1948年歲末，周定一到沈從文家看望老師，臨別時，沈臨寫了史孝山的《出師頌》，在條幅的落款處鄭重寫下：「三十七年除日封筆試紙」。
1949年7月召開的「第一次文代會」，沈從文與京派理論家朱光潛、淪陷區女作家張愛玲、國統區作家無名氏（卜寧）等都被排除在外，並被趕下北大的講台。多年後，夏衍對李輝談及沈從文被排除的原因，是沈四十年代為《戰國策》雜誌（該雜誌曾宣揚法西斯，創辦該雜誌的西南聯大教授林同濟、陳銓、雷海宗等人被稱為「戰國策派」）寫文章，講三K主義。
在革大學習時，沈從文很少參加集體活動，顯得形隻影單。當別人下棋、聊天、跳舞的時候，沈則走進廚房，和廚師們聊天。他以廚房的一位老師傅為原型寫了一篇小說《老同志》，卻因為受到許多條條框框的影響，失去了其往日文章的神韻，而且，一直無法發表。他寫信給丁玲求助，依然未能發表。
從「革大」畢業時，沈從文原本可以重新選擇工作，學習小組的組長也告訴他上級希望他繼續從事寫作。沈聽罷很是困惑，他覺得，既然你們都否定我過去的作品，認為我思想有問題，我再寫，也是徒勞無益。最終，他還是選擇回到歷史博物館研究文物。
50年代，輔仁大學曾有意聘請沈從文為教授，沈權衡再三，拒絕了；有人建議他寫一些歷史故事，但沈怕自己對歷史人物的理解和專家學者存在差異，引起不必要的麻煩，再次謝絕。沈從文覺得，還是和文物在一起感到溫暖，「它們不僅連接了生死，也融洽了人生」。
張兆和在華北「革大」學習時，沈從文整天在博物院工作、學習，晚上回家後，還要照顧兩個孩子，等孩子入睡後，常常深夜獨坐，聽古典音樂唱片。某晚，馬逢華陪著他聽音樂，他像從夢中醒來似的說：「我這副腦子整個壞了，僵硬了，一點沒有用處。只有當我沉湎在音樂裡面時，才又覺得恢複了想像能力，——有時我好像又回到了從前在湖南鄉下的時候。我可以聽見小河裡流水的響聲，聞到草地上青草的腥味，聽見蚱蜢振翅的小小噪音……我好像重新充滿了創造力。有時候，一個晚上我能寫出很多東西來，第二天再把它們撕掉。」
那晚沈從文給馬逢華看了一首新寫的長詩，馬看後愛不忍釋，覺得撕掉可惜，讓沈交給他保管。沈說：「這樣的東西還有什麼保存的價值？我撕也不知道撕了好多。以後的文章作品，都得為工農兵服務！」
1953年，沈從文接到開明書店的通知：「你的作品已經過時，凡在開明的已印未印各書稿及紙型，已全部代為焚毀。」
同年9月間，全國文代會第二次大會在懷仁堂舉行，沈從文參加了大會。會後，毛澤東和周恩來接見一部分代表，在介紹到沈從文時，毛澤東問過他的年齡後，說：「年紀還不老，再寫幾年小說吧。」沈從文回憶：「當時除了興奮感激，眼睛發潮，什麼也沒說。」
1956年，沈從文萌生了繼續寫作的想法，他在歷史博物館過得並不愉快，沒有固定的辦公桌，沒有經費，沒有助手，每天花兩個小時擠公車上下班，共換八次車，黃昏過馬路還擔心被撞……每次去文物局看新收來的文物，都被館中領導認為是「打小報告」去了，立刻有人來「警告」他：「凡是到局裡反映館中情況的，是『越級』，這一點要弄清楚，免得犯錯誤。」正巧這時，胡喬木指示《人民日報》副刊向沈從文約稿，沈的散文《天安門前》隨後刊登；接著，周揚又指示《人民文學》的主編嚴文井請沈出山，沈萌生了回歸作家隊伍的想法。但隨之而來的「反右」運動中，過往的老朋友丁玲、蕭乾、陳夢家等人一個個被揪了出來，沈從文再一次感覺到危機，加上對文物割捨不下的情感，他在寫與不寫之間徘徊良久，最終還是選擇了文物研究。
1961年初，沈從文在北京阜外醫院住院時研讀了屠格涅夫和托爾斯泰的小說，記下了自己的心得：「難的不是無可寫之人，無可寫的事，難的是如何得到一種較從容自由的心情……如能得到較從容工作環境，一定還可以寫得出幾個有分量東西的。」
1962年，作協安排沈從文等幾個作家去江西老區，準備讓他們長期住下去，但最終沈從文還是沒有動筆，跑到景德鎮去看陶瓷，並幫著參謀如何改進生產。從此，沈從文徹底不再寫文學作品，除了舊體詩。
沈從文「擱筆」之後，曾經提到「跛者不忘其履」，他寫道：「這個人本來如果會走路，即或因故不良於行時，在夢中或在日常生活中，還是會常常要想起過去一時健步如飛的情形，且樂於在一些新的努力中，試圖恢複他的本來。」
林斤瀾有次拉沈從文去參加一個會議，主持人最後禮節性地請沈從文講話，他趕緊說：「我不會寫小說，我不太懂小說。」
人們為沈從文在文學上的「失蹤」感到不平，沈從文卻笑道：「那未必不是塞翁失馬。」
在國外演講時，沈從文說：「許多在日本、在美國的朋友，為我不寫小說而覺得惋惜，事實上並不值得惋惜。按照社會習慣來說，一個人進了歷史博物館，就等於說他本身已成為歷史，也就是說等於報廢了。但對我來說，這是一個機會，可以具體地把六千年的中華文物，有條理有系統地看一個遍。」
沈從文到美國訪問，言談風采大異於其他剛經歷十年浩劫的人，有人用「此老耐寒」來形容他。此行中，沈遇上舊時學生林蒲，林好奇先生如何挨過動亂年代的風雨，沈只以低到像是自語的聲音回答：「投岩麝退香，你懂嗎？」
麝香是雄麝臍部的分泌物，傳說雄麝在被人迫到無路可逃時，會自行舉爪撕裂腹下麝香，抽身投岩而死。