馬寅初與劉大鈞、何廉、方顯廷並稱民國的中國四大經濟學家。林毅夫、胡書東在《中國經濟學百年回顧》講到：「他們有一個共同的特點，在國外接受過嚴格、系統的經濟學理論和方法的訓練，同時又都懷著強烈的救國救民意識，努力用先進的理論的方法研究、解決當時的中國本土經濟問題」。
馬寅初由於仗義執言在20世紀40年代受到過國民黨當局的拘捕、關押和軟禁，也受到過國民政府軍事委員會調查統計局特務的恐嚇與毆打，然而，馬寅初不改初衷。郭沫若曾經這樣稱讚：「你這個馬寅初啊，可是個蒸不爛、煮不熟、捶不爆的響噹噹的一枚『銅豌豆』。」當時的輿論界認為：「今日馬寅初先生在中國經濟學界的聲望和地位，可與過去文學界的巨人魯迅相比。在爭取國家自由、民族解放的過程中，馬寅初與魯迅一樣，遭受著惡勢力的仇恨，但卻雄視闊步於各種壓迫之下，始終敢說，敢笑，敢怒，幾十年來態度一貫。」
粉碎「四人幫」後的第三個夏天，主持平反冤假錯案工作的中央組織部長鬍耀邦在認真審閱有關馬寅初的材料後，動情地說：「當年毛主席要是肯聽馬寅初一句話，中國今天的人口何至於會突破十億大關啊！批錯一個人，增加幾億人。我們再也不要犯這樣的錯誤了。共產黨應該起誓：再也不準整科學家和知識分子了！」
重慶《新華日報》為馬寅初六十歲辰送去的壽聯是：「不屈不淫征氣性，敢言敢怒見精神。」
1941年3月30日馬寅初六十壽辰，周恩來同董必武、鄧穎超聯名送了對聯：桃李增華，坐帳無鶴；琴書作伴，支床有龜。
現任北大校長許智宏在紀念座談會上稱之為「永恆的北大之光」，高度讚譽：「馬寅初先生的風骨不僅傳承了北大精神，而且發展了北大精神。」
宋運郊：六十餘年來我見過許多許多校長，最讓我敬佩的還是馬老，馬寅初校長。在我心中，沒有一個校長能夠超過他。
研究者稱，馬寅初在50年代「單槍匹馬」挑戰主流意識形態，與「北大之精神」若合符節。
有一本關於北大校長的書，寫馬寅初那篇，標題赫然是：為真理而死，壯哉！為真理而生，難矣！