與此同時，東北野戰軍正按計畫進行著緊張的攻城準備，制定方案，調整部署。10月7日，林、羅、劉召集第二、三縱隊和炮兵縱隊的首長，來到錦州城北5公里的帽山，冒著國民黨軍飛機和炮火的干擾，察看了地形，現地明確了攻擊目標和攻擊點，要求集中優勢兵力、兵器從城北作重點突破，力求迅速打開突破口，以重兵向縱深發展，擴大戰果，乘守軍潰敗混亂，分割圍殲。
同一天，又向攻錦各部隊發出電示：「我軍決先殲東半城敵人。七、九兩縱應準備先殲滅中興大街以東之東關區(今龍江里、安樂里、菊花里一帶)、協和區(今國和里、市場里、安和里一帶)、正陽區(今吉慶里、白日里、錦鐵里一帶)、紫明區(今榴花里、花園裡、蘭花里、五里營子里一帶)的敵人，我二、三縱隊應先殲滅大嶺區(今達子營、五姓屯、白老戶屯一帶)、向陽區(今文政里、正大里、勞保里、新制里、康寧里)的敵人。
八縱應依照地形條件或首先協同殲滅紫明區之敵，或首先協同殲滅向陽區之敵，由該縱自定。各部準備以團為單位打一條街。方針上須首先殲滅較弱的敵人和較易奪取的地方，我主力不要首先攻擊堅固難奪取的建築物，而要先吃軟的，後敲硬的。對強固的建築物，並不在兵多，而在靠準備充分和火力掩護奪取之；但對妨礙我主力展開和運動的高地和建築物，則必須堅決奪取之。二、三兩縱分界線，由三縱首長規定，七、九縱隊分界線由七縱首長規定，各縱在自己作戰地區內仍須進行有重點的攻擊。」
10月7日，林彪聽了作戰處長蘇靜關於攻打義縣的詳細情況彙報，特別是對部隊攻城前挖壕接敵的經驗很重視，立即電示攻錦各縱隊、各師：「此次錦州戰役各部需要充分發揮義縣戰鬥中挖交通溝的經驗，各部須嚴守以下原則：
(一)每個師須以6個營的兵力(2/3的兵力)，全力用於挖交通溝，只留下擔任尖刀的部隊則在後面進行充分的突擊準備的軍政工作，絕不可只依少數部隊挖交通溝。
(二)挖交通溝時要有不怕傷亡、不怕疲勞的精神，大膽進至距敵五六十米處，沿途展開由前向後挖，或前後同時挖。
(三)每個師要挖5條或3條交通溝。
(四)每條溝須高寬各1．5米。
(五)挖溝部隊可於夜間接近敵人挖，白天撤回休息，以少數部隊控制交通溝。
(六)挖時先須以卧倒姿勢挖卧溝，然後逐漸挖成站溝。
(七)以上指示必須堅決執行，不可懶散、怕疲勞不執行。今後我東北全軍的基本任務是攻大城市，故各部須在此挖溝中在思想上與作風上打下堅固基礎，則今後作戰就增加了重大的必勝因素，只要我肯挖交通溝，則不管敵火力如何激烈，工事如何堅固，都將使其大大喪失作用。
(八)各部應立即開始向著自己的攻擊目標和地區挖交通溝，此次戰役結束後須將挖交通溝作一總結檢討報告。」
10月9日，林彪、劉亞樓來到帽山東南的155高地，單獨向三縱隊司令員韓先楚進一步明確了任務，又到二縱隊了解對作戰意圖的理解情況，仔細察看了地形。將攻取錦州的最後決心，以林、羅、劉首長的名義向中央作了報告，決心以5個縱隊(二、三、七、八、九縱隊)加炮兵縱隊攻城，以1個縱隊為總預備隊。具體部署是：以二、三縱隊、六縱隊十七師與炮兵縱隊主力擔任主攻，由城北及西北向南攻擊；以七、九縱隊及炮兵縱隊一部，由南向北攻擊；以八縱隊由東向西攻擊。第一步殲滅城東半部之守軍，第二步殲滅城西半部及飛機場之守軍，一縱隊為總預備隊。這個報告得到中央的同意，9日，電示：「部署甚好，望堅決執行之」。
10月12日，第二縱隊司令員劉震、政治委員吳法憲下達命令，對本部攻打錦州作了具體部署：縱隊的攻擊目標為白雲公園(今兒童公園東側)。
(一)四、六師在13日10時30分繼續肅清團管區、師管區及周圍據點。
(二)五師配屬炮縱炮兵第一團十榴(美105毫米榴炮)、野炮(日三八、九○式)各1個營、縱隊炮兵團及坦克大部，擔任攻城突破任務，並於13日17時進入團管區接替十六團、十二團陣地，構築攻城工事，務於14日上午7時前，完成攻城一切準備工作。
(三)四師為二梯隊，配屬坦克一部，十團突破時歸五師指揮，突入城內後歸還建制，擔任四師的一梯隊。
