蔣介石對盧漢歷來不太放心，一方面他需要利用盧漢，替他賣命，穩住雲南；另一方面他又隨時提防盧漢，對盧行監視、羈縻。到解放軍挺進華南、蔣家王朝已崩潰的時候，他更疑心盧漢了。為了堵死盧漢投向人民的一條路，陷盧漢於不仁不義，好牽著盧漢的鼻子乖乖地跟著他走，他巧施伎倆，布下陷阱，誘使盧漢誤投上當。
9月，蔣介石由台灣飛到重慶，連日急電，邀請盧漢赴渝，商談軍機大事。盧漢顧慮重重，陡生疑竇，生怕去了被扣押，稱病推宕，執意拖延。蔣介石則抓住不放，越催越急，不僅電催，而且派親信到昆明坐鎮督促，真讓盧漢及其謀士、助手們心焦。無奈，盧漢委派省府秘書長朱景喧和省府委員楊文清，代表他前去向蔣彙報雲南情況及陳述他不能去的理由。哪知蔣介石是非要盧去不可，說事關國家安危，務必要盧前去商討，並詭稱他對盧漢是如何如何的器重，大肆稱讚盧漢。這更使盧漢增加幾分疑慮。幾天來，他廢寢忘食，心力交瘁，冥思苦索，仍無妙方。盧漢尋思，蔣介石是個反臉無情的人，向來不擇手段，若遵命前往，危險性大，拒絕不去吧，勢必立刻與蔣破裂，而一旦如此，自己起義的準備尚不充分，以弱敵強，亦難免一敗。真叫盧漢焦慮不安。他請宋謀士和助手安恩溥、楊文清、馬瑛、龍澤匯等人，徹夜商量對策，商量來商量去，總想不出一個萬全之策。
而此時，蔣介石卻按自己的部署行事，他下令嫡系部隊向昆明方向移動，造成重兵壓境之勢，迫使盧漢就範。26軍由開遠向昆明移動，第8軍由四川瀘州開往雲南，前鋒巳到達貴州、雲南交界的威寧；89軍由貴陽向雲南進軍，先頭部隊已達貴州盤縣，再前移一步就進入雲南了。盧漢及其助手們急如星火，無計可施。恰在此時，國民黨政府的西南軍政長官、深得盧漢信任的張群多次打來長途電話，敦促盧漢赴渝，個人安全由他擔保，准無問題，要盧漢打消顧慮，放心前去。情詞十分懇切。這才使盧漢如吊桶打水七上八下幾乎升到嗓門的心稍稍放下一點。
9月5日，為形勢所迫，盧漢飛往重慶。說他此行是「捨身救鄉，為了三迤父老兄弟，雖粉身碎骨，萬死不辭」。話雖如此，但為了防備萬一，他行前還是做了周密安排。他交待助手們，說此行吉凶難卜，萬一他被扣押，大家就打電報要求放人，要求無效，就舉起紅旗，通電起義。他把政務工作交給安恩溥負責，軍事工作由龍澤匯擔當，並告誡大家，凡重大事情要齊心合力商量處理。臨行前約定，聯絡暗號，就是他每日回電一次，電尾落款署名盧漢，說明安全無事；若署名永衡(盧漢的字型大小)，就是被扣押了。
盧漢走後，地方部隊官兵取消休假，不得外出；高級軍政人員集中到五華山省府大樓辦公；昆明市每晚實行宵禁。可見，形勢確實是夠緊張的，盧漢及其助手們的確作了最壞打算，以防不測。然而，一切出乎意外，每日重慶來電均署名盧漢，只過了兩天，到7日，盧漢竟安全回到昆明。
盧漢這次重慶之行往返不過三日，何以如此迅速和順利？一切出乎人們的意料。其實一點也不奇怪，完全是決定於當時的形勢。蔣家王朝在大陸的失敗已無可挽回，雖尚存胡宗南、白崇禧等數十萬殘兵敗將，在人民解放軍百萬雄師勢如破竹的進軍面前，這點點蔣軍殘部已是秋後螞蚱，蹦不了幾天了。在蔣介石看來，盧漢在雲南已經坐大，要把他搞掉，目前不僅無合適人選替代，而且一定會導致自己分崩離析的王朝更加不可收拾，不如設下陷阱，把盧漢推下去，斷了他投向共產黨的路；而盧漢呢？已思索多日，作了最壞打算，思想上已作好被扣押的準備，真所謂有備無患。故此，走時帶去許多行李，銀兩，裝作不打算再回來的樣子，這—切蔣氏耳目自然預先密報總裁蔣光頭了。
所以，當盧漢—見蔣介石就提出辭職請求時，蔣不但不許，而且裝出倍加關心，信任，愛護部屬的樣子，以隆重禮儀接待盧漢，要盧打消辭意，說雲南非盧莫屬，他蔣中正還要仰仗盧漢來治理雲南，並委盧漢兼任雲南綏靖主任，把所有雲南的黨政軍特全權交盧漢處理。這時盧漢真有點受寵若驚，摸不著這位引退了八九個月的蔣總統葫蘆里裝的倒底是什麼葯，只好接受蔣的意見，收回辭呈，向蔣表示忠心，同時也數落了一番雲南的困難。蔣對盧的要求，如擴編地方武裝、撥給裝備，軍費等等，均一一滿足。這一下盧漢還真有點暗自高興、喜出望外的樣子，多日來的煩惱憂慮一掃而光。
