即令如此，公文往返，也得半年工夫。其時局勢又已有變化，李鴻章的回任已經定局了——從張樹聲父子無意間得罪了張佩綸以後，李鴻章發覺張樹聲對北洋有「久假不歸」之勢，便利用時機，極力拉攏張佩綸，走李鴻藻的路子，搞出來一個與張樹聲各回本任的結果。但李鴻章母喪尚不滿一年，而朝鮮的內亂已經平定，不必再動用武力，就沒有「墨絰從軍」而且「奪情」的理由，好在洋務上棘手之事甚多，以需要李鴻章與各國公使折衝的借口，將李鴻章留了下來，等待適當的時機再頒回任之諭。
當李鴻章自合肥老家入京時，在上海住了好些日子，對左宗棠打算驅逐李鴻章勢力出兩江的情形，印象深刻。同時，對洋務、軍務的見解，大相徑庭，像中國與法國在越南的糾紛，李鴻章認為「彼欲難饜，我餉難支」，應該和平了解，決不可用武；而左宗棠主張支持助越拒法的「黑旗軍」劉永福，不但以軍火接濟雲貴總督岑毓英轉以援劉，而且正式致書總理衙門，認為「主戰主和，不難一言而決」，目前的情勢，「不但泰西諸邦多以法為不然，逆料其與中國不協，必致事無結束，悔不可追」，就是法國亦何嘗不顧慮，真要與中國開戰，危險甚大，不過勢成騎虎，不能不虛張聲勢，如果中國動搖，適中其計。他說他「默察時局，惟主戰於正義有合，而於時勢攸宜，即中外人情亦無不順。」
就因為他一直有這種論調，所以朝廷特派李鴻章前赴廣東督辦越南事宜，這是一個名義，實際上李鴻章並不必赴廣東，在上海、在天津，都可以跟法國公使寶海談和。但如左宗棠不斷鼓吹武力干預，到最後恐終不免要到廣東去指揮對法戰事，那一來只怕非身敗名裂不可。
當然，總署亦很持重，不會輕信左宗棠的「正義」說，只是李鴻章跟寶海的交涉，因此而愈感困難。
對法如此，對英亦常使李鴻章傷腦筋。英商的海洋電報線希望由吳淞接一條旱線到上海，左宗棠堅持不許；英商希望減輕繭捐，左宗棠亦表反對。而最使李鴻章為難的是，左宗棠倡議洋葯土煙加厘一事。
「洋葯土煙」皆指鴉片，「加厘」便是加「通行稅」。左宗棠認為鴉片流毒無窮，主張寓禁於徵，奉旨允准後，會同李鴻章與英國公使威妥瑪交涉。
威妥瑪提出洋葯進口增加稅，行銷內地在各關卡所征厘捐不增加，左宗棠也同意了，但每箱的進口稅，中國要一百五十兩，英國只願繳八十兩。相差太巨，一直沒有成議。
以後左宗棠外放，交涉由李鴻章接辦，而威妥瑪奉調回國，希望此一交涉能如英國的條件談成功，增添他回國以後的面子，李鴻章有心幫忙，卻以左宗棠的不肯妥協，以江督的地位表示反對，搞得事成僵局。
但在事業上最大的衝突是，李鴻章原主「海防」，而張佩綸有個專設「水師衙門」創辦新式海軍之議，大為李鴻章所欣賞。但左宗棠一到兩江，巡閱過海口及長江以後，改變了他原來「陸防」的主張，特意將水師出身的彭玉麟請了來，商量造新式兵艦，而且已經開始在辦了。左宗棠首創福建船政，對此道不能說他是外行，因此可以預見的是，將來創辦新式海軍，左宗棠決不容北洋單獨掌權。「海防」、「陸防」之爭，只要打倒了他的理論，便無他慮，如今左宗棠亦主張海防，那就變成彼此競爭著辦一件事，權不能獨專、事不能由心，是李鴻章最不能容忍的一件事。
因此，無論看眼前，算將來，李鴻章認為左宗棠是非拔除不可的眼中釘。
這得從翦除左宗棠的羽翼著手。李鴻章手下的謀士，都有這樣一種見解，且認為第一個目標，應該是胡雪岩。
於是上海道邵友濂，便與盛宣懷等人，秘密商定了一個打擊胡雪岩的辦法，在洋債還款這件事上，造成胡雪岩的困窘。
其時胡雪岩經手，尚未清結的借款，還有兩筆，一筆是光緒四年八月所借的商款，華洋各計，總計六百五十萬兩，洋款不借商款，其中別有衷曲。原來光緒三年，由胡雪岩經手，向滙豐銀行借款五百萬兩，借還均用實銀，條件是月息一分二厘五，期限七年，連本帶利分十四期拔還。
每期六個月，仍由浙、粵、江海、江漢四關出票，按期償還。此外有個附帶條件，即商定此項條件後，如果借方作罷，三個月內關票不到，則胡雪岩罰銀十五萬兩，滙豐如果三個月內不交銀，罰款相同。
