撒麻耳干是花剌子模的新都，是花剌子模政治經濟中心，幅員遼闊，土地肥沃，人口眾多，而且地處重塞，軍事地位極為重要。堂堂首都，摩訶末不敢掉以輕心，雖然撒麻耳干城的防禦已經很牢固了，雖然撒麻耳乾的守兵多得無以計數，摩訶末還是親自率了11萬主力據守，並且還弄來了幾十頭大象作為戰場上的防護。
重兵把守，牢固的防禦設備，撒麻耳干城看上去固若金湯，堅不可摧，但摩訶末卻憂心忡忡，老擔心蒙古大軍的勢力不可阻擋，老擔心城破人亡的命運馬上就會降臨到他頭上。交戰尚未開始，他的心理防線早被成吉思汗的聲威攻破了。他日日嘆息，消極的情緒影響著他身邊的每一個人，令全城軍民的抗戰情緒一落千丈，蒙古大軍還沒到，撒麻耳干城內城外早籠罩著一種消極悲觀的氣氛，什麼戰鬥力，什麼堅守首都，都成了空話一句。
成吉思汗的大軍離撒麻耳干不遠了，城中的摩訶末已經可以感覺到那地動山搖的氣勢，那不可阻擋的聲威，他動搖了，他怯懦了，他後退了。他嘆道：「敵軍兵鋒甚銳，我不能呆在這裡。」遂率主力匆匆逃離此城，只留下了4萬兵力守衛新都。
然而成吉思汗並不知道撒麻耳干城的內情，在他心目中，撒麻耳干城依然是人們傳說的那樣：守軍人數眾多，數不勝數，城堡防守嚴密，堅不可摧。因而成吉思汗是把撒麻耳干城當作一個硬骨頭來對待的。
兵臨撒麻耳干城下，成吉思汗並不急於攻城，他先繞著城池巡視，勘察地形，了解敵軍的守備情況，此時，他才知道摩訶末已經棄城而逃了，摩訶末身為國君，敵軍來犯，不僅不身先士卒，率眾抵抗，反而散布消極情緒，棄城而逃，撒麻耳干城軍民的情緒肯定會受到很大影響，戰鬥力也會大大減弱，如此一來，蒙古軍隊遇到的抵抗就會減弱好多。成吉思汗奪城的信心更足了。
但是摩訶末卻不能放過。成吉思汗一面抓緊攻城前的準備工作，一面派大將哲別、速不台速速率領精騎晝夜追擊摩訶末。成吉思汗命令他們要窮追勿舍，沿途諸城，降者安撫之，抗者摧破之，就是追到天涯海角，也不能放過摩訶末。哲別、速不台受命追擊摩訶末，不敢拖緩，日夜兼程地朝著摩訶末逃跑的方向追去。
一切準備工作都安排妥當了，朮赤押來俘虜數萬，成吉思汗以這些花剌子模俘虜為先鋒，蒙古軍隊督後，箭、炮齊下，20多萬人輪班攻城。
蒙古大軍用火炮轟擊城池各門，使花剌子模士兵困在城內出來不得，同時，成吉思汗命令一隊人馬趁守軍對火炮防不勝防的時候，沖入撒麻耳干城的外城，守軍大多都退到內城即城堡中去了，見外城失守，想衝出來抵抗，但都被火力抵擋回去了。成吉思汗先用火力穩住城堡的局勢，然後不慌不忙地將外城殘存的守軍擊潰。城堡中的守軍沖不出火炮的重圍，不能與蒙古軍隊正面交鋒，他們想起了摩訶末在城時弄來的幾十頭大象，於是他們給大象披上鐵甲，在大象的掩護下，他們衝出了城堡，指揮著大象向蒙古軍隊發起攻擊。蒙古諸將什麼東西沒見過，這些龐然大物也能嚇得了他們？他們沉著地指揮士兵朝大象的頭部、腳部射擊，士兵們在他們坦然自若的神情的影響下，也穩定了慌亂的情緒，充分發揮他們的射擊水平，朝著那一群龐然大物連連發箭，眾大象在箭雨中狂奔不已，企圖沖回城堡，反而將花剌子模的士兵踩死了不少。
初次與蒙古軍隊交鋒，撒麻耳乾的軍民就嘗盡了苦頭。思慮再三，他們決定向成吉思汗的大軍投降。
次日，撒麻耳干西北門大開，降軍迎蒙古軍入城。成吉思汗入城後的第一道命令就是拆毀城牆和外壘，便於蒙古大軍暢通無阻，然後下令將駐紮在撒麻耳干城的花剌子模官兵全部殺死，城中有手藝的居民被挑選出來，分配到蒙古各軍中，其餘的居民交出了巨額贖金以後，也保全了性命。
花剌子模的新都既已被成吉思汗所得，征服花剌子模不過是遲幾天早幾天的事了，西征勝利在望，成吉思汗的心情輕鬆了許多，連日征戰，將士們已經很疲憊了，成吉思汗命令就地休養，調整士氣。
哲別、速不台奉命追擊摩訶末，不敢有絲毫的疏忽，摩訶末逃亡途中，不斷散播失敗投降之類的消極情緒，沿途的軍民對這個國君十分失望，他們心想：連國君都不想保國了，我們還給誰保國衛家呢？死守死戰又有什麼用處呢？叛花投蒙的情緒籠罩著摩訶末逃跑的沿途各地區，有關摩訶末的行蹤也不斷傳到蒙古追兵那裡。
