1966年，文化大革命開始。在這場「史無前例」的災難降臨時，馬一浮也難逃厄運。他被扣上「反動學術權威」的罪名，紅衛兵洗劫了馬一浮家，抄家者席捲而去之前，他懇求道：「留下一方硯台給我寫寫字，好不好？」紅衛兵不答應，反而猛摑其面。
馬一浮畢生收藏的古書名畫被投進熊熊烈火，化成灰燼，他真是悲痛欲絕。幸虧當時負責花港保衛工作的同志及時報告省府領導，才省圖書館、博物館人員趕到現場，從劫火中搶救出了一部分珍貴的藏書、文物、字畫和手稿，得以妥善保存。
84歲高齡的馬一浮被限期搬出蔣庄。那天晚上，他身穿單衣，久久地獨自臨湖而立，時而仰觀星座，對天長嘆，時而凝視湖面，低頭沉思。當晚，他離開蔣庄避居安吉路一處陋屋，但還關心著屋外形勢。
面對文革浩劫，馬一浮寫下：「語小焉能破，詩窮或易工。百年駒過隙，萬事水東流。尚緩須臾死，因觀畢竟空。棟橈方欲折，誰與問鴻蒙。」
1967年，馬一浮胃部大出血，後諸病皆發，及至6月2日，胃病加劇，出血不止，經浙江醫院搶救無效，溘然與世長辭，終年85歲。
乘化吾安適，虛空任所之。
形神隨聚散，視聽總希夷。
漚滅全歸海，花開正滿枝。
臨崖揮手罷，落日下崦嵫。
去世前，馬一浮在枕邊寫下最後一首詩《擬告別諸親友》：