就這樣子，除了在最北的北方還殘留有北元之外，其他的地方則是統一的狀態，而朱元璋也開始了他對國內的經營。首先為了要讓權力集中於皇帝一身，因此就隨著制度整飭的展開，而同時進行了幾次的大肅清，像是胡惟庸之獄、藍玉之獄等相繼發生。所謂的獄，指的就是肅清這件事，而胡惟庸和藍玉，原本都是朱元璋的重臣。
朱元璋這個人，雖然說是統一天下的英雄，然而要說到他殺的人，其實在歷史上也是數一數二的。怎麼說呢，他光是在胡惟庸之獄和藍玉之獄就殺了五萬人。總之，稍微有點才能的文官、武官，還有其家族，合起來共有五萬餘人被殺，史上稱為「胡藍之獄」。
這時的常遇春，早已在三十多歲時因病去逝。而徐達也同樣遭到懷疑——徐達這個人喜歡吃鵝肉，朱元璋還曾把鵝肉當做探病時的禮物，然而這鵝肉卻有毒，因此就留下了一則即使明知這可能是朱元璋所下的毒，徐達但卻依然流著眼淚將鵝肉吃下的故事。此外，他的侄子李文忠也是個文武兼備的名將，他曾對朱元璋提出不要再繼續殺人的忠告，只是沒想到第二天這個人就突然暴斃了。
在之前也曾經提到過的，由清朝趙翼所寫的《二十二史札記》之中，有著「蓋明祖一人聖賢、豪傑、盜賊兼而有之」的評價，說明朱元璋似乎有著多重的人格，以一介平民的眼中來看，感覺實在是不太好。
朱元璋這個人對農民十分地照顧，然而對知識分子似乎卻異常地憎惡。當時有個著名的詩人名叫高青邱，他因為說了朱元璋的壞話而被殺死，和後來中共的文化大革命沒什麼不同。總之，應該要支撐朝廷的五萬人就在短短的時間之內都被殺了，這樣的殘忍霸道將遺留到千古之後。漢高祖劉邦雖然也曾肅清，可是和朱元璋比起來實在是不算什麼。
再說另一件事情，洪武帝的長男，也就是皇太子，因為早死的緣故，到了最後要決定繼承人的時刻，至於候補的人一共有兩個，一個是皇太子的孩子，也就是朱元璋的孫子。另一人則是朱元璋的四男朱棣，他被封為燕王，非常地武勇，一直在北京——當時明的首都乃是南京——擔任北方防衛軍司令官的職務。他不光是皇帝的兒子而已，同時他也繼承了父親的軍事才能於一身，曾數度與蒙古軍作戰皆獲勝利。也因為如此，在建國之後沒有多久，就有讓燕王這般具有實力的人來當皇帝為佳的意見出現，只不過依據禮教的順序，還有嫡孫這一點來看，才有把帝位交給孫子的看法。
朱元璋對這一點也十分煩惱，在聽取了他人的不同意見後，最後決定將孫子立為皇太孫，而決定讓其繼承。只是，孫子畢竟還是個小孩子，而朱元璋這個人又生性多疑，簡直到了一種病態的地步，最後就把將來可能會對其孫子的帝位造成威脅的人通通都給殺了。之後，就有了朱元璋將五萬餘人殺掉，然後讓自己一族立於其上的說法。就在把人幾乎都趕盡殺絕後，朱元璋去世了，而皇太孫就登上帝位，稱為建文帝。
以下是幸田露伴的《運命》，以及中國的《女仙外史》之中所描畫之故事的世界。
建文帝雖然好不容易才登上帝位，然而事情並沒有這麼容易解決。洪武帝有許多的孩子一一在各地封侯，他們都各具勢力，而最大的勢力還是燕王。因此側近就對建文帝說，只要這諸方之王——從建文帝看來，這些人都是他的叔父——還存在一天，建文帝就不能安心。而如果不將燕王的勢力擊潰的話，總有一天他會起可謀反，所以最後一定是要將燕王打倒才行。只是雖說如此，剛開始要向他下手總是有困難，因此就必須先從其他人開始著手。建文帝便依次以各諸候態度不好、或是有謀反意圖等等（其實這也只是借口而已）用各種的名目將他們逼死，或是把他們的領地給收回。
在燕王的眼中看來，當然也知道其最終的目的就在於自己，於是就以無法忍受自己被誣賴謀反為由，而造成後來無法兩立的狀況，也就是如果不將建文帝打倒，自己就無法生存下去。
在此出場的乃是第八十三位的姚廣孝，他的法號為道衍，也就是說，這個人是和尚。不過，他的父親則聽說是一名醫生。總之，他在禮佛的過程中，同時也學習了陰陽術與詩文，是一個相當有名的和尚。因此他也跟著燕王來到了北京，雖然寄身於北京的寺廟之中，但卻常接受燕王的諮詢，而成了燕王的政治顧問。當然，這個和尚也不是一個普通人，最後勸燕王與其坐以待斃，還不如乾脆起兵的就是他。
