇帝的諭旨等。同時還附有大量審訊立教傳教人員的口供記錄，以及某些重大秘密宗教起義案件中，各教派發布的布告、傳播的經卷等 。20世紀30年代，當時的故宮博物院整理和公開了一批檔案，其中便涉及羅教、弘陽教、林清教案內容 。至20世紀六七十年代，台北故宮博物院逐漸公布了所收藏的民間宗教的檔案，像美國學者韓書瑞的兩本著作便主要是根據這兩批檔案完成的。中國第一歷史檔案館自成立後，也分期分批地公布所藏民間宗教檔案。特別是20世紀80年代以來，許多學者開始從關注農民運動轉到關注其中的民間宗教的因素，馬西沙等所著《中國民間宗教史》便主要是根據此處檔案而權威性地梳理了中國民間宗教的源流脈絡。
寶卷的研究 最初是被作為文學來對待的，如鄭振鐸等人就認為寶卷是民間文學的一種形式。而周作人則以民俗學家的眼光發現了《破邪詳辨》中「無生老母」這樣的民間宗教信仰，引起民間宗教研究者對寶卷的關注。但是，寶卷的缺乏制約了當時的研究，所以在20世紀50年代之前，主要是一個寶卷收集工作，特別是日本人利用侵華之機在中國收集了大量寶卷，直接造成了50年代後，日本成為寶卷研究的中心，最具代表性的是澤田瑞穗的《增補寶卷之研究》國內則主要是以李世瑜的《寶卷綜錄》為代表。但是，一個很奇怪的現象是，寶卷的研究者主要集中在歷史學者和文學研究者中，本來最有資格進行研究的宗教學者卻對此極為忽視。即使有宗教學者對寶卷進行研究，也多是從歷史的角度，解釋民間宗教教派的源流，而很少對其內在脈絡、宗教思想進行分析。最近對道教的善書、功過格的研究越來越多，但是寶卷始終受到宗教學者的冷落而未能列入宗教史文獻範疇。
單單從文本角度進行民間宗教研究的一個後果，便是導致「中國的宗教史研究者有著根深蒂固的『歷史學』傾向，總是把宗教史看成過去的歷史，研究宗教史似乎就是回頭向後看，基本上不注意歷史上的宗教在現代的遺存，於是很少考慮文獻資料與田野