這筆借款由於兩江總督沈葆楨的介入，一波三折，拖延甚久，其時西征軍事頗為順手，劉錦棠率軍自烏魯木齊南進，並分兵與陝西提督張曜會師吐魯番，一舉克複，回亂首腦之一的白彥虎倉皇西遁，劉錦棠亦推進至吐魯番盆地西端的托克遜，回眾投降者兩萬餘人。但回部首腦經和碩、焉耆，出鐵門關在庫爾勒地方，跟俄國軍方搭上了線，而西征軍卻因糧餉困難，無法西進，左宗棠著急得不得了。好不容易在五月里談成功了這筆洋債，至少望梅止渴，軍心先是一振，同時在上海、湖北、陝西的三處糧台，借商款應急，亦比較容易措手了。
哪知在辦手續時，起了波折，原來英商滙豐銀行貸款，照例要由總理衙門出面，致英國公使一個照會，敘明借款條件等等，由英國公使再轉行總稅務司及駐上海領事，轉知滙豐銀行照辦。
這一來，如果貸款放出去收不回，便可由英國向中國交涉，這通照會實際上是中國政府所出的保證書，所以由滙豐銀行擬好稿子，交給胡雪岩，再經左宗棠咨請總理衙門辦理，而滙豐的稿子中，說明「息銀不得過一分」，然則左宗棠的奏摺中，何以說是月息一分二厘五？為此，其中處於關鍵地位的總稅務司赫德，表示這筆借款不能成立。
這當然要查。左宗棠根據胡雪岩的答覆回奏，說滙豐的息銀，只有一分，誠然不錯，但付款辦法是以先令計算，折付銀圓，這種銀圓，一向在東南各省通用，稱之為「爛番銀」，西北向不通用，所以仍舊須藉以兩為單位的現銀。
但先令的市價，根據倫敦掛牌，早晚不同，到時候如果匯價上漲，胡雪岩便要吃賠賬，所以接洽德商泰來洋行，「包認先令」，這要承擔相當風險，泰來洋行得息二厘五，並不為多。
左宗棠表示，此案「首尾本屬一貫」，只是前次「未經聲敘明析」，又力言胡雪岩「息借洋款，實無別故。」很顯然的，這是左宗棠硬頂下來的，朝廷不能不買他的老面子，左宗棠心裡卻覺得很不是味道，從此對胡雪岩的信用，便打了一個折扣，可是卻不能不用胡雪岩。
胡雪岩當然亦想力蓋前愆，於是而有借商款的辦法，這年——光緒三年年底，左宗棠寫給胡雪岩的複信說：「今歲餉事，拮据殊常，非樞邸嚴催協餉，籌部款，大局已不可問。洋款枝節橫生，非閣下苦心孤詣，竭力維持，無從說起。現在年關滿餉，仍待洋款頭批速到，始夠支銷，除清還鄂欠外，尚須勻撥陝賑及甘屬災黎，所余洋款，除清還滬局借款外，核計敷至明年夏秋之交而止，此後又不知何以為計。尊意以為兵事可慰，餉事則殊可憂，不得不先一年預為之地，洵切實確鑿之論，弟心中所欲奉商者，閣下已代為計之，非設身處地，通盤熟籌，不能道其隻字，萬里同心，不言而喻。」
原來胡雪岩早替左宗棠算過了，年底本應發餉，陝甘兩省旱災要賑濟，再還了湖北、上海兩處借款，到得明年夏秋之間，便又是青黃不接的時期了。借款籌餉要早一年便須著手。
可是洋款已不能借。借洋款是國家的責任，雖說由各省協餉，但災荒連年，各省情形都不好，欠解西征協餉，無法歸還欠款，仍須政府設法，所以根本不能再提洋款。而且左宗棠因為借洋款，要受赫德的氣，自己亦不大願意借洋款，尤其是英商的款子。
胡雪岩想到左宗棠說過，「息耗太重，如果是商款，楚弓楚得，倒還罷了。洋人賺了我們重利，還要多方挑剔，實在不甘。」同時又一再表示，「何必海關及各省出票？倒像是各省替陝甘來還債，其實還的還是陝甘應得的協餉。我主持西征，籌餉我有全權，協餉不到，先借款子來接濟，這就是所謂調度。商人如果相信陝甘相信我，由陝甘出票就可以了，何必勞動總署？」
因此他設計了一套借商款的辦法，往返磋商，終於定議，由胡雪岩邀集商股一百七十五萬兩，另由滙豐「認股」一百七十五萬兩，合共三百五十萬，組織一個乾泰公司負責借出。照左宗棠的計算，在七年之中，陝甘可得協餉一千八百八十萬以上。除還洋款以外，至少尚有千萬之多，所以借幾百萬商款，一定能夠清償，但協餉收到的日期不一，多寡不定，所以提出來一個「機圓法活」的要求，第一，不出關票；第二，不定年限，可以早還，亦可以遲還；第三，有錢就還，無錢暫欠，利息照算，不必定為幾個月一期。
這是他一廂情願的想法，胡雪岩只能替他辦到不出關票，此外年限定為六年，期次仍是半年一期，利息是一分二。當然借商款亦須奏准，左宗棠於光緒四年八月十六日出奏，一個月以後奉到廷寄：「借用商款，息銀既重、各省關每年除劃還本息