馬寅初常對人說：「言人之所言，那很容易，言人之所欲言，就不太容易，言人之所不敢言，就更難。我就言人之所欲言，言人之所不敢言。」
馬寅初因人口理論受到批判，北大開大會批他，會議開始了很久，而馬寅初的人還沒到。於是派人把他「請」了過來，他到場之後，搬了張椅子坐在台前泰然自若。此時，台下有人開始喊口號，馬寅初卻很鎮靜地說：「我這個人每天洗冷水澡，不管多冷的天都不怕。現在天氣不冷，給我洗熱水澡，我就更不在乎了。」
1958年，在一次全校的批判大會上，馬寅初高聲大喊：「我沒有再課堂里上課，但我要用自己的文章來教育北大學生堅持真理。」後來，馬寅初又在一篇文章中寫道：「我平日不教書，與學生沒有直接的接觸，總想以行動來教育學生，我總希望北大的一萬零四百名學生在他們求學的時候和將來在世紀工作中要知難而進，不要一遇困難便低頭。」
1958年4月陳伯達突然襲擊馬寅初，在北大的慶典上公開要求「馬寅初要對他的《新人口論》作檢討！」發表在各大報刊雜誌上的攻擊文章像雪片一樣，北大校園內批判馬寅初的大字報竟達近萬張。馬寅初先生，表現出毫不畏懼的浩然正氣。他拒不作任何無原則的檢討，與責難者公開辯論，面對那些借政治打壓學術的投機分子，他說「潑冷水是不好的，但對我倒是很有好處。我最不怕的是冷水，因為我洗慣了冷水澡，已經洗了五十年了，天天洗，夜夜洗，一天洗兩次，冬夏不論，對我潑冷水，我最歡迎。」同年7月，陳夫子（陳伯達）敗下陣來後，「理論權威」、「整人高手」康老夫子（康生）親自破掛上陣，在北大的批判大會上，他指責馬寅初「是馬爾薩斯的馬」。馬寅初毫不示弱，當眾反擊道：「我是馬克思的馬！誰說我是馬爾薩斯主義，我就認他為教條主義者，反列寧主義者」。一時間會場嘩然。
1958年5月4日，北京大學舉辦60周年校慶，陳伯達出席並做紀念講話。陳伯達沖著坐在主席台上的馬寅初，厲聲說：「馬寅初要對他的《新人口論》作出檢討！」馬寅初聽此言，微微仰著臉，望著陳伯達的頭頂，一言不發，視若無物。
1959夏天，馬寅初隨人大視察團赴外地視察回到北京。周恩來代表毛澤東、黨中央找他談話。因為馬寅初不服輸，認準了理，談話自然是談不攏。最後，周恩來近乎用一種哀求的口吻說：「馬老啊，你比我年長16歲，你的道德學問，我是一向尊為師長的。1938年你我在重慶相識，成了忘年之交，整整有20年了啊。人生能有幾個20年呢。這次，你就應我一個請求，寫一份深刻的檢討，檢討了，你好，我好，大家好，也算是過了社會主義這一關，如何？」但馬寅初對周恩來說：「吾愛吾友，吾更愛真理。為了國家和真理，應該檢討的不是我馬寅初！」
面對批判的聲浪，馬寅初再次發表聲明：「我對我的理論有相當的把握，不能不堅持，學術的尊嚴不能不維護。我雖年近八十，明知寡不敵眾，自當單槍匹馬，出來應戰，直到戰死為止，決不向專以力壓服、不以理說服的那種批判者所投降！因為我對我的理論有相當的把握，不能不堅持，學術的尊嚴，不能不維護。」
1959年12月到1960年1月，北大批判馬寅初之風塵囂上。面對此局面，馬寅初一再聲明：「我認為這不是一個政治問題，而是一個純粹的學術問題。學術問題貴在爭辯，越辯越明，不宜一遇襲擊，就抱『明哲保身、退避三舍』的念頭。相反，應知難而進，決不應向困難低頭。我認為在研究工作中事前要有準備，沒有把握，不要亂寫文章。既寫之後，要勇於更正錯誤，但要堅持真理，即於個人私利甚至於自己寶貴的性命，有所不利，亦應擔當一切後果。」他還在一次批判會上對北大學生說：「同學們，我希望你們能夠戰勝我，但是要用科學，而不是大棒。」
當年，北大所有的刊物和全國各地的報紙猛烈批判《新人口論》，馬寅初卻拒不檢討，堅決不寫檢討文章，照常笑眯眯地出入北大燕南園住所，「圓圓一張臉像彌陀」。所以董橋曾撰文，讓今人「學學馬寅初的硬朗」。這種「硬朗」，自在北大學生的回憶中：「馬校長這塊硬骨頭實在難啃，讓他屈服，沒門；逼他自殺，妄想！」
馬寅初被迫辭去北大校長後，他說：「在北大政治上我是不能領導，可是，在學術上我是可以領導的吧！我的人口理論是純粹的學術問題。可是有人硬把它扯成政治問題，我當然不服，現在北大的空氣太沉悶了，學生誰也不敢發表意見，沒有學術空氣。」