不料，一波方平，一波又起。
25日傍晚，林遵召開會議介紹與三十五軍領導同志會見的情況，傳達毛主席的指示和「三野」黨委的決定。正當他和艦長、隊長們研究人員上岸居住，艦艇偽裝疏散的方案時，突然，「惠安」副長走進司令室。
「報告司令！」副長緊張、膽怯地說：「艦上有很多士兵家眷留在上海，要求把艦開下去。」
吳建安聽了十分惱火，急忙站起來，說：「我去跟他們說理去！」
林遵感到問題嚴重，馬上宣布休會，叮囑大家火速回艦，掌握艦上情況。可是這些艦長剛出司令室就被一幫要求下駛的士兵押進會議室關起來。
林遵打開右舷的門，走出司令室，只見「惠安」和旁靠著它的「永綏」都站好了炮位，主機在轟轟地響著。
林遵問站在身旁的戴熙愉：「你看怎麼辦？」
「要是軍艦被他們開走，我們到了上海都要人頭落地！」戴肯定地說：「司令德高望重，『惠安』的絕大多數官兵是服從你的。現在得請你親自出面講話了。」
林遵說：「我們分頭下去，查一下原因，跟他們講講道理。」
林遵回到司令室，正要從通梯口的房門走出，一個上士和帆纜兵端著槍氣勢洶洶地衝上梯口，把林遵堵在室內，後面六七個持槍的士兵也沖了上來。
「為什麼不把艦開下去？」那個帆纜兵劈頭就問：「你們打的是什麼主意？」
林遵同志沉著而又嚴峻地說：「你們知道是跟誰說話嗎？有話可以慢慢地講嘛。好吧！你們都進來，坐下來聽我講不下去的道理。」
林遵說：「我林某率部起義不是為了個人，而是為了整個艦隊，為了國家。我們已把軍艦交給了解放軍。你們願留則留，願回家的可以回家。我不強迫你們留下，你們也不應該強求我開船。」幾個水兵聽罷都沉默下來，只有個別人還在蠻橫地嚷著，強迫林遵開船。
林遵壓住心頭火說：「船是不能開，你有理就講吧。」
「我們當兵的沒有權命令司令開船。」有的氣急敗壞地說：「可是，我們的家都在上海，誰不想父母妻女呢？再說，司令的家也在福州，還是下去的好。」
林遵一再表示不能下令開船，並反覆向他們解釋共產黨對國民黨起義部隊的政策。最後說：「上海、福州很快就要被解放，跟國民黨跑只有死路一條。你們知道嗎？逃下去的七艘軍艦中，『興安』在江陰江面被炮火擊中受了重傷。『永績』艦由於驚慌失措也在江陰附近擱了淺。兩艘軍艦和所有艦員都成了俘虜。下去凶多吉少，我說過了：林某率部起義不是為了個人，而是為了整個艦隊，為了你們的身家性命著想的。你們為什麼還執迷不悟？！」
林遵的一席話，把大家說得啞口無言。在威嚴而又慈祥的海軍少將面前，誰也不敢輕舉妄動。
再說，吳建安艦長怒氣沖沖地走出司令室，剛奔下梯口，就被一群艦員困在士兵艙內。一個班長端著槍逼他開船。不管吳建安怎樣對他解釋都不聽。吳建安再也按捺不住心中的怒火了，他迅速地掏出掛在腰上的左輪手槍對著自己，他高聲地嚷道：「你們如果逼我太甚，不用你們打死我，我寧願自己打死自己，也決不下達開船的命令！」吳艦長平時和艦員的關係較好，士兵們看到這種情況也就不敢再逼了。
幾個要求開船的艦員看到脅迫艦長開船已經無望，就去找一向被人們認為是膽小怕事的引水員胡心長，逼迫他領航下駛。他們沒料想這位愛國的老引水員，這時卻顯得十分堅強。他反覆聲稱：「沒有林司令的命令，打死我，也不給你們開船！」
為什麼發生這麼一件事？因為大部分艦員上岸居住，艦艇偽裝疏散的消息過早地泄露出去，被個別別有用心的人所利用。他們趁機製造謠言，煽動艦員起鬨，脅迫艦長開船。他們說：「我們住在艦上，有槍有炮，說留就留，說走就走。上岸當俘虜，共產黨叫我們拿兩個手榴彈去打衝鋒，想逃也逃不了。」原因弄清後：有些軍官就憑自己的認識，向大家解釋：解放軍已接受我們的起義，我們不是俘虜；人員離艦是為了防空，是共產黨、毛主席對我們的關懷，不是解除我們的武裝，更不會叫我們去打衝鋒。毛澤東主席說過：「我們要的是建設海軍的人才。」
人越來越多，紛紛提出許多問題。