這時朝廷為了監視燕王，就派了一個將軍過來，說如果燕王的樣子有異的話，就直接將他捉起來殺掉。而燕王則以生了重病而求代遺言的理由把這名將軍給找來，然後就把他給殺了，之後隨即舉兵。雖說是舉兵，然當時燕王的兵力其實只有少數的親衛隊八百餘人而已，讓人有著他不知何以爭取天下的感覺。
就在舉兵之時，颳起了一陣暴風，把燕王宅邸屋頂的磚瓦吹落了一片，摔碎在地上。就當大家都認為是凶兆而臉色大變時，只有姚廣孝一個人說是吉兆。他說：「像這樣便宜的瓦片摔碎了，就是老天鼓勵我們，要讓我們以黃色的瓦——也就是只有皇帝才能夠使用的東西採取代的證明。」讓眾人精神為之一振。
燕王的舉兵雖然讓朝廷為之一驚，然而其實早就心裡有數，所以也準備好了五十萬大軍來應付。因此就成了五十萬對八百之爭，一開始根本就無從談論勝負。當然，燕王也努力地在各處徵集兵員，特別是他的弟弟寧王這個人，由於也是負責防衛北方之故，因此手中有不少軍隊。由於燕王和寧王感情頗佳，所以在借用了寧王一半的軍力之後，便開始了南下之舉。
這個寧王乃是一個對文化頗有研究的人，雖然個性有點古怪，但他卻對中國的戲劇有不少研究，甚至還曾經自己寫過戲劇的腳本。他關於戲劇的研究書籍也成了相當重要的文獻。
在此發起的這場內戰，叫做靖難之役，也是這場連續政變的總稱。
這時負責指揮朝廷五十萬大軍的是一個叫做李景隆的人，他乃是六王之一李文忠的兒子，然都是個才能遠不及於父親的平庸之人。在幸田露伴的《運命》一書中，雖對李文忠讚譽有加，但也說到他的兒子實在不行。總之，是個沒有決斷力的人，總是讓對方有機可趁，最後造成全軍覆沒。只是朝廷的後台畢竟比較硬，還是能夠依次地送上大軍，實際上燕王也曾有一度差點喪命。當他被敵人追趕時，周圍連一個人都沒有，於是燕王也只有在大軍快要逼近的時候故意使出險招，他策馬跑上一座小山丘，故意舉起馬鞭，做出向山丘的另一邊呼叫己方的動作，朝廷的軍隊見了他的舉動反而不敢靠近。像這樣危險的場面聽說還不只一次，連燕王的鎖甲上都還留有不少被敵將的長槍所刺傷的痕迹。
這時發生了一個很諷刺的現象，那就是朝廷的兵員雖多，然而卻沒有一個可以統括全軍的將軍。這樣的人才本來應該有的，只是全都被朱元璋給殺了，即使有可以擔當部隊長的人，但能夠擔當大將軍一職的人就幾乎完全找不出來了。因此一次次的戰鬥下來，燕王的支持者愈來愈多，而朝廷中的背叛者也陸續出現，最後南京——這時並不叫做南京，而是稱為應天府，總之就是現在的南京就對了——終於被攻陷了，而建文帝也失去了蹤影，消失在戰火之中。後來除了有建文帝死於當場的說法之外，也有其實他當時還活著，只是化身為僧侶逃脫的說法，這個說法被當成小說的題材，也就是日本幸田露伴所寫的《運命》。
把明初期的歷史與日本做一個比較，朱元璋可說是兼具了織田信長和豐臣秀吉兩人的個性，建文帝為秀賴，而燕王則像是德川家康，以分合的局面來看也蠻吻合的。
我覺得比較有趣的倒是在於南京這個城市。在歷史上，這兒一直是南北朝時期的首都之一，其成為全中國的首都，則只在明初，以及中華民國初期，而不可思議地，它做為首都的時間都不長。
不知道是誰曾經說過，大阪這塊土地，在日本史看來，乃是古時難波京的所在，之后豐臣政權時曾把大阪城列為首都，然而，卻總是難以持久。因此若把南京的歷史拿來和大阪的歷史做比較的話，其實也有著這樣有趣的共通點。
後來，燕王終於滅了自己的侄子而當上了皇帝，也就是永樂帝。這個成祖永樂帝以軍人的面相看來，確實是一個十分優秀的人，如果沒有因他登上帝位而被排除的話，他在名將百人之中應該也是數一數二的人才是。
這時，在建文帝的側近之中捉到了一個叫做方孝儒的人。這個人乃是之前洪武帝因看重他的學問，所以才任他為孫子建文帝的老師，當時是被譽為儒學大家的人。他為了建文帝提了許多的進策，最後讓建文帝不得不和燕王決一死戰的，也就是這個人。
因此，當永樂帝抓到方孝儒時，曾說過如果方孝儒願意出仕於他的話，就原諒他的罪過的話，然而方孝儒卻死都不答應。不只這樣，當永樂帝要他寫自己登基的詔書，而把紙筆拿給他時，方孝儒則大筆一揮，寫下了「燕賊篡位」的四