(四)六師為三梯隊，以1個團控制十七團原陣地，對付國民黨軍暫十八師可能的出擊，保障縱隊右翼安全，該團以兩個營控制小齊屯及以東300高地和觀音洞陣地，另以1個營進佔羅檯子、高家屯一線，構築陣地向飛機場警戒。
(五)攻城突破後，縱深戰鬥炮兵配屬如下：縱隊炮兵團第一營及炮縱迫擊炮團八二迫擊炮營配屬四師，縱隊炮兵團第二營及化學迫擊炮連配屬六師，炮縱第一團野炮營及縱隊炮兵團重迫擊炮營(欠1個連)配屬五師，所配屬之炮兵歸各師首長指揮；突破後炮縱第一團十榴炮營留原陣地，待令加入縱深戰鬥。
(六)縱深指揮所第一步在二郎洞，第二步在團管區，第三步另通知。縱隊後方醫院在麻地。
10月11日，第三縱隊司令員韓先楚、政治委員羅舜初、副司令員沙克、副參謀長何振亞下達了作戰命令：根據東總的作戰部署，二縱隊、三縱隊、六縱隊十七師及炮兵縱隊一部首先突破大嶺區、向陽區，並繼續攻擊錦州車站及其以南地區，與七、九縱隊會師，而後向東西兩面發展，先殲滅錦州西部守軍，而後繼續擴張，配合七、九縱隊全殲錦州守軍，於10月14日9時發起總攻(註：後總攻時間改為11時)。
各兵團攻擊部署：
(一)第二縱隊配屬炮縱十榴炮、野炮、迫擊炮各1個營、戰車1個連，在錦州城西北由師管區(今二○五醫院)附近實行突破，成功以後以1個團向遼西行署(今鐵北糧庫院內)發展，配合三縱隊之七師圍殲守軍，二縱隊主力向錦華區(今錦華街附近地區)、北關區(今北門口北鐵路以南地區)之間發展，與三、七、九縱隊會師後西轉，以達全殲該區守軍。
(二)第三縱隊及十七師在錦州城正北(大嶺區東半部)，從省公署附近突破，成功後以一部攻取遼西行署，三縱隊主力及十七師向錦州市場(火車站西南)發展，與二、七、九縱隊會師後向東發展，以求全殲該區之守軍。
(三)第三縱隊及十七師部署如下：第七師配屬炮縱第一團三營(野炮營)5個連、迫擊炮團1個營、戰車1個連、九師1個山炮連。
於10月12日8時，開始攻打配水池及附近之地堡群，成功後速作突破錦州城準備，於14日9時，與八師並肩(在八師右側)由省公署方向實施突破，而後向指定地區發展。第八師配屬炮縱迫擊炮團一個營及縱隊炮團兩個營，於10月12日，開始攻打「大疙瘩」高地以及西南之地堡群，成功後速作突破錦城之準備，於14日9時，與七師並肩(在七師左側)由省公署東側突破，成功後以一部鞏固突破口，圍殲神社之守軍，其主力與七師並肩向指定地區發展。第九師待七、八師投入縱深作戰後，隨七、八師跟進，以一部接替七師突破口及省公署陣地，保證右側之安全，其主力向指定地區發展。第六縱隊十七師為預備隊，依情況發展，預定由車站附近向東或向南發展。
(四)縱隊配屬各師炮兵，歸各師直接指揮，其餘擔任對守軍炮戰，並以主要火力援助二、三兩縱隊主攻部隊之前進。
(五)第二、三兩縱隊作戰分界線以五姓屯、小許屯(含，今華光廠附近)、遼西行署(不含)以西歸二縱隊，以五姓屯(不含)、小許屯(不含)、遼西行署(含)以東歸三縱隊。
(六)戰鬥發起時，三縱隊指揮所，第一步在姜家溝北山，第二步進到配水池，第三步進到省公署。三縱隊收容所在康家屯。
10月13日，七縱隊司令員鄧華、政治委員吳富善命令：七、九兩縱隊作戰方針由南向北猛烈突擊，求得迅速與二、三縱隊會師，以分割守軍並逐點包圍各個殲滅，於14日7時(註：後改為11時)總攻。任務區分與兵力部署：
(一)九縱隊配屬炮縱二團4個連由牡丹街(今安樂里)、太子街(今安樂里)方向突破向北攻擊，與三縱隊會師，殲滅車站一帶之守軍。
(二)二十一師配屬炮縱二團約5個連，由小凌河方向突破，沿小凌街、女兒街向北突擊，與三縱隊會師，與右翼九縱隊友鄰部隊加強聯絡。
(三)二十師配屬縱隊炮兵3個連及十九師炮兵營(歸二十師指揮)，由大凌街突破，一部兵力向老城攻擊，主力向西北方向發展，與二縱隊會師，並與右翼二十一師加強聯絡。
(四)十九師(欠炮兵營)除一部佯攻西關，主力則控制於機動位置，為縱隊第二梯隊，以策應縱深及西關一帶之作戰。
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