就在軍官們回答問題的時候，有人提出分發艦上的「應變費」的要求。所謂「應變費」是國民黨海軍總司令部撤逃時，特派一名軍需官送來的一筆經費，是一箱箱用木箱裝著的銀元，作為後勤補給機構撤退後，供各艦伙食給養經費開支的預備金。林遵聽說要分「應變費」，欣然表示同意，命令艦上立即發「應變費」。這一場經歷約一個多小時的風波，來勢兇猛，但在林遵、吳建安和引水員胡心長的凜然正氣的感召下，沒有掀起惡浪；發「應變費」更使那一夥鬧事的士兵一鬨而散，最終結束了這場可能導致流血的事件。
那幾位被關進會議室的艦長們也受到一場虛驚，會議室的門被反扣了，電燈被熄滅了，黑暗更增添了緊張和恐懼的氣氛。「楚同」艦中校艦長李寶英，抓住坐在邊上的陳務篤的手，小聲地問：
「老陳，怎麼辦？」
「不要緊，林司令、吳艦長都在外面。」陳務篤安慰他。
「會不會把我們劫持到上海去？」李問。
「不會的。鬧事的只是部分士兵，沒有看到軍官。沒有艦長、副長、航海官，船能開走嗎？」陳答。他在安慰李寶英，也在安慰自己和其他艦長。
有人也安慰說：「不要緊，吳建安有能力控制局勢。」還有的說：「別怕，林司令會扭轉局勢。」他們把希望完全寄托在林、吳兩人身上。但都把手槍捏在手裡，並上了子彈，作好自衛的準備。直到事件結束，他們才回艦。
如何處理這些鬧事的人？人們又議論開了。有的說：「責成『惠安』艦立即查出肇事者和幕後指揮人，送三十五軍請解放軍嚴辦，以儆效尤。」
「『殺一儆百』！」林遵不以為然地說：「這是糊塗思想！現在都什麼年代了，還要翻這本舊黃曆。我們看不慣蔣介石、桂永清那種動不動就抓人殺人的做法，現在解放了，為什麼還要隨意抓人？」
「事情出在他們身上，而責任在我們身上。」林遵進一步嚴峻地說：「起義已經兩天多了，我們始終沒有給他們講清道理，他們不明真相，他們為自己的前途，為自己的父母妻孥設想，都是合情合理。雖然採取了動刀動槍的手段是錯誤的，但是最後他們畢竟是聽從了我們的勸告。」
「對這件事，我認為，」林遵繼續講：「第一，暫時不要對張部長講，以免驚動三十五軍和麻煩他們。他們不了解我們的情況，處理這個事件肯定有困難；第二，『惠安』的事交吳建安去處理，我要跟艦長們講：當長官的要寬宏大量。」
林遵和吳建安一起商量，不管認識覺悟的早晚，所有留下的「二艦隊」人員都是起義人員。
國民黨海軍司令桂永清對「二艦隊」艦艇遲遲沒有下駛的行動極為重視。而林遵為了迷惑桂永清故意布了很多迷陣，其中包括經請示「三野」同意各艦與「海總部」繼續保持電台聯絡和暫不發布「二艦隊」起義消息等措施。
23日午夜，桂永清給林遵來一電報，仍尊敬地稱他的別名「尊之兄」，報文說：「只要你能把艦帶到上海，任何事情都有商量的餘地。」26日「海總部」分別給林遵及各艦艦長來電，命令各艦「即向上海集中」，「否則派機轟炸。」
與此同時，桂永清還動員一些機關人員，以同學、同鄉的名義，給個別艦長來電。郭秉衡一人就分別收到了「海總部」訓練處長王恩華和作戰處長段一鳴的電報，內容相同：萬望吾兄速率艦下駛，勿做海軍千古罪人。對桂永清一夥的命令和勸說，林遵及各艦艦長都以「機器損壞，正在修理」等種種困難為借口，進行搪塞、周旋，致使桂永清歷時三晝夜之久才判明「二艦隊」沒有按其命令及時下駛的真正原因。
桂永清判明「二艦隊」確已起義之後，立即採取了武力威脅的措施。26日9點多鐘，三架國民黨轟炸機到艦隊錨地上空盤旋。各艦都發出戰鬥警報，炮彈上膛，瞄準跟蹤，嚴陣以待，由於飛機飛得太高，沒有開火。敵機也沒有投彈，轉了兩圈就向下游逸去。當日下午，桂永清又給林遵發來電報：限你們在26日子夜通過江陰下駛。屆時有空軍在江陰掩護，幸勿延誤。林遵看完電報，知道這是桂永清的「最後通牒」，隨後必將實施轟炸了。他立即和各艦艦長商量，擬定於27日駛進南京港，人員登岸，艦艇疏散；並派戴熙愉到三十五軍聯繫，具體研究各艦疏散方案。
4月27日對「二艦隊」官兵來說，是一個不平凡的日子。各艦一清早就開始大清潔。七時正，莊嚴的紅旗升上了各艦的主桅。接著各艦起錨，在「惠安」艦的率領下，二十五艘艦艇列成縱隊，浩浩蕩蕩駛到下關，各自靠上指定的碼頭