成吉思汗分封完千戶、萬戶之後，第一件大事就是著手怯薛軍即護衛軍的擴充和建設。早年成吉思汗曾委任自己的那可兒充當侍衛和宿衛。後來，成吉思汗越來越意識到這支隊伍的重要性。便命令從千戶、百戶官的子弟，老自由民的子弟中，挑選有技藝、身體健康的1000名勇士充當護衛。這支護衛軍，平時護衛大汗宮帳，保衛成吉思汗的安全，戰時由成吉思汗統領，衝鋒陷陣。蒙古國建立後，成吉思汗深感怯薛軍在十幾年的征服戰爭中的重要作用，對部將說：「以前，我只有80人做宿衛，70人做侍衛。現在，上天讓草原各部歸屬我管，我要從各萬戶、千戶、百戶中挑選有技藝、身強體壯、身材端好的優秀子弟，在我跟前工作。」成吉思汗親自確定編製：宿衛由80人增至1000人，分作4隊，輪流執勤。箭筒士由400人增至1000人，侍衛由70人擴充到8000人，分為8隊，聽命行事。同時還規定，這些護衛必須根據規定帶其弟弟或伴當候補到怯薛軍中去。
這一規定不僅可以作為後備軍增強這支軍隊的實力和戰鬥力，而且又可以把這些官人的子弟當作「質子」，以利於大汗了解和控制外出征戰的各級官員而使其自覺自愿、忠心耿耿地為大汗效力。對於侍衛軍首領的任命，成吉思汗經過長期的考察，挑選和任命了博爾忽、博爾術、木華黎、赤老溫、朮赤台、阿兒孩合撤兒等有膽有識、英勇善戰、歷經戰爭考驗、榮立卓著戰功的親信來擔任怯薛軍的指揮官，成吉思汗說：「這些做我護衛的人，以後做大中軍者。」這支大中軍的萬戶長就是納牙阿。
怯薛軍是由大汗直接統領的一支特別的軍隊，按成吉思汗的規定，其任務主要有3個方面：第一是保衛大汗及汗廷的安全。第二是「戰時在前為勇士」，充當大汗親自統領的作戰部隊，在其指揮下衝鋒陷陣，打硬仗苦仗。第三是分管汗廷的各種事務，如廚師、掌酒、典車馬、奏樂等。因此可以說，這支部隊是成吉思汗的親軍。它既是一個分管中央日常事務的行政組織，又是成吉思汗對內鎮壓舊貴族的復辟、制約各級指揮官的行動，對外進行略奪和擴張戰爭的強有力的工具。它已發展成為蒙古國家中樞寵大的統治機構。
成吉思汗還規定，怯薛軍在法律上有著優越的地位，享有各種特權。怯薛軍成員的地位要高於在外的千戶官，在外的千戶官，如果與正在執行護衛任務的怯薛軍成員發生衝突，要歸罪於千戶長。勇士一經選入怯薛軍，便可免除差發雜役，調往部隊時，一般能擔任重要的官職，其家人的地位要在外出百戶長之上。
因此怯薛軍的成員及其家屬，均有崇高的榮譽感、責任感和重大的使命感。絕對忠於大汗，為大汗拋頭顱、灑熱血。