馬一浮認為：「國學者，六藝之學也。」這裡的「六藝」是指詩、書、禮、樂、易、春秋，也就是「六經」。但馬一浮更喜歡用「六藝」這一名稱，因為它不僅是呆板地指六部經典，而是廣義地指六類或六個部門的文化學術或教化。他認為：「此（六藝）是孔子之教，吾國二千餘年來普遍承認，一切學術之原皆出於此，其餘都是六藝之支流。故六藝可以該攝諸學，諸學不能該攝六藝。」
馬一浮還認為，「六藝」也可統攝西來的一切學術。簡而言之，「自然科學可統於易，社會科學（或人文科學）可統於春秋」，「文學藝術統於詩樂，政治法律經濟統於書禮」。換一角度說，西方學術文化無非統攝於真、善、美三種價值，這也都包含於六藝之中。「詩書是至善，禮樂是至美，易春秋是至真。」總而言之，「全部人類之心靈，其所表現者不能離乎六藝也；全部人類之生活，其所演變者不能外乎六藝也」。
馬一浮推崇中國文化，他說：「今人捨棄自己無上之家珍而拾人之土苴緒餘以為寶，自居於下劣而奉西洋人為神聖，豈非至愚而可哀！」
馬一浮反覆聲說：「一切道術皆統攝於六藝，而六藝實統攝於一心，即是一心之全體大用也。」又說：「天下萬事萬物不能外於六藝，六藝之道不能外於自心」，「六藝之本，即是吾人自心所具之義理」。因此，在文化、學術上如果「不知反求自心之義理，終無入頭處」。
馬一浮認為，只要「天地一日不毀，此心一日不亡，六藝之道亦一日不絕。人類如欲拔出黑暗而趨光明之途，舍此無由也」。更說：「國家生命所系，實繫於文化，而文化根本則在思想。」
馬一浮十分推崇《論語》一書。他認為，《論語》一書，其大義「無往而非六藝之要」。他說：「《論語》有三大問目：一問仁，一問政，一問孝。凡答問仁者，皆詩教義也；答問政者，皆書教義也；答問孝者，皆禮樂義也」。而「易為禮樂之原，言禮樂則易在其中」；「春秋為詩書之用，言詩書則春秋在其中」。又，他舉出《論語》中的「朝聞道，夕死可矣」章為「明生死之故」；「子在川上曰：逝者如斯夫」章為「於遷流中見不遷，於變易中見不易」；「予欲無言」章為「顯性體本寂而神用不窮」等，為「易教之大義」。「正名」則為「春秋大用」之要。
馬一浮說：「六藝之旨，散在《論語》，而總在《孝經》。」因此，他也十分推崇《孝經》一書。他認為，「六藝皆為德教所作，而《孝經》實為之本；六藝皆為顯性之書，而《孝經》特明其要。故曰，一言而可以該性德之全者曰仁，一言而可以該行仁之道者曰孝。此所以為六藝之根本，亦為六藝之總會也。」
馬一浮認為心、思想是一切文化學術之根本，「不知反求自心之義理，終無入頭處」。因此，他反覆強調中國文化的根本精神即在於「發明自心之義理」，而且說：「須知教相多門，各有分齊，語其宗極，唯是一心。從上聖賢，唯有指歸自己一路是真血脈。」
馬一浮不僅主張破除程朱陸王的門戶之見，而且主張破除儒佛、儒道、佛道，以及儒、佛、道內部的種種門戶之爭。他認為，「末流之爭，皆與其所從出者了無干涉」。一些人所以斤斤於派別門戶之爭，都是由於他自己的「局而不通之過也」。他對於儒釋道的融會，可說是已達到了「圓融無礙」的境地。他能「隨意拈取老、庄、釋典以闡揚儒家宗旨，不惟不陷於牽強附會，且能嚴格判別實理玄言，不致流蕩而無歸宿」。
馬一浮的教育宗旨是「復性」。「復性」，是唐代李翱作為修養論提出的。馬一浮繼承了這一思想，並上升為教育的宗旨，還用「復性」來命名其創辦的書院——復性書院，足見「復性」之重要。
馬一浮認為要挽救儒家道德和人心，挽救國家，作為儒生只有通過研究儒術，講述和弘揚儒術去達到。1905年底，馬一浮從鎮江回到杭州後，在給其舅父何稚逸先生的信中就談了這個宏偉的誓願：「竊惟王跡中邁，九洲雲攏。群鹿競逐，黔首愁苦。將欲雍容決策，咄嗟樹義，卻虎狼於西土，驅狐鼠於中原，使功高泰山，國重九鼎，斯非常之烈，魁桀之事，非介夫素士所能預……甥雖不敏，竊有志於二宗。欲為儒宗著秦漢以來學術之流派。為文宗紀羲畫以降文藝之盛衰。將以匯納眾流，昭蘇群惑。懸藝海之北辰，示儒術之總龜，振斯道於陵夷，繼危害於將絕。體制草創，篇帙未具，并力綴輯，皓首為期。貯以鐵函，藏諸石匱，亦經甘樵蘇之棄，未敢希國門之懸耳。」
馬一浮十分重視讀書的方法，他的《讀書法》是他教育思想的重要組成部分。馬一浮在復性書院開講時，專門講了《讀書法》一講。在《讀書法》中，他不僅闡發了格物致知的理學思想，還著重論述和總結了讀書的方法和經驗。馬一浮認為，讀書須先調心，也就是要定心，要集中精力。他說：「欲讀書，先須調心。心氣安定，自易領會。若以散心讀書，博而寡要，勞而少功，必不能入。以定心讀書，事半功倍。隨事察識，語語銷歸自性。然後讀得一書，自有一書之用，不是泛泛讀過。」馬一浮在《讀書法》中，不僅談了讀書須先調心，還反覆談了讀書一定要窮理、窮理要切己用力。他說：「學必資於讀書，而但憑讀書，實不足以為學。學有聞見之知和德性之知。聞見之知，亦有淺深、小大、邪是不同，然俱不是真知。德性之知，方是真知。」
馬一浮認為，讀書之道應該從四個方面去努力：一曰，通而不局；二曰，精而不雜；三曰，密而不煩；四曰，專而不固。他說：「通，則曲暢旁通而無門戶之見。精，則幽徽洞徹而無膚廓之言。密，則條理謹嚴而無疏略之玻專，則宗趣明確而無泛濫之失。不局，不雜，知類也。不煩，不固，知要也。類者，辨其流別，博之事也。要者，綜其指歸，約之事也。讀書之道，盡於此矣。」