1928年，林語堂在魯迅、郁達夫合編的《奔流》月刊，發表獨幕悲喜劇《子見南子》，質疑南子的禮與孔子的禮不相同，「觸怒孔子六十戶族人」，引起軒然大波；山東曲阜第二師範學校在孔廟附近排演《子見南子》，立即遭到孔子後代孔傳堉等人的抗議，六十戶孔室族人聯名向教育部控告學校校長宋還吾「侮辱宗祖孔子」，雖經查「尚無侮辱孔子情事」，校長仍未能免除池魚之殃，遭調任處分。
林語堂編《論語》《人世間》，以幽默的筆調，直指社會現實，表達了對國民黨政府的諸多不滿和譏諷。1934年7月，國民黨上海黨部組織的微風社專門討論如何聲討魯迅和林語堂，函請出版界、報界「在魯迅林語堂作風未改變前」拒絕出版、刊登二人作品，並「呈請黨政機關嚴厲制裁魯迅林語堂兩文妖」，警告二人「迅即改變文風，否則誓與周旋」。
1935年，林語堂主編的《人間世》刊登了周作人的兩首《五十自壽詩》，蔡元培、胡適等人紛紛唱和，引起了左翼作家的攻擊。野容發表文章說看到《人間世》上刊登的周作人的照片以為是訃告，《人間世》和《論語》一樣，是「俏皮埋煞了正經，肉麻當作有趣」。胡風譏諷林語堂：「他站在中央，在他的周圍站著成群的知書識禮的讀者，有的面孔蒼白，有的肚滿腸肥，有的『滿身書香』，各各從林氏那裡分得了『輕鬆』，發泄了由現實生活的來的或濃或淡的不快活苦悶，安慰了不滿於現實生活而又要安於現實生活的『良心』。」
林語堂的《吾國與吾民》在西方引起轟動的消息傳到國內後，許多人認為林一定發了大財，一些不了解書內容的人認為此書如此受西方追捧，一定是賣國書籍，所以將「My try and My People」譯成「賣try和賣People」。
孟孔武寫《幽默詩人》時杜撰了林語堂死後與孔子對話。孔子說：「我為《論語》主編，你也不過曾為《論語》主編；我周遊列國，你也周遊列國；何以我一貧如洗，而足下能豪富至此？其術可聞歟？」林莞爾而笑：「此無他，我不過出賣了一些《吾國與吾民》。」
抗戰期間，林語堂發現西方文化中存在科學主義和物質主義等癥結，他希望用中國的人文主義傳統，來為建立世界和平提供根本依據。林希望溝通中西文化的想法引起了左派文人的譏諷，延安《解放日報》等報刊紛紛發文批判，林語堂認為左派文人相輕、完全不講理。
郭沫若說林語堂「東方既未通，西方也不懂，只靠懂得一點洋涇浜的外國文，便拾一些皮毛來，在那裡東騙騙西騙騙」。又說林「叫青年讀古書，而他自己連《易經》也讀不懂。非但中文不好，連他的英文也不見得好」。林反駁說：「英語好不好，得讓英國人或美國人，總之是懂英語的人去批評。你郭沫若沒有資格批評我的英語。至於《易經》，郭沫若也是讀的，我林語堂也是讀的。我林語堂讀了不敢說懂，郭沫若讀了卻偏說懂，我與他的區別就是這一點。」
林語堂不止一次在媒體上發表對佛教的評論，常引發衛道人士不滿。他在一篇文章《論色即是空》中，把吃迷幻藥和佛家「色即是空」的頓悟境界關連在一起。又有一次，林語堂公開表示，在紅樓夢中他唯獨不愛懷春的妙玉，說妙玉是「色情狂的小尼姑」。此言一出，引發爭議。
1968年10月，林語堂在中央日報發表《尼姑思凡英譯》，將戲曲《尼姑思凡》譯成英文。此次，林語堂再次觸怒台灣的佛教界與衛道人士，佛教團體不斷致函林表示抗議，質疑《尼姑思凡》含有黃色毒素，以中英對照宣揚廣播，是在詆毀佛教，有害社會人心，要求林語堂為妄言道歉。
風波不了了之後，林語堂還是不改利筆，說「在台灣寫文章真不容易」，又說：「無意傷及思凡的尼姑，看見一群和尚起來替尼姑抱不平，不亦快哉。」