1917年，蔡元培在北大發起進德會，進德會的甲等會員不嫖、不賭、不娶妾；乙種會員除前三戒外，加不作官吏、不作議員二戒；丙種會員除前五戒外，又加不吸煙、不飲酒、不食肉三戒。熊十力聞之，十分嚮往，由遠道貽書贊助，極聲應氣求之雅。蔡熊二人遂結文字之交。
熊十力從武漢大學返回北大之後，從秋到冬，埋頭攻讀、刪注窺基的《因明入正理論》這部著作。當時，熊十力與粱漱溟等十數人一起住十剎海東梅廠衚衕的「廣大堅固瑜伽精舍」。梁、熊與弟子們每天清晨實行「朝會」。梁漱溟後來回憶：「大家互勉共進，講求策勵，極為認真。如在冬季，天將明未明時，大家起來後在月台上團坐。疏星殘月，悠懸空際；山河大地，一片靜寂，唯聞更雞喔喔作啼。此情此景，最易令人興起。特別感覺心地清明、興奮，覺得世人都在睡夢中，我獨清醒，若益感到自身責任之重大。在我們團坐時，都靜默著，一點聲息都無。靜默真是如何有意思呵！這樣靜默有時很長；亦不一定要講話，即講話亦講得很少。無論說話與否，都覺得很有意義。我們就是在這時候反省自己；只要能興奮、反省，就是我們生命中最可寶貴的一剎那。（朝會）初時都作靜默，要大家心不旁騖，講話則聲音低微而沉著，話亦簡切。到後來則有些變了，聲音較大，話亦較長。但無論如何，朝會必須要早，要鄭重，才能有朝氣，意念沉著，能達入人心者深，能引人反省之念者亦強。」
在北京期間，熊十力與林宰平交從甚密。兩人一見面便開始談論學問，每每是林先發難、挑刺，而熊十力縱橫酬對。二人嗓門皆大，語震梁宇。他們篤誠相交，相知一生。熊十力曾說：知我者，莫過宰平也；知宰平者，莫過我也。
熊十力與錢穆、湯用彤、蒙文通的交往頗有趣味。錢穆在《師友雜憶》中回憶到：
據牟宗三回憶，熊十力一到復性書院，就寫信叫在昆明的牟宗三，去書院做「都講」即助教，但他沒到樂山，又接到熊信，說「你不要來了，我馬上便要離開」。時距復性書院開張僅一兩個月。
又一次，則予與錫予、十力、文通四人同宿西郊清華大學一農場中。此處以多白楊名，全園數百株。余等四人夜坐其大廳上，廳內無燈光，廳外即白楊，葉聲蕭蕭，凄涼動人，決非日間來游可嘗此情味。余等坐至深夜始散，竟不憶此夕何語。實則一涉交談，即破此夜之情味矣。至今追憶，誠不失為生平難得之夜。」
但馬、熊此後依然有交往。抗戰勝利後，兩人友好如初。任繼愈和熊十力通信，有些見解，熊認為有道理的，也把信轉給馬一浮看，馬一浮的信，有時熊也轉給任看。
在杭州，熊十力得識另一位大儒馬一浮。熊十力很想結識這位大隱，便請時任浙江省立圖書館館長的單不庵引見，單支吾似有難處，他是怕馬一浮不給面子。熊十力乾脆誰也不用，自己把《新唯識論》的稿本包好寄給馬一浮，並說明結交之意。一個多月過去了，馬一浮音信全無。忽一日，院里來了一位長者，須髯飄飄，氣度非凡，自報家門，原來是馬一浮！熊也不客套，上來就問馬：信寫了這麼長時間，怎麼就一直沒個迴音？馬說，若單寄信來，自是早有回覆，可是你連大作都寄來了，無論如何也要好好拜讀過才能說話。
熊子今傳矣。
制新論，融通空有，直闡本體。
譬似眾漚同歸海，一切隨消隨起。
