沈從文初到北京的兩年半，在饑寒交迫中掙扎，但他並沒有去求助親戚熊希齡。湘西的上層以聯姻來鞏固自己的地位：熊希齡的弟弟熊捷三是沈從文的七姨父；沈的大姐沈岳鑫嫁給了熊希齡的外甥田真一；田應詔（同盟會會員，護法聯軍第一路軍總司令，晚年有「湘西太上皇」之稱）曾想將自己的妹妹嫁給沈從文的父親沈宗嗣，後來嫁給了熊希齡的四弟熊燾齡；沈從文的弟弟沈岳荃娶了田應詔的女兒；熊捷三曾想讓沈從文成為自己的女婿……美國學者金介甫對這種複雜的關係感到頭暈目眩，沈從文卻對他說：「並不複雜。等你深入下去，也不過是那麼幾個在當地十來個縣分管轄中稱王稱霸。我早就對於這種關係十分厭惡，所以一離開就不至於重新進入這個富貴囚籠。」
沈從文到香山慈幼院工作，熊希齡對這位同鄉兼親戚十分關心，經常同沈一起談時事、聊哲學，暢談到深夜。二人談話，往往是熊提出各種問題，沈作答。後來沈回憶此事，認為是熊是有意在考他。一次，熊不經意地問道：「為什麼你生活這麼艱難不來找我？」沈答：「我想獨立。」熊又問：「你在陳渠珍那裡不是過得挺好嗎？」沈答：「當兵6年中我眼看上萬無辜平民被殺，除了對被殺的和殺人的留下個愚蠢和殘忍的印象，什麼都學不到！你可想得到，一個機關300個職員有150個是『煙槍』，是個什麼光景？我實在呆不下去了，才跑出來！我想讀點書，半工半讀，讀好書去救救國家。這個國家這麼下去實在要不得！」熊打量著這位年輕同鄉，連聲說：「好，好，年輕人就要有這種膽識！」
內戰爆發後，沈從文多次撰文，表示反對黨爭，反對內戰，他對國共兩黨都頗有微詞，認為內戰時「數十萬同胞在國內各處的自相殘殺」，「說是為人民，事實上在朝在野都毫無對人民的愛和同情」。
聞一多邀請沈從文參加民盟，還特地找沈談話，但沈以「不懂」婉拒。1948年，蕭乾邀請沈從文參加中國社會經濟研究會刊物《新路》的籌辦，並在發起人的名單上簽名。沈看著名單，輕輕又決然地說：「我不參加。」
沈從文常說：「一個作家的成就要看他拿出來的作品，而不是依靠幫派的活動。」
沈從文反對文學與政治聯姻，多次撰文批駁革命文藝與政治的關係過於緊密。1946年10月，沈接受《益世報》的採訪，說對一些到處「出風頭」的作家「愛莫能同意」，其中包括：郭沫若「飛莫斯科」、鳳子「穿的花紅柳綠跑到蘇聯大使館去朗誦詩」、丁玲「到鐵礦上去體驗工人生活」、何其芳「到延安後，把心力花費在政治上了」、「李辰冬與光未然都沾點政治氣氛」……他本意是舉例說明許多文學天才都因政治而葬送了，但卻把一幹革命作家得罪了乾淨。此篇訪談見報後，引來一片攻擊、嘲諷之聲，默涵在《「清高」和「寂寞」》一文中說，沈從文與國民黨的調調一致，「關麟徵、陳立夫是準會感謝他為他們舐凈了手上的血污的」。
1948年11月，沈從文與馮至就文學與政治的關係有過一次爭論。
沈：「駕車者須受警察指揮，他能不顧紅綠燈嗎？」
馮：「紅綠燈是個好東西，不顧紅綠燈是不對的。」
沈：「如果有人操縱紅綠燈又如何？」
馮：「既要在這路上走，就得看紅綠燈。」
沈：「也許有人以為不要紅綠燈，走得更好呢？」
馮無言。
抗戰勝利直至解放前，沈從文寫了許多政論文章，他的立場讓「在朝」、「在野」的所有黨派都頗為惱火。巴金、李健吾擔心沈的處境，讓汪曾祺寫信給沈，勸他不要再寫這樣的雜文，還是寫小說為好。汪曾祺曾一連兩次寫信勸說老師。
1948年，中國共產黨在解放區鬥地主、分田地時，沈從文應熊希齡夫人毛彥文之請，寫了回憶熊的文章《芷江縣的熊公館》，其中敘述了湘西一帶地主與佃戶之間和諧共處的民俗風情。此文日後給他帶來了巨大的麻煩，被指為「地主大資產階級的幫凶和幫閑文藝」。
50年代，全國大批武訓，處於政治漩渦中心的沈從文覺得這場批判有些可笑，他在給友人的信中說：「費力多而見功少，似乎不大經濟。即把一個導演，一個演員，並一個在墳墓中的武訓，完全罵倒，新的優秀作品還是不會產生！」
1952年，統戰部長李維漢請周培源、沈從文、馮至等人吃飯，席間，李維漢對眾人說，希望他們積極入黨，或者加入民主黨派，比如九三學社。在場的周培源迅速加入九三學社，很快成為中央委員，後又擔任副主席。對此，沈從文說：「許多過去在國民黨時代滿有辦法的人，現在還是有辦法。有些本來極本行的教書的，卻認為是為反動服務。」博物館的領導找沈從文談話，說上頭交代過，沈有條件，政治上過得去，要爭取入黨，沈從文回答：「入黨我沒有資格，還差得遠。」
黃永玉回憶，沈從文在一次談話結束時說：「我一生，從不相信權力，只相信智慧。」
1964年，沈從文在給友人的信中說：「北大史學系副主任周一良正率領師生於海甸區（今海淀區）掏糞，一定要這麼做才算是思想進步，我目前就還理解不夠。」