左宗棠在同治三年十月底，交卸了兼署浙江巡撫的職司，在杭州全城文武官員，鳴炮恭送之下，啟程入閩督師。
在此以前，援閩之師分三路出發。西路以幫辦福建軍務的浙江按察使劉典所部新軍八千人為主力，會同記名按察使王德榜的兩千五百人，由江西建昌入汀州，中路記名提督黃少春，副將劉明燈兩部共四千六百人，由浙江衢州，經福建浦城、建寧入延平，東路由署理浙江提督高連升會同候補知府魏光邴，領兵四千五百人，過錢塘江由寧波乘輪船，循海道至福州登陸。
這三路軍隊的目標都是閩南——李世賢踞廈門之西的漳州，丁太洋在福建、廣東、江西三省交界的武平，而汪海洋則在閩南的東西之間流竄。左宗棠的打算是，決不能讓他們出海，由北、西、東三面收緊，壓迫敵人南竄。
福建之南就是廣東。兩廣總督毛鴻賓與廣東巡撫郭嵩燾，見此光景，心知不妙。左宗棠如果驅賊入粵，則援閩之師，隨賊而至，會形成長毛與「友軍」交困的窘境，所以非常著急。
可是由兩員副將方耀、卓興而率領的粵軍，不過八千之眾，福建延建邵道康國器，雖是廣東人，新統一軍，亦多粵籍，卻不能算粵軍，因為是左宗棠的部下，並不聽命於廣東大吏。毛鴻賓與郭嵩燾迫不得已，一面派方耀、卓興入閩會剿，明阻長毛，暗擋左宗棠，一面打算奏請起用守鎮江的名將馮子材督辦東江軍務，自求振作。
當援閩之師未到以前，福建陸路提督林文察已與李世賢接過仗。林文察是台灣彰化人，咸豐八年以助餉剿淡水的土匪，授職游擊，做了武官，他所統率的台勇擅用火器，剽悍善戰，助林文察當到總兵，獲得「巴圖魯」的名號。王有齡被困杭州時，曾奉命援浙，而阻於衢州，以後歸左宗棠節制，很立了些戰功，補實為福建福寧鎮總兵，不久擢升為福建陸路提督，隨即提兵回台，在他家鄉平亂。
亂黨的首領，是原籍漳州龍溪的戴潮春，他是中國歷史上陰魂不散的老牌亂黨白蓮教的餘孽。在彰化名義上辦團練，實際上與長毛是勾通的。
咸同之交，浙江淪陷，在福建的官軍，多調閩北浙南，戴潮春認為是起事的好機會，三月間由其黨羽林戇晟在大墩起事，五天以後，佔領彰化，台灣兵備道孔昭慈被殺。戴潮春自稱「東王」，「南王」是林戇晟，此外還有「西王」與「北王」。下面的官職有「大國師」、「左右丞相」、「六部尚書」等等。
這個略仿太平天國建制，沐猴而冠，彷彿戲台出將入相的場面，由於東南戰局正在緊要關頭，朝廷只應糧道丁日健的力請，派了六百人去攻剿，因而得以維持一時。及至同治二年秋天，左宗棠收復浙江，已有把握，才派林文察回台，號召舊部，福建巡撫徐宗干，亦派久官台灣的丁日健領兵赴援，並授為台灣兵備道，督辦全台軍務。
於是到了十一月初，彰化收復，繼攻下斗六，到了年底，戴潮春被擒於張厝庄、林戇晟敗死於四塊厝，局面可以算是穩定下來了。
不過肅清殘餘亂黨，亦很費力，尤其是當李世賢佔據漳州以後，戴潮春的餘黨準備接應會合，圖謀再舉。左宗棠深恐李世賢、汪海洋等人出海，正就是為此。
林文察見此光景，深感為難，一方面要防止死灰復燃，放不得手，另一方面以福建陸路提督為一省最高武官的地位，對於收復漳州、汀州等地，責無旁貸。仔細考慮下來，還是應該回福建，因為能夠消滅李世賢，彰化的亂黨便失去憑藉與指望，不戰而自潰。
打定主意，倉猝內渡，同船隻帶了兩百親兵。他與李世賢交過手不止一次，不敢輕敵，原意到了福建，先作部署，然後出擊。哪知李世賢早有準備，在萬松關設下埋伏，專等他入網。
而林文察則又改變了主意。因為他自感兵力孤單，一路收容了許多散兵游勇，雜湊成軍，如果糧餉充裕、時間從容，而又有得力的幫手，當然可以將此輩漸漸練成勁旅，否則就只有利用他們急於追求出路，或者懷忿報仇的心理，淬厲士氣，作背城借一之計。林文察老於兵事，默察情勢，認為不得不速戰速決，拖下去徒耗糧餉，且難部勒，將不戰自潰。
本來左宗棠的檄令，是責成他「力保泉廈」，這是很難的任務，因為漳州以東，直到廈門、泉州，地勢平衍，易攻難守，而況彼此兵力眾寡懸殊。就方略講，應該以攻為守，就利害關係來看，以少攻多，雖然吃力，但與其守而敗，不如攻而敗。因此，在十月初便由泉廈而進，在萬松關上紮營。