蔣介石眼見盧漢上鉤，自然也很開心，同時需趁熱打鐵，以免夜長夢多，錯過良機。這樣，蔣介石就在盧漢消除對自己的懷疑和想得正開心的時候，突然向盧布置在雲南進行緊急整肅的任務，並把一份事先擬好的準備捕殺的進步人士名單交給盧漢執行。這對盧漢頭腦里的盤算無疑是當頭一棒，剛剛有點快樂舒心的盧漢，立刻又陷入無限憂慮之中。因此，7日盧漢回到昆明，他走出機艙，上了汽車，步履維艱，心情沉重，哭喪著個臉，悶悶不樂地回到住所。
稍事休息，盧漢找來龍澤匯，告訴他蔣介石下令在昆明整肅，很快要實行大逮捕。盧說，抓著民主人士還好辦些，要是抓著共產黨員就難辦了。他叫龍澤匯設法通知有可能是共產黨員的楊青田、唐用九、馬曜和其他—些著名的民主人土，讓他們立刻轉移躲避。龍澤匯將省參議員、南屏劇院經理劉淑清請到盧公館，請她儘快通知到人，馬上轉移。因她交際較廣，而在敵人看來她的政治面貌大概屬於灰色人物，特務們對她不太注意，因此托她通知較為方便。
9月9日，整肅開始，大規模地進行搜捕。下午4點多鐘，特務頭子徐遠舉、沈醉等率領大小特務數十人前去逮捕著名的民主人士楊傑將軍。特務們撲了個空，楊傑事先得到通知，巳在上午飛往香港去了(後特務追到香港將其暗殺)。「九九整肅」，反動派—共捕了400多人，其中準備判處槍決的就多達兩百餘人。大特務頭子毛人鳳(國防部保密局局長)拿著這200多人的名單要求盧漢批准執行。盧漢以殺人太多，證據不足，難以服眾為由，拒絕殺人。盧漢說，如果這樣草率處置，我這個省主席就當不下去了，那還怎麼為總統分憂呢？如此重大問題，應該慎重一些才好。毛人鳳無言以對，只得快快而回。
蔣介石的陰謀是借刀殺人，嫁禍盧漢，使盧漢不能見諒於共產黨和人民，從而堵死盧漢所選擇的和平起義之路，其用心非常險惡。而盧漢呢，想方設法敷衍蔣介石，決不上當，所以，他採取盡量拖延的辦法，無論如何也不能再開罪於人民。他派軍法處長楊振興會同沈醉對被捕人員進行逐個會審，故意拖延，並且指示楊振興能釋放的就盡量釋放，只留下特務們認為「罪大」的那部份，同時不準虐待。直拖到11月，適逢「代總統」李宗仁路過昆明，盧漢利用蔣李矛盾，抓住時機，向李宗仁訴說「九九整肅」在押人員，有的是社會賢達，有的是普通職工和學生，都是無辜，請李代總統寬釋，以安人心。李宗仁眼見蔣家王朝巳亡，再掙扎也無用了，不如做個順水人情，結盧漢多留點顏面，慨然批准盧漢所請。盧漢立刻下令所有整肅被捕人員，即日一律釋放。楊振興沒有體會盧漢心急火燎的心情，還一個個慢慢來。盧漢把他叫來痛加訓斥說，怎麼這樣笨，過去拖是應付，現有尚方寶劍，還不給我通通立刻放掉！
一場刀光劍影的軒然大波，總算結束了。
1949年的隆冬時節，中國大陸只有西南的部份地區還有待解放，偉大的中華人民共和國已經早已誕生，全國一遍歡騰，準備迎接新中國建立後的第一個春天的來臨。在雲南城鄉，革命氣氛異常活躍。城市裡，「打倒國民黨」、「迎接解放軍」、「共產黨萬歲」等標語口號隨時出現於大街小巷，張貼在鬧市牆壁之上，今日被敵特撕掉舊的，明天新的再次貼上，在農村，「桃花開，李花開，桃李百花開喲！迎接解放大軍進村寨」的歌聲，在三十多萬平方公里的大地上空回蕩。在這種形勢下，盧漢政府傾聽人民呼聲，停止徵兵征糧，禁止國民黨特務活動，拒絕國民黨國防部和西南長官公署等單位移駐昆明；同時經過多方努力，終於就近在昆明得到了中共地下黨組織的指導，商定了和平起義事宜。
盧漢除派代表同中共雲南地下黨組織保持聯繫外，12月3日，又派出周體仁和林毓棠(財政廳長)前往香港和廣州，向中共華南局和葉劍英彙報起義準備情況，請示起義事宜。6日，華南局指示說，國民黨軍事指揮機關妄圖遷入雲南，請盧漢必須把握好時局，相機行事，不可被動。林毓棠邀請在港的龔自知共同起草了昆明起義通電初稿，於7日返回昆明向盧漢詳細彙報了香港之行。與此同時，華南局送周體仁到廣州向葉劍英彙報。葉告訴周，陳賡、宋任窮兩將軍在廣西作戰，很快即率部進雲南，望周赴南寧與陳、宋相會。周立刻電告戶漢，說「囑事巳妥」。盧漢得電，十分寬慰，信心更足，複電周讓他代表自己前往南寧歡迎陳、宋兩將軍早日蒞昆，並接受兩將軍指示。起義準備，大體就緒。