局勢的發展，許多方面都出人意表。第一，常州在李鴻章部下郭松林、劉銘傳、周盛波、張樹聲及常勝軍戈登合力猛攻之下，於四月初六克複，接著久守鎮江的馮子材進克丹陽。大家都以為這兩支軍隊會師以後，一定乘勝西趨，直撲金陵，為曾國荃助攻。哪知李鴻章儘管朝旨催促，卻以傷亡過重，亟須整補為名，按兵不動。這是為左宗棠、胡雪岩所預料到的，李鴻章不願分曾國荃一心想獨得的大功，有意作態。
第二，是「天王」洪秀全忽然下了一道有如夢囈的「詔令」，說「即上天堂，向天父天兄，領到天兵，保固天京」。過了兩天，「天王」服毒自盡，實現了他「上天堂」的諾言。接位的是洪秀全的十六歲兒子，名叫「洪天貴福」，稱號喚做「幼天王」。
消息外傳，都知道曾國荃成大功在即，頗有人高吟杜少陵的「青春作伴好還鄉」，作亂後重整家園之計。而京里重臣、京外督撫，有良心，肯做事的，亦都在默默打算，曾國荃一下金陵，太平天國十餘年的積聚，盡萃於「天王府」，足可用來裁遣將士，恢複地方，固然，金陵所得，必是用於江南及湘軍，但應解的協餉，可以不解，就等於增加了本地的收入。
像左宗棠就是打著一把如意算盤，認為曾國荃一克金陵，廣東便將復成浙江的餉源。他曾跟胡雪岩談過，到那時候，要專摺奏，派他到廣東去會辦厘捐。胡雪岩口頭一諾無辭，其實不當它一回事，在他看來，此事渺茫得很，只是不便掃左宗棠的興，所以只是唯唯敷衍而已。
在李鴻章所撥借的炮隊協攻之下，曾國荃所部在五月底攻佔了「龍膊子」，其地在江寧城外東北的鐘山之巔，居高臨下，俯瞰全城。此地一失，「忠王」李秀成束手無策了。
曾國荃用兵，獨得一「韌」字，苦苦圍困到這般地步，要韌出頭了，更不肯絲毫怠慢，下令各營，由四面收束，直往裡逼，逼近城下，晝夜猛攻。而真正的作用是，借無時或已的炮聲，遮掩他挖掘地道的聲響。
金陵圍了兩年，曾國荃從朝陽門至鍾阜門，挖過三十多處地道，有時是「落磐」，挖地道的士兵隨死隨埋，叢葬其中，有時是為長毛所發覺，煙熏水澆，死者論百計。有一次快成功了，地道內的士兵，忽然發現一枝長矛刺了下來，其實是長毛行軍休息，隨意將矛一插，而官軍輕躁沒腦筋，使勁將那枝矛往下拉，長毛始而大駭，繼而大喜，掘地痛擊，功敗垂成，死了四百人之多，都是朱洪章的部下。
朱洪章是貴州人，也是曾國荃部下高級將領中，唯一的非湖南人。因為孤立其間，不能不格外賣力，免得遭受排擠。曾國荃亦很看重他，一直保到提督銜記名總兵，派他經理營務處。此時再挖地道，由他與記名提督河南歸德鎮總兵李臣典共同負責。
從六月初八開始，日夜不停，挖了七天才挖成，填塞炸藥，可以作最後的攻擊了。曾國荃問部下諸將：哪一營「頭敵」，哪一營「二敵」？
諸將默無一言，便按官職大小，個別徵詢。官階最高的是蕭孚泗，已經補上福建陸路提督，他依舊沉默，便只好問李臣典了。
李臣典倒願打頭陣，但要朱洪章撥一兩千精兵給他。朱洪章表示：「既然如此，不如我來當頭。」事情便這樣定局，還立了軍令狀，畏縮不前者斬！
六月十六日正午，由朱洪章下令施放炸藥。地道中的炸藥有三萬斤之多，進口之處用巨石封固，另外以極粗的毛竹伸入地道，內用粗布包炸藥填塞，作為引線，引線點燃以後，但聞地底隱隱如雷聲，卻不爆發。天空中的驕陽，流火鑠金一般，炸藥絕無不燃之理，萬千將士揮汗屏息，等得焦灼不堪。這樣過了一個鐘頭之久，地底連那隱隱雷聲都消失了。
過去亦常有不能引發炸藥的情事，這一次看起來又是徒勞無功。各營將士，無不失望，正準備先撤退一批部隊，分班休息時，突然間，霹靂之聲大作，彷彿天崩地裂似的，太平門的一段城牆，約有二十多丈長，隨煙直上，聳得老高，成為聞所未聞的奇觀。
這有個說法。明太祖建都南京，洪武二年始建都城，徵發大量民夫，花了四年工夫，方始完工，周圍六十一里，不但比北平城周四十餘里，西安城周二十四里都大，而且亦是世界第一大城。
