元代的畏吾兒（亦稱畏兀兒、畏吾而、畏午兒、委兀）即今天新疆的維吾爾族。唐初稱回紇，後改回鶻。其疆界北至阿術河，南接西夏的肅州，東至元敦甲不哈，西界吐蕃。遼末，遼宗室耶律大石西奔，漠北各部族及回鶻皆發兵相從。大石既取西域，遂建西遼帝國。回鶻從此臣服於日漸強大的西遼。西遼對待屬國，剛開始時政策還算寬大。等到末帝直魯古晚年，便不恤國政，整日遊獵享樂，對屬國橫徵暴斂。他派遣一名長官到畏吾兒擔任少監，監視畏吾兒國。這位少監在職位上剛站穩不久，就開始作威作福，對畏吾兒人的首領亦都護和他的將官百般凌辱和刁難，對畏吾兒百姓進行殘酷的剝削和壓榨。畏吾兒的貴族和百姓簡直恨透了他。這位亦都護苦於西遼的暴斂，又見新興的蒙古日漸強盛，遂欲引蒙古為外援，以擺脫西遼的束縛。
亦都護和他的將官再也忍受不了少監的殘暴，1209年的某一天夜裡，亦都護派將官偷襲了少監的住宅，將其團團包圍，殺死了少監。派遣他的大臣別吉思、阿爾帖木兒二人，準備帶上大量的金銀財寶到蒙古獻於成吉思汗。二人還沒有出發，成吉思汗的招諭使者安魯不也奴等卻到了畏吾兒。亦都護大喜，盛情款待蒙古的使者，派別吉思等隨同蒙古使者返回，朝見成吉思汗，奏稱：「聞往來人言，可汗雄威大度，善撫百姓，方棄合刺契丹，與大汗結交。」成吉思汗十分高興，再次派使對亦都護進行慰勞，並允許亦都護納貢。1211年春，亦都護帶著大量的金銀財寶到克魯倫河行宮去朝見成吉思汗，說：「若蒙成吉思汗垂青，顧念臣下老遠聽到消息後立即前來面予抬舉的話，請賜我以紅袍金帶，讓我做成吉思汗四子以外的第五子。我將更加順從，更加為他竭誠效勞！」成吉思汗為亦都護的忠心所感動，收其為第五子，並把女兒阿勒阿勒嫁給了他。從此畏吾兒亦都護成為蒙古國的貴戚。蒙古從畏吾兒國吸收了大量的文化，對蒙古的社會進步、政治統治起了巨大的作用。