摩訶末從撒麻耳干離開後，晝夜不息地逃跑，渡過阿姆河後，他召集部下開了一個會，悲觀情緒已經由君主傳到了每一個人，除了摩訶末的長子札闌丁，在諸將或主張求助於外來勢力，或主張逃亡下去各種意見左右了摩訶末的思緒之後，他再三請求摩訶末，召集各路花剌子模兵力，集中反擊蒙古勢力，他相信憑著花剌子模的實力，是可以跟成吉思汗拼一拼的。
但是摩訶末心裡已經被逃跑情緒佔領了，「逃命要緊，逃命要緊！」他心裡再也容不下任何抗戰的話語，對於扎闌丁的請求，他叱之以目：「你知道什麼！吉凶之勢，由天註定，也是你能改變的了的？小小年紀，不知天高地厚，狂妄！」札闌丁苦苦哀求他以國民為重，據守阿姆河，爭得形勢的轉機，摩訶末被他說得不耐煩，打發他增守舊都玉龍傑赤去了。
主戰的札闌丁一走，摩訶末所率的部隊失去了生機，幾萬人馬沒精打采、零零散散地屯集在阿姆河畔，等待摩訶末命令的下達。對於部將們提出的種種逃亡路線，摩訶末舉棋不定、猶豫不決之時，哲別的輕騎已經在阿姆河對岸出現，正準備渡河了！
花剌子模士兵如同見了天兵天將，嚇得抱頭鼠竄，什麼營帳、兵器、全顧不上收拾了，幾萬主力，一下子作鳥獸散，分散於各城鎮鄉村，留在摩訶末身邊的軍隊越來越少，諸城失陷的消息紛紛傳來，軍心動搖，各王公貴族又各自領兵棄摩訶末而去。
哲別渡過阿姆河後，沿著摩訶末的足跡緊追不息，越過了高山，越過了河谷，蒙軍勢在必得的氣勢讓摩訶末越來越心驚膽戰。他們一行如喪家之犬，晝夜逃竄，突然，河對岸又出現了蒙古軍的大隊人馬，隔河相望，那駭人的架勢竟如同成吉思汗親臨，原來，是速不台率領另一隊人馬也追上來了！
萬分恐懼的摩訶末馬不停蹄地向巴里黑逃去，到巴里黑之後，強烈的恐懼讓他夜不能寐，來不及休整隊伍，他又走上了逃亡之路。哲別、速不台尾隨其後，到達了巴里黑城，巴里黑的城民主動獻城，而且還選派了熟悉路徑的人做嚮導，帶領蒙古軍隊去追擊他們那置國民安危於不顧，只顧自己逃命的國君。既然國君對臣民不仁，臣民對國君也要不義了！
在嚮導的指引下，追擊的進程快了許多，對於沿途各城，自動降服的，城民就得以活命，頑抗不降的，都遭到了被殺戮、劫掠的命運，蒙古大軍一路勢如破竹，摩訶末身後的城鎮紛紛落入了蒙軍之手。
摩訶末輾轉於各地，怎麼也擺脫不了被追殺的命運，後來，他逃到了寬田吉思海（今裏海）的一個小島上，跟隨的將士死的死、逃的逃，此時只剩下了幾個貼身侍衛，一路只顧逃命，行李丟了也不敢收拾，到島上之後他們缺衣少食，靠沿岸居民的接濟過活。
摩訶末憂憤交加，整日神智錯亂，含糊不清，不久患了脅膜炎，沒有藥品，環境又差，摩訶末的病勢在一天天加重。後來，他聽說他心愛的嬪妃被送進了成吉思汗的軍帳，他的母親禿兒罕可敦成了成吉思汗的俘虜，他昔日飲酒作樂的皇室成了一片廢墟，他的精神徹底崩潰了，不久，就死在了小島上，他的侍衛用他的衣衫將他裹了葬了。
怎麼說，摩訶末也算個稱雄一世的人物，鼎盛之時，連成吉思汗都對他忌憚幾分，但他外強中乾，又篤信天命，面對蒙古大軍的進犯，他不是率領全國民眾奮力反擊，而是步步後退，放棄城堡，放棄國民，終於落得如此之下場。是可悲，還是罪有應得？這得由歷史來解釋。
新都已破，國君亦亡，花剌子模國滅亡的命運就在眼前！
但花剌子模還有一個舊都玉龍傑赤，還有新王札闌丁、勇將帖木兒滅里，還有無數將士在作最後的掙扎。
尤其是玉龍傑赤之戰，花剌子模從將軍到士兵，都顯示出了臨死不屈、誓死力爭的英雄氣概。
札闌丁到玉龍傑赤後，和帖木兒滅里同心協力，多次打退了蒙古大軍的進攻，後來玉龍傑赤城內亂，一部分反叛勢力企圖廢掉新王札闌丁，札闌丁憤然出走，帖木兒滅里亦不離左右。他們穿越沙漠，和一部分蒙古軍隊遭遇，札闌丁、帖木兒滅里奮勇出擊，打退了蒙古軍隊，然後以最快的速度開往國境南端的哥疾寧。他們在哥疾寧招集人馬，組織了6萬多兵力，主動攻擊蒙古軍隊，竟然以少勝多，大傷蒙古鐵騎的銳氣。成吉思汗遭到如此頑強抵抗，勃然大怒，親自率了大軍前往哥疾寧捉拿札闌丁，札闌丁棄城南走，兵敗申河（今印度河），士兵人數在減少，銳氣卻在增加，成吉思