南京城不但大，而且高，平均都在四十尺以上。大與高之外，最大的特色是堅，城以花崗石為基，特為燒制的巨磚為牆，磚與磚之間，用石灰泡糯米漿水砌合。全城告成，再以石灰泡糯米漿水塗敷，所以在城外隨便指一處敲擊，都會顯出白印。五百年來刀槍不入，水火不侵的城牆，畢竟還敵不過西洋的炸藥，只是被炸以後，磚磚相砌，過於堅牢，所以才會造成二十餘丈長的整段城牆，飛入空中的奇觀。後來知道，這段城牆飛出一里多外，裂成數段落地，打死了數百人之多。
在當時，朱洪章奮身向前，左手執旗，右手操刀，大呼上城。於是九門皆破，有所謂「先登九將」，除朱洪章、李臣典、蕭孚泗以外，還有記名總兵武明良、熊登、伍維壽、提督張詩日、記名按察使劉連捷、記名道員彭毓橘。
捷報到京，自然要大賞功臣。據說文宗在日，曾有諾言：平洪楊者封王。但清朝自三藩之後，異姓不王，甚至封公爵的亦沒有。因此，親貴中頗有人反對實現文宗的諾言，形成難題。最後是慈安太后出了個主意，將一個王爵，析而為四，曾國藩功勞最大，封侯，其次是曾國荃，封伯，接下來是一個子爵、一個男爵，封了李臣典和蕭孚泗。
朝旨一下，朱洪章大為不服。論破城當日之功，他實在應該第一，首先登城，生擒偽勇王洪仁達，佔領「天王府」。而曾國荃奏報敘功時，卻以李臣典居首，據說，當朱洪章佔領「天王府」，看守到黃昏時分，李臣典領兵馳到，自道「奉九帥之命接防」。於是「天王府」歸李臣典的控制，看守到第二天上午八點鐘，光天化日之下，「天王府」無緣無故起火，燒得精光。事後曾國荃奏報，搜索「天王府」除了一顆偽璽以外，什麼都沒有了。
李臣典敘功居首的奧妙是如此！朱洪章在「先登九將」中甚至不如蕭孚泗還落得一個五等爵末位的「一等男」，他所得的恩典，是「無論提督總兵缺出，儘先提奏，並賞穿黃馬褂，賞給騎都尉世職」，雖亦不薄，但名列第三，太受委屈。
一口氣咽不下，朱洪章去找「九帥」理論。曾國荃大概早有防備，應付之道甚絕，他說：「我亦認為你應居首功。但敘功的奏摺，是由我老兄拜發，聽說是他的幕友李某搗鬼。」說著，從靴頁子里拔出一把雪亮的刀子，倒持著遞向朱洪章，「你去宰了那個姓李的。」
朱洪章為之啼笑皆非。但李臣典亦如黃粱一夢，錫爵之恩，黃馬褂、雙眼花翎之榮，竟不克親承寵命，恩旨到時，已經一命嗚呼。據曾國荃奏報，說他攻城時，「傷及腰穴，氣脈阻滯」，因而於七月初二日不治出缺。卻又有人說，李臣典死在「牡丹花下」——破城之日，玉帛子女，任所取攜，李臣典一日夜之間，御十數女子，溽暑不謹，得了「夾陰傷寒」，一命嗚呼！當然，這是私下的傳說，反正死因如出於床笫之間，真相是再也不能水落石出的。
蕭孚泗的封男爵，亦有一段故事。
當城破無可為計時，李秀成在亂軍中帶著一個親信書童，出通濟門往東南方向逃走，目的是越過茅山，經溧陽、長興到湖州，與由杭州遁走的長毛會合。
走到一處叫方山的地方，撞見八個樵夫，其中有人認識他，卻確不定，便冒叫一聲：「忠王！」
李秀成一看行藏被人識破，便長跪相求：「哪位領路帶我到湖州，我送三萬銀子酬謝。」
說著，他與他的書童都將袖子抹了上去，但見四條手臂上，戴滿了金鐲子，另外有一匹馬，馱著一隻箱子，看上去並不大，可是壓得馬的腰都彎了，可以想見其中裝的是金銀珠寶。
這八個樵夫見此光景，大起貪心，一方面想侵吞李秀成的錢財，一方面還想報功領賞。於是這八個人將李秀成主僕騙入山下的「澗西村」，公推一個姓陶的去向官軍報信，目的地是駐紮太平門外的李臣典營中，因為姓陶的有個同族弟兄是李臣典的部下，托他轉報，比較妥當。
姓陶的經過鐘山，又飢又渴，想起這裡是蕭孚泗的防區，營中有個伙夫，因為供應柴草的關係而熟識，不妨到他那裡歇腳求食。
姓陶的得意忘形，休息閑談之間，透露了生擒李秀成的經過。這個伙夫便轉告親兵，親兵轉報蕭孚泗，姓陶的便註定要做枉死鬼了。
一番秘密囑咐，將姓陶的好酒好肉款待，蕭孚泗自攜親兵二十多人，烈日下疾馳到澗西村，將李秀成手到擒來，價值十餘萬銀子的金銀珠寶，亦歸掌握。姓陶的被一刀斬訖，藉以滅口，不過蕭孚泗總算還有良心，沒有殺那個伙夫，給了他五顆上好的珠子，一匹好馬，暗示他連夜「開小差」，走得越遠越好。
蕭孚泗之得封男爵，就以生擒李秀成之功。曾國荃到後來才知道真相，吩咐賞那八家樵夫，每家一百兩銀子