西安事變發生後，林語堂撰文向美國人說明「張」和「蔣」兩個讀音的差別，講述張學良和蔣介石二人政治主張的差別，他說，張軟禁蔣的目的是為了逼蔣抗日，按中國人的智慧，西安事變的結果是喜劇，而不是悲劇，張最後不僅會放了蔣，而且會陪著蔣去南京。最後事件的結果果然如林所說。
1937年8月，林語堂在《時代周刊》發表《日本徵服不了中國》一文，分析了1931年以來日本逐步侵略中國的過程，預言「最後的勝利一定是中國的」。
1940年5月，林語堂偕夫人與女兒由美返國，在重慶北碚購置了一幢四室一廳的五間居室作為住家。他再次出國時，毅然將該住房捐獻給正處在困難中的「中華全國文藝界抗敵協會」。老舍的兒子舒乙回憶，抗戰期間，老舍一家就借住在林的這所房子內，而今這裡已經掛上了「老舍舊居」的牌子。
為了響應愛國行動，林語堂將著作所得二萬三千美元存款，改以銀元法幣存在中國銀行，但抗戰後遭遇通貨膨脹、幣值狂貶，這筆錢形同廢紙。
抗戰期間，林語堂利用自己在美國的影響力，積極宣傳抗日，許多美國民眾發起抵制日貨行動，史密斯大學的女學生髮起不穿日本絲襪運動，羅切斯特書院的數百名女生在禮堂前排隊將自己的絲襪扔進垃圾桶，男生們則宣稱，不與穿絲襪的女生跳舞。
林語堂經常撰文宣傳抗日，指出日本的困境，並指責美國兩面手法，不願援助中國，反而賣廢鐵、汽油等物資給日本，間接協助危害中國。幾十年後，林語堂憶及抗戰時的情形，仍動情地說：「我看見中國的驢由中國西北甘肅的油田，馱著寶貴的石油到西南的昆明，我真要為中國哭起來。」
林語堂曾問國民政府軍政部長何應欽，在過去幾年中，史迪威給了中國什麼，何說只有夠裝備一個師的槍彈而已。林十分憤怒，他說史迪威粗暴而傲慢，就像個獨裁暴君，「他來不是幫助中國，他是破壞中美的團結」。
林語堂甚至開始為當年他嘲諷過的國民政府宣傳，他在美國的電台上說：「現在重慶的那批人，正是以前在南京的那批人，他們正在擼胳膊，挽袖子，為現代的中國而奮鬥。」第二天，賽珍珠的丈夫就警告他不能再說這樣的話。
林語堂還積極爭取美國中立者的支持，他對許多美國人事不關己的態度十分憤怒，1943年，他發表《啼笑皆非》一文，對英美官方對華的所作所為進行清算，嘲笑他們所謂「中立」態度的愚蠢，他說：「在我國與日本作殊死戰時，誰打中國的耳光就同有人伸手打我一樣。」
對美國的批評和對國民黨政府的支持，也導致了美國人對林語堂的反感。1944年，他的親國民政府的政論集《枕戈待旦》銷路不佳。甚至有人傳聞他拿了何應欽兩萬美元，才如此賣力為國民黨宣傳。賽珍珠當面問林是否有此事，林回答自己沒有拿過中國政府一文錢，僅僅是辦了一個「官員簽證」，這樣就免於用「旅遊簽證」須每六個月離開美國一次再回去的麻煩。
林語堂對美國政界興起「兩個中國」的說法相當不以為然，多次激烈批判，稱美國觀念錯誤，不了解中國人。陳紀瀅回憶，林曾對他說，美國人想搞兩個中國，不但「不了解蔣介石」，「也不了解毛澤東」。多年後，陳還記得林說話時的神情：「他說這段話時，是站著說的，渾身用力，雙拳並舉，兩眼要迸出火星似的。」