衛立煌和蔣介石之間，素有芥蒂。
衛立煌從到東北第一天起，就和蔣介石有矛盾。
衛立煌坐鎮瀋陽，主政東北，首先是抓兵權。他積極網羅舊屬，收攬人心，補充兵員裝備，加緊整訓部隊。
衛立煌保薦和他關係最深、思想最接近的老部下原十四軍軍長陳鐵擔任「東北剿總」副總司令，又保薦原十四軍的老部屬彭傑如擔任「東北剿總」副參謀長兼第一兵團副司令，想讓陳、彭各拉一個兵團；還把夫人韓權華的侄女婿汪德昭從法國找回來任他的副秘書長兼辦公廳主任。
陳鐵問衛立煌：「今天東北的形勢像下圍棋，長春已經是一片死棋，錦州有葫蘆島這個眼，但不可靠；瀋陽是主力所在，為什麼不在營口做個眼呢？」
衛立煌說：「等到瀋陽周圍的據點都搞光了就好辦了。」又說：「現在最苦的就是沒有自己可靠的軍隊，本來以為張學良的舊部周福成和南京來的那些人有些不同，把他調進瀋陽，周福成現在已經被陳誠拉去了。你看能不能把十四軍調來？」
陳鐵說：「十四軍已離開我幾年了，自從改為整編師以後，早就被陳誠、胡宗南瓜分了。」
衛立煌說：「你趕快去找兩個人來當軍長，由你另外新成立一個兵團，事情就好辦了。現在我連剿總里的警衛團都控制不了，動一動都有危險。」
衛立煌認為與已有舊關係的，來者不拒，都予以安插，並極力拉擾一些曾有過舊關係的現職將領，如保舉沈向奎為新八軍軍長，對第四十九軍軍長鄭庭笈另眼相看，予以各方面的便利。衛與各將領談話，總離不了這一句：「大家都是老朋友，我們共同努力！」
衛立煌對陳、彭說：「我不願當一個光桿司令，必須把各軍各師直接抓起來，不然將不用命，各懷異志，事情就難辦了。希望你們二位代我多在這方面下點功夫！」「我在東北，只要有了實力，一切都有辦法。真到萬不得已時，我們難道不是一樣的可以打游擊？何況我們打游擊比共軍在江西時的條件要好到千萬倍呢！」
衛立煌注意團結地方耆老，希望得到東北地方勢力的支持。衛立煌把張作相、萬福麟、馬占山、蘇炳文、鄒作華等人尊為上賓，經常宴請，徵詢他們的意見。還讓汪德昭出席馬占山全羊席招待會。實際上這些上層人物沒有群眾基礎，也起不了什麼作用。
衛立煌處理各方面人事關係，一變陳誠排除異己的作風和剛愎自用、目中無人的驕橫態度，注意利用。杜聿明和陳誠在東北的原班底，他都一律留用。如對參謀長趙家驤，一直寄以很大信任，使其樂於為其效命。
衛立煌很注意和各個重要將領的聯絡工作。讓汪德昭憑著留法同學的關係，去聯繫廖耀湘。廖耀湘是黃埔軍校六期畢業的，還到法國著名的聖西爾軍官學校鍍過金，學過一些使用新式武器的戰略戰術，經過遠征軍和接收東北作戰，聲名大振，成為在瀋陽的一個實權派人物。東北國民黨軍隊中最精銳的兵力抓在廖耀湘手中，裝甲車在廖耀湘控制下，有舉足輕重之勢。汪德昭奉衛立煌之命去聯絡，白費了不少力氣。廖耀湘對蔣介石非常忠心，不但在大庭廣眾之間聞說「委員長」或「總統」就立正，就是兩個人在一起隨便閑談，一聽到「委員長」或「總統」，也從沙發中猛然肅然起立，皮鞋跟咔嚓碰在一起，來一個立正。汪德昭看見這樣死心塌地緊跟蔣介石的人是無法聯絡的，於是作罷。
廖耀湘卻接近陳鐵，一來陳鐵是黃埔同學老前輩，二來陳鐵是衛總司令最接近的副總司令，自己的上司。廖耀湘常常請陳鐵吃飯，當然有自己的目的。
廖耀湘說：「我雖然指揮不少軍隊，但是自己的基本隊伍第九兵團，只有兩個軍。至少要有三個軍才好指揮。你向衛總司令說說，再給我一個軍怎樣？」
陳鐵把廖耀湘的話報告衛立煌，衛不答應。
陳鐵說：「將來和廖耀湘共事的地方很多，如果你不給他一點好處，將來許多事情不好辦。『將欲取之，必先與之』這句古話你忘記了嗎？」
衛立煌平時相信陳鐵，只好打報告到南京，給廖耀湘兵團增加一個軍。蔣介石當然立刻批准。
東北國民黨軍由於連吃敗仗，各部隊戰鬥及非戰鬥減員很多，對實力影響很大。衛立煌指示各部隊就近在駐地附近設法補充齊全。駐瀋陽及錦州部隊曾在當地抓捕大批青壯年當兵。
