馬寅初在浙江省財政廳任職時，一日，一個陌生人找到他家。馬寅初不在家，那人對在馬家打雜的老潘說：「老兄，我是德清縣來的，有樁事想請你幫幫忙。這300塊銀洋給你吸煙，這2000塊銀洋是送給馬先生喝茶的。小弟被提名為縣長。報道省里已一個多月，至今尚未批下。馬先生德高望重，又與批放縣長的某君是莫逆之交，望老兄在馬先生面前美言幾句，請他幫我在某君處催一催。倘若事成，定當重謝。」話一說完，即告辭而去。馬寅初回來，老潘如實稟報。不等他講完，馬寅初已眉頭緊鎖，大聲罵道：「真是無恥之極！這像蚊子叮菩薩——找錯了人。這種人，今天用1300塊銀洋來打通關節，萬一當上縣長，一定也是一個貪官污吏。單憑這一點，他就沒有資格當縣長。老潘你千萬牢記，今後絕不能收這種臭錢，你馬上把這筆錢如數還給他。」老潘只好將錢如數歸還。
馬寅初特別看不起靠美國老闆過日子的孔祥熙，見面總要諷刺他幾句。有一年，孔祥熙做五十大壽，馬寅初也接到請柬。馬寅初去時，提著3斤挂面2斤肉。這點禮物，送給堂堂的國民黨財政部長，實在是太寒酸了。不過，孔祥熙倒也不計較。壽宴開始，有人提議猜拳助興。有人說猜拳助興不文雅，還是講笑話好，因為孔祥熙很會講笑話，這個人是想巴結他。開始講笑話的時候，大家知道馬寅初學識淵博，口才又好，便齊聲要他先講。馬寅推辭不過，便說：「我不會講什麼笑話，只會講故事。現在講一個故事為大家助興。」大家拍手叫好。馬寅初說：「從前有兄弟三人，老大叫年紀，老二叫學問，老三叫笑話。一天，父親叫三兄弟一同上山砍柴，傍晚三兄弟回家，父親看到『年紀』砍一把，『學問』一點都沒有，只有『笑話』砍了一擔。」這個故事顯然是諷刺孔祥熙「年紀一把，學問全無，笑話一擔」。
解放前，馬寅初在大庭廣眾下質問「蔣委員長」的連襟，財政部長孔祥熙的經濟問題，搞得孔部長結結巴巴地說：「我是『孔夫子』的後代，我不會貪污！」一時傳為笑話。
1938年，馬寅初指責孔、宋家族大發國難財。於是有人奉命來勸說馬寅初，說可以將北碚立法院的好房子讓他居住，想購買黃金，只要他提個數字，就可以照辦，如果要去美國考察，不論長住或短期都可以，經費不成問題。對此，馬寅初發表聲明：
一、在此國難當頭，我絕不離開重慶去美國考察；
二、為了國家和民族的利益，我要保持說話的自由，國民黨政府的立法院沒有多大意思，我絕不去北碚居住，並要逐漸同立法院脫離關係；
三、不搞投機生意，不買一兩黃金，一元美鈔。有人想要封住我的嘴，不讓我說話，這辦不到！
馬寅初目睹官商勾結，腐敗盛行，物價飛漲，民不聊生，經常點名批評當局，在社會上產生很大影響，為蔣介石政府所忌。一日，蔣介石召見了重慶大學校長葉元龍，將其大罵一通：「下周四擬陪同他（馬寅初）到我這兒來，我要當面跟他談談。他是我的長輩，又是同鄉，總要以大局為重！」葉回校後，怕碰釘子，讓侄兒去找馬寅初傳達這個消息。馬寅初聽後，火冒三丈：「叫校長陪著我去見他，我不去！讓憲兵來陪著我去吧！」馬寅初又說：「委員長是軍事長官，我是個文職，文職不去拜見軍方！再說，我給委員長講過課，他是我的學生。學生不來拜見老師，倒叫先生去拜見學生，豈有此理！假如真有話要說，叫他來找我！」蔣介石知道後，十分生氣，又無可奈何，只好對葉說：「我是想同他談談經濟問題。你回去告訴他，以後有時間，隨時都可以來找我。」但馬寅初始終未去見蔣。
抗日戰爭期間，有一次馬寅初在重慶大學商學院大禮堂演講，台下混進了國民黨特務，情況很危險。馬老帶了女兒和棺材上台。他說：「為了真理，我不能不講。我帶了棺材，是準備吃特務的子彈；帶女兒來是讓她親眼看著，特務是怎樣卑鄙地向她爸爸開黑槍的，以便她堅定地繼承我的遺志。」接著，他話鋒一轉，就針對國民政府的種種腐敗狀況，四大家族的企業、財產等等算了一筆細賬。他的演講，贏得了陣陣春雷般掌聲，使混在台下的特務不敢貿然下手。國民黨當局大為震驚，連連派人以高官、美金為誘餌，勸他不要再發表此類演說，但馬寅初一一嚴詞拒絕，後來逼得蔣介石親自派人去請馬老，說有事敘談，馬老照樣拒絕了。
後蔣介石又派人遊說馬寅初：「委員長說了，您是他的老前輩，既是老師，又是浙江同鄉，委員長準備推薦您擔任財政部長，或者是中央銀行行長。」馬老笑道：「你們想弄個官位把我嘴巴封住，辦不到！」來人又說：「那麼，請馬老先生買些美鈔吧，政府批給您一筆外匯，這可是一本萬利的生意啊！」馬老生氣地說：「不，不！這種豬狗的生意我不做！我不去發這種國難財！」馬老「不做豬狗生意」的話在民間廣泛流傳，贏得喝采。蔣介石惱羞成怒，下令把他幽禁在貴州。抗戰勝利後，馬老恢複自由，在上海工商學校任教，勇敢揭露國民黨發動內戰的陰謀。他還不顧特務威脅，給家人留下遺囑，只身前往南京演講。
1960年，馬寅初辭去北大校長之職。滿腹經綸而又剛直不阿的他，賦閑了。馬寅初畢竟經過風雨，見過世面，能夠泰然處之，他喜愛這樣兩句話：「寵辱不驚，閑看庭前花開花落；去留無意，漫觀天外雲捲雲舒。」