五四運動爆發時，周作人正在日本探親。5月12日，他得知消息後，立即匆匆回國。6月3日，他和劉半農等人以北大代表的名義去北大第三院法科慰問因聲援學生運動被捕的中小學生，為軍警所阻。次日下午，他參加北大教職員回憶，討論營救被捕學生之事。5日，他路遇大隊軍警包圍學生演講，是夜，寫下《前門遇馬隊記》，對軍警的行為進行譴責。14日，得知陳獨秀被捕後，他和李辛白、王星拱等人以北大代表的名義到警察廳探望。
1921年，北京發生教育風潮，周作人發表《碰傷》一文，說教職員學生「這次碰傷的緣故由於請願。……請願的事，只有在現今的立憲國里，還暫時勉強應用，其餘的地方都不通用的了。例如俄國，在一千九百零幾年，曾因此而有軍警在冬宮前開炮之舉，碰的更厲害了。我希望中國請願也從此停止，各自去努力吧。」
1922年3月，李大釗、陳獨秀、蔡元培、汪精衛、鄧中夏等人成立「非宗教大同盟」，號召反對宗教，特別是基督教。隨後，周作人、錢玄同、沈兼士、馬裕藻等人發表《主張信教自由者的宣言》，主張：「我們不擁護任何宗教，也不贊成挑戰的反對任何宗教。我們認為人們的信仰，應當有絕對的自由，不受任何人的干涉，除去法律的制裁以外，信教自由，載在約法，知識階級的人應首先遵守，至少也不應首先破壞。我們因此對於現在非基督教同盟的運動表示反對。」此後，周作人多次重申自己維護「信教自由」的立場。
自五四以來，周作人一直提倡思想自由。1924年，他與魯迅、孫伏園、錢玄同、林語堂等人創辦《語絲》，周作人在發刊詞中說：「我們個人的思想盡自不同，但對於一切專斷和卑劣之反抗則沒有差異。」「我們這個周刊的主張是提倡自由思想，獨立判斷，和美的生活。」
1924年，周作人的《自己的園地》，與《獨秀文存》、《胡適文存》等書一起被北洋政府查封。
1925年，女師大風潮爆發，周作人明確支持學生。他發表文章，批評女師大校長楊蔭榆「只想開除幾個學生，或用別的高壓手段消除風潮，整頓學風，是所謂南轅北轍，適得其反。」他明確要求楊「能夠因教育前途之棘而引咎辭職」。8月19日，教育部專門教育司司長劉百昭率武裝巡警強行接收女師大，學生代表與警察發生衝突，7名學生受傷，各校、各團體聲援代表14人被捕，周作人在給友人的信中憤怒地說：「北京教育部的總長司長動不動就以保安隊及打手從事，……我的沉默之期或者也不很遠了罷。」
「三·一八」慘案發生後，周作人撰文痛斥北洋政府，他說：「這是北京城中破天荒的大殘殺，比五卅上海事件更為野蠻，其責任除政府當局段祺瑞、章士釗、賈德耀諸人直接負擔，我們要求依法懲辦外，對於國民軍的首領也不能屈為諒解。」他對犧牲的女學生給予極高評價，稱她們為「新中國的女子」。他為遇害的劉和珍、楊德群送殯，並送去輓聯：「死了倒也罷了，若不想到二位有老母倚閭，親朋盼信；活著又怎麼著，無非多經幾番的槍聲震耳，彈雨淋頭。」他挽「三·一八」慘案中遇難者的另一聯云：「赤化赤化，有些學界名流和新聞記者，還在那裡誣陷；白死白死，所謂革命政府與帝國主義，原是一樣東西。」
周作人挽「三·一八」慘案中遇害的中法大學學生胡錫爵：「什麼世界，還講愛國？如此死法，抵得成仙！」
在女師大的復校典禮上，周作人說：「這一次本校死了兩位同學，我看見她們的遺體，看見她們入殮，我很受一點感動，使我對於死有一點了解。」
「五卅慘案」發生後，周作人憤然寫下《對於上海事件之感言》，隨後又寫下《吃烈士》一文，諷刺「五卅慘案」中鎮壓工人有功而「加官進爵」的官僚和借「五卅」「博得蠅頭之名利」的商賈是在「吃烈士」。
「四·一二」政變發生後，周作人發表《吳公如何？——致榮甫先生》，明確表示：「要不要清黨，我們局外人無從說起，但是那種割雞似地殺人的殘虐手段我總不敢贊成，白色恐怖絕不會比赤色的更好。」他在文中質問胡適道：「以我貧弱的記憶所及，《青天白日報》記者二名與逃兵一同斬決，清黨委員到甬斬決共黨二名，上海槍決五名姓名不宣布，又槍決十名內有共黨六名，廣州捕共黨一百十二人其中十三名即槍決……清法著實不少，槍斃之外還有斬首，不知胡先生以為文明否？」9月，他又一次批評蔡元培、胡適二人身在上海，卻對清黨運動「視若無睹」。
1933年，周作人致函許壽裳，請蔡元培營救以「共產黨」名義被捕的女師大學生鄭德音。