馬寅初出生時，有位算命先生對他父母說：「此子貴不可言——五馬俱全（馬年馬月馬日馬時出生，還姓馬）」。
解放前嵊縣綁匪較多，所綁肉票，多藏匿於上海租界，為此租界捕房囑咐旅館，遇嵊縣人住宿要仔細盤問。有一次馬寅初去租界旅館投宿，稱是嵊縣人，旅館登記人員一聽，怕找麻煩就一口回絕了，連找數家都是如此，最後自稱為紹興人，才住上旅館。
1916年，馬寅初任國立北京大學經濟學系教授兼系主任。當年的北大教授大都是乘人力車到校授課，唯有馬寅初乘坐的是中國銀行的大馬車。
1919年初，北大教授評議會決定取消文、理學長，提出設立教務長，統管文、理、法三科。教務長的權力處在校長之下、教授之上，因此成為各科教授爭奪的焦點，尤其是教授力量最強的文、理二科的教員更是志在必得。最後經過商量，決定各科推出一名候選人。當時，文科推出陳大齊，理科推出俞同奎，法科推出馬寅初。最後在評議會正式選舉時，為避免無謂的爭端，校長蔡元培投了馬寅初一票，因此，當時回想奔喪的馬寅初成為了北大歷史上第一任教務長。
1922年7月3日，胡適在日記中回憶說：「當時原議教務長只限於文理二科合成的本科，而不管法科。尹默又怕我當選，故又用詭計，使蔡先生於選舉之日打電話把政治、經濟兩系的主任加入；一面尹默親來我家，說百年（陳大齊）等的意思不希望我第一次當選為教務長。他們明說要舉馬寅初（經濟系主任）。我本來不願當選，但這種手段是我不能忍耐的；……但後來尹默與寅初又成冤家，至今不已。」
解放初期，北京大學中文係為郭良夫老師舉行婚禮。身為校長的馬寅初便抽空去祝賀。郭良夫當時只是一名普通教師，見校長親自前來祝賀，心情非常激動，便同新娘一起向校長敬酒。馬寅初應邀即席發言：「我想你這個新娘應該放心了，因為根據新郎大名，他一定是位好丈夫。」馬老的幽默引起滿場的歡笑。
在北大學生當中，馬寅初歷來是傳奇人物，一是他的謙恭敬業，二是他的尊師愛生，三是他的不拘行跡不拘言辭（例如他常說的口頭語「兄弟我」），四是他對共產黨的恭敬尊重，不犯規矩，例如他對一些政治原則問題從不胡亂表態，都是說，「這個事情應當請示江（隆基）先生，我們是有分工的，他做得比我好」。
馬寅初出任北大校長期間，翦伯贊曾任歷史系主任，負責過北京大學校刊。一次馬寅初寫了一篇文章，是關於健美養生的，交給了校刊部。翦伯贊見了，皺著眉頭說：「這文章怎麼能在校刊上發呢？」堅決不讓發。馬寅初有意見，一次，在會上說：「我的文章挺好的，為什麼不讓發？」說歸說，翦伯贊並不理「上級」的話，仍不讓發，馬寅初也沒有辦法。可見當時北大的氛圍還是很民主。
1956年秋天，章廷謙在北大講授中國文學史課。章是浙江紹興人，魯迅的學生，嗜酒，且只飲黃酒，自己坦言早上起來必先喝夠了酒才能上課，尤其是冬天，因此他的課必定是上午的第三第四節。一天章講柳永的詞作《雨霖鈴》，且吟且解說，當說到酒字時，章先生滔滔不絕地講起了歷代有關酒後意境的詩詞佳作，古人的酒儀酒具，諸如「舉案齊眉」等等，說得滿臉漲紅，舞之蹈之，神采飛揚。先生精神振奮，學生氣氛活躍。正是高潮處，教室門輕輕地開了。那天宋運郊到得晚，只能在靠門口的座位就坐，文史樓的階梯教室門開在教室東面正中。他抬頭一看，是馬寅初，正要招呼，馬寅初半彎身子示意不要聲張，要繼續聽課。台下馬老在靜心聽課，台上章先生照講不停。馬老聽了三五分鐘，俯身彎腰問宋：這位是誰？宋告訴他是章廷謙先生。又問：紹興人？宋點頭肯定。最後馬寅初問他：你們認為講得如何。宋說闡述得很精彩。他笑一笑說：「章先生真是海量啊！」然後輕輕轉身出了教室。
馬寅初講課很少翻講義，講得激動時，往往走下講台，揮動手臂，言詞密集，如同陣雨。一些坐前排的學生說：「聽馬先生上課，必須撐雨傘。」
馬寅初在向北大師生宣講他的「新人口論」理論，談中國人口增長過速的原因時，總結出了好幾條，其中三條是：一是和尚尼姑大量還俗，增加了生產力；二是中國生活水平低，素食民族比肉食民族生育率高；三是中國農村大部分地區沒有電燈，早早躺下睡覺，不多生孩子才怪。
蔡元培、吳稚暉和邵元沖、張默君夫婦以及馬寅初，一行人來游雁盪山。蔡元培是前清翰林出身，吳稚暉是民國元老，文才口才都十分了得，邵元沖、張默君、馬寅初也非等閑之輩，無疑都是雅人。那天他們來到梯雲谷雲潭瀑，馬寅初走得熱了，愛那潭水清涼，便躍身入潭暢遊起來，蔡元培笑道：「此潭可有名稱？」生性詼諧的吳稚暉戲謔道：「洗馬潭。」
「文革」開始了，社會上出現了「破四舊」的極左行動。一天早飯後，馬寅初把家人叫到客廳，盡量以一種平靜的語氣說：「近來我一直思考一件事情，總猶豫不定，現在我決定了。今天，你們都不要出去，我們全家自己動手來破『四舊』。這樣做，雖然可惜，也非常痛苦，但不這樣做，又有什麼辦法呢？與其讓別人燒，不如自己燒！」於是一件件珍貴的文物以及馬寅初多年積累的資料被送進鍋爐。
馬寅初一直堅持洗冷水澡，他在北大演講，大講自己幾十年如一日堅持冷水浴的樂趣，甚至在火車上也必須弄桶水來沖涼，「涼水一激，汗毛孔里的泥垢就出來了。」
馬寅初的兒子馬本初說，馬寅初1961年以80高齡回故鄉城嵊縣視察，因洗冷水澡而患上肺炎，才終止了這一習慣。
北大當年的學生回憶入學時，聆聽馬寅初校長講話時的情形，他們的感覺是「有一股撲面而來的熱情和不加修飾的真率」。而他們看見馬校長，第一個印象是，「身體出奇地棒，當時他年已古稀，雖然鶴髮稀疏，卻有紅潤的童顏。他仍常常在假日到西山去爬山，還常年堅持洗冷水澡，在北京冬天那寒風刺骨的河岸上，老人家光著身子往冷水裡跳」。