正翕闢，生生不已。
唯識舊師須修改，會連山，方見功能理。
儒與釋，究何異。
年來我亦求諸己。
檢吾躬，屏除習氣，幸余有幾？
只愧二三相知者，世論悠悠安計？
養活潑自家心地。
永憶獲麟千戴嘆，願天長，此義無終悶。
初讀罷，雜悲喜。
馬一浮辦復性書院，書院甫一籌備，熊十力就被列名為創議人。他也當仁不讓，表現出極大的興緻。然而，兩人對辦學目的方法卻大異其趣。
馬一浮認為，書院宗旨在學道，而非為了謀食，如果預設出路以為號召，則來學者已「志趣卑陋」；「西洋之有學位，亦同於中國舊時之舉貢，何足為貴。昔之翰林，今之博士，車載斗量，何益於人？」熊十力則不贊成馬一浮的主張，他擔憂學生與世絕緣，將來沒有出路；學生畢業也應獲得一種類似的學位，且須政府授與。兩人唇槍舌劍，頗帶意氣。
熊十力和馬一浮惺惺相惜，一見便成莫逆，此後如高僧論道，時常往還，確也解了熊氏不少孤苦。他在其《新論》（文言文本）「緒言」中說：「自來湖上，時與友人紹興馬一浮商榷疑義，《明心章》多有資助雲。」馬一浮也對《新唯識論》推崇備至，並為其制雅序曰：「自吾所遇，世之談者，未能或之先也。可謂深知於化，長於語變者矣！」
在杭州「樓外樓」吃飯，馬一浮食不厭精，熊十力食不擇味。指導學生讀書，馬先生主張遴選精華、循序漸進，熊先生則主張開放式讀書，泛觀博覽。熊先生說馬先生取人太嚴，而他主張取人應寬。他說，王陽明取人太嚴，所以王陽明以後沒有第二個王陽明。曾國藩取人較寬，所以曾國藩以後不但有第二個曾國藩，還有第三個曾國藩。
熊十力與張東蓀也頗有交遊，由此了解了西方哲學。而張對熊十力的哲學慧識特別欣賞，稱許《新唯識論》是一部奇書，還曾填了一首《金縷曲》表達對此書的感想和讚許：
對於熊十力與馬一浮此次交惡，牟宗三如此說：「馬先生是狷型的性格，熊先生是狂型的性格，二者正好相反。當二者不相干時，可以互相欣賞，是好朋友，但到一齊處事時，便不一定能合得來。」熊十力攜家到璧山來鳳驛，見到前往探視的牟宗三，便說：「人心險得很！」牟感嘆道：「他和馬先生這樣的老朋友，到重要關頭還是不行，故見面第一句話便說人心險得很。」
馬一浮曾有信給熊，其中寫道：「所憾者，弟德不足以領眾，學不足以教人，才不足以治事，遂使兄意不樂，去我如此其速。然自返於心，實未嘗敢有負於兄也。悵惘之懷，靡言可喻。」此後，這兩位新儒學大師淡了音問。
對辦書院他們各存其志。熊十力勉強前來，但對接待安排及住宿環境頗有微詞。一次，日寇掌握錯誤情報，認為蔣介石當時在樂山，於是對樂山狂轟爛炸。戰火之中，死生只在一瞬。熊十力住所著火，左腳受傷，更增加了焦慮不祥之感，遂對風水之說更深信不疑，決定立即離開書院。
到了1939年夏天，熊十力回函棄約，改投西南聯大。他不到樂山的託詞是風水問題，認為自己如入川，方位不合，恐遇不吉。馬一浮精通堪輿相術，逐一辨析，熊十力理窮詞屈。爭論歸爭論，馬一浮還是執意要熊十力來，在1939年農曆七月十二日的信里，附上了正式聘任關書，並附100元的舟車費。熊十力只好在這年的七月底啟程。
有人作對聯曰：「七賢笑做熊十力，四皓微儀馬一浮」。