衛立煌特別重視各部隊的訓練。衛立煌經常對左右講：「共軍每次戰鬥，射擊準確，給我軍造成很大的傷亡。聽說他們很注重射擊教育及手榴彈投擲。我們老一套的訓練方法不改，就不能適應實戰的需要。」衛立煌帶兵多年，有實戰經驗，著重在戰鬥演習和射擊教育方面的訓練，規定各軍師間互相觀摩、取長補短，還不斷親自到各軍視察，參觀各種實戰演習，主持瀋陽各軍師射擊比賽。
衛立煌到瀋陽後，即令工兵指揮官李賢負責構築和加固瀋陽、錦州等地城防工事，一律建成現代化鋼筋水泥的工事，並規定陣地外圍要挖2米寬、2米深的外壕，加設鐵絲網。但由於缺乏鋼筋、鋼板、水泥等材料，加之從衛立煌以下，所有人都要從中撈一把。所以，工程進展很慢，而且按原計畫打了很大的折扣，只是在要點構築了一些獨立的水泥碉堡。衛立煌視察時卻感到很滿意。對部下說：「在江西和共軍作戰的時候，哪裡有這樣堅固的水泥工事呢？那時都能打勝仗，現在有這樣好的工事，更沒有問題了。」
糧食對衛立煌固守瀋陽是一個生命攸關的問題。東北國民黨軍補給困難，全靠空運。蔣介石指示：「各部隊主食應盡量就地徵購，並極力擴大佔領區，搶購糧食，以減輕空運的負擔。」當時瀋陽附近各縣遭到嚴重的蟲災，收成不好。重價購糧，毫無效果。衛決定各部隊自行徵購，並規定十分之二的提獎辦法。實則災年糧食欠收，民食尚感困難。各部隊向民間強迫收購，後來發展到搶奪，不顧人民死活，造成雞犬不寧，人民大批向外逃難。衛立煌不得不向關內乞援。由於局勢緊張，每天幾架運輸機擔任龐大部隊的補給，杯水車薪，還要兼顧長春方面給養的轉運。
衛立煌認為，「瀋陽非長期固守不可！美國人是堅決反蘇反共的，瀋陽系東北重鎮，有戰略價值，決不會坐視不理。現在東北問題，蘇、美等國利益之所在，勢在必爭。第三次世界大戰大有一觸即發之勢。只要我們保存實力，佔據地盤，事情即有可為。」衛立煌認為可以長期固守瀋陽的理由是：
第一，各部隊將領一致贊同衛的主張，均認為瀋陽系東北戰略要地，大家有固守的決心。
第二，國民黨軍有足夠的守備力量，可以憑藉堅固工事，採取縱深配備，以逸待勞，穩紮穩打，有把握守住瀋陽。
第三，共軍前來攻堅，死傷必大，容易挫傷士氣。孫子兵法雲，「攻堅則瑕者堅」。四平街圍攻戰，共軍吃過大虧，即其一例。
衛很有感慨地說：「陳辭修在東北的失敗，系指揮失策，卻把責任推到各將領不服從命令上，這樣固然不對，但是，軍心團結，將士用命，我們指揮官應該特別注意！」
衛立煌堅持固守瀋陽，可是蔣介石一直主張，瀋陽主力出遼西向錦州撤退。衛立煌堅決反對。衛憤憤不平地說：「委員長要我們放棄瀋陽，是有他的目的的。首先他從接收東北之時起，曾把所有的精銳部隊都調到了東北，現在弄成這個局勢，他為了鞏固自己的地位，保存半壁江山，又企圖逐步把部隊從東北抽走，才放棄東北，以保衛南京；其次，委員長曾透露過，他已經同美國顧問團商量好，只要保全錦州，美國就可以大量援助，一切就有辦法；第三，委員長的一貫作風就是諉過於人，他顧慮到國際影響和國內政治壓力，更為顧全他個人的尊嚴，總是希望別人代他背過。」衛立煌也有自己的顧慮，說：「主力一撤，長春、瀋陽都會一齊陷落，我個人的聲譽影響事小，丟失東北的責任哪個來負呢？」
衛立煌接受陳誠失敗的教訓，「要以不變應萬變」，不輕舉妄動，以免上共軍的圈套；他對共軍的力量有較高的估計，不像蔣介石那樣單純從主觀願望出發，估計過低。在與解放軍作戰上，衛立煌採取一種穩重態度，不管解放軍打到什麼地方，如解放新立屯、盤山、遼陽、法庫、鞍山等城市，守軍部隊長如何告急，蔣介石再三電令他派兵解各地守軍的圍，他總是把主力集中在瀋陽附近不動。並說：「共軍的目的和戰術是圍城打援，我們不能上共軍的圈套」，「瀋陽只有一套本錢，合則能守能攻，分則攻守兩不成。」
蔣介石關心的是在東北的幾十萬美式裝備的國民黨軍隊，這是他的一筆重要本錢，必須保住。他一再嚴令衛留第五十三軍及第二○七師守瀋陽，將主力從瀋陽撤至錦州。為此，急派國防部第三廳廳長羅澤閹及副廳長李樹正去東北與衛協商。
衛立煌說：「這樣不行。我們都知道共產黨慣用的方法，總是『圍城打援』，我們已經上當多次了。如果我們的主力由瀋陽遠出錦州，正好循著共軍遼