萬松關又名萬松嶺，在漳州以東二十五里的鳳凰山上，為由泉廈渡江入漳的孔道。紮營剛定，李世賢派一隊人馬來攻，用意在試探虛實，哪知副將惠壽不中用，竟讓長毛踩了營盤。林文察迫不得已，退扎叫做玉洲的地方，隔了兩天出隊攻擊，小勝而回。
就在這時候又接到左宗棠的札子，指示他「深溝高壘，勿浪戰求勝，俟浙軍到後，協力規復漳州。」林文察這時不能不聽命了，駐營在萬松嶺上，靜候援軍，另由水師總兵曾玉明，在九龍江近海澄縣地方的海口鎮，結紮水營，以為掎角之勢。
這樣守到十月底，左宗棠還未進入福建境內，而先行出發的浙軍，三路合圍之勢，將次形成。李世賢原來是在萬松關以西設下埋伏，專候林文察入網，見他按兵不動，而浙軍又已入閩，不能不急著打開一條出路，因而在十一月初三，發動突襲。
突襲是分水陸兩路進行。襲擊水營的長毛，皆以煙煤擦臉，有意扮成猙獰可怖的鬼相，同時亦用作為「自己人」的識別。曾玉明的水師，猝不及防，除了用炮艇上的小炮轟擊以外，其餘各營，都垮了下來。
在西面萬松關上的林文察所部，本是越拖越壞的散兵游勇，聽說後路被襲，未戰先亂。副將惠壽、游擊許忠標，壓不住陣，只有溜之大吉，林文察卻不肯逃，結果中槍陣亡。潰散下來的亂兵，勉強集結在九龍江東岸，算是保障泉州門戶。
三月以後，左宗棠到了浦城，正式進入福建境界，預定就以此為行轅。行轅所收到的第一件戰報，便是林文察兵敗殉職。
這不是馬到成功的徵兆，左宗棠大為不悅。在他看林文察是挫了浙軍的銳氣，也傷了他的威名，雖非死有餘辜，卻是決不可原諒的。因而出奏時，便不肯專敘此事，只用一個「督師行抵浦城，現籌剿辦情形」的案由，在摺子中斥責林文察不聽調度，致有此失，幸虧高連升一軍已由福州趕到閩南，泉廈可保無虞。至於林文察的恤典，申明另案奏請，但可想而知的，恤典不會優厚。
不過局勢很快地穩住了。左宗棠最擔心的，就是李世賢向東南橫竄入海，所以只要高連升一軍，能自福州南下，及時攔堵，先擋得一陣，等蘇軍郭松林、楊鼎勛領兵航海而來，肅清腹地便有十足的把握了。
為此，左宗棠定下東守北攻西壓的策略，最先收復閩南偏北的龍岩，接著會同粵軍方耀所部，收復閩粵交界的永定。
這兩場勝仗打下來，士氣大振，指揮更加靈活，左宗棠開始「驅賊入粵」，首先是由毗連江西的汀洲、連城一帶，將汪海洋部下的長毛，往南攆向與廣東交界的武平、上杭一帶。其時援閩蘇軍已陸續到達，與浙軍高連升，黃少春所部，劃分防區，而以進取漳州為目標，蘇軍守漳州之南，浙軍守漳州之北。這一來，李世賢出海之路是徹底被阻斷了。
到了四月中旬，浙蘇各軍由南北同時出擊，會攻漳州，到了四月廿一，漳州克複，可是李世賢卻開西門而走，與汪海洋會合在一起，成為「困獸」了。
當時的形勢是東南方面泉、廈、漳沿海一帶，兵力最厚，西北永定有七千餘人防守，東北的漏洞，亦已及時防補，唯有西面最弱，左宗棠幾乎毫無布置。
西面就是廣東的大埔、饒平一帶，雖有粵軍方耀防守，可是絕非李世賢、汪海洋的對手，是誰都看得出來的。然則，左宗棠之意何居？明眼人自然看得出來。
這個明眼人是遠在京城裡的軍機章京領班許庚身，在五月十二那天，看到發下來的一個奏摺，大為詫異，這個奏摺是李鴻章所上，作用是在表功，所以案由是「援閩蘇軍，會合浙軍分路進逼，於四月二十一日克複漳州府城」，奏報進攻情形中，有一句話說：「侍逆李世賢潛開西門而遁。」這與同時收到左宗棠的戰報，情況不符。
左宗棠的奏摺，案由是「進逼漳西大捷，現籌辦理情形」，並未提到漳州克複，更未談到李世賢由漳州西門而遁，只說「李逆世賢經官軍迭次擊敗，勢日窮蹙，圖由漳北小路繞犯安溪，以抄官軍後路。其計未成，又圖勾結同安土匪，內訌滋事，經郭松林抽帶所部兩營馳赴同安，會同道員曾憲德將西塘、上宅、滸井各鄉匪巢洗盪。」
再看拜折的日期是四月廿六，拜折的地點是福建省城。福州離漳州不過兩三日路程，廿一克複漳州，在福州的左宗棠不應該到廿五還不知道。如果已經知道，廿六拜折何以不報捷？
這是莫大的一個疑竇，但稍作參詳，不難明白，左宗棠只為