1927年到1937年十年間，馬寅初南下浙江、南京、上海，以財政經濟專家身份，參與對國家財政經濟問題的研究，尋找癥結的所在，謀求解決的辦法，全力保護中華民族的利益。1937年到1945年，馬寅初繼續以財政經濟專家身份研究中國的財政經濟，剖析蔣、宋，孔、陳「四大家族」的官僚資本，撰文抨擊「四大家族」趁民族危亡之機大發橫財的罪行。
抗戰爆發後，馬寅初擁護抗戰，反對國民黨的不抵抗政策。1939年5月，在八路軍重慶辦事處擔任領導工作的周恩來與王若飛在重慶會見了當時擔任重慶大學商學院院長兼教授的馬寅初。周恩來對這位年長自己16歲的紹興籍學者十分尊重，對馬寅初提出的為抗戰徵收臨時財產稅的主張十分支持。同時，周恩來以政治家的眼光分析了抗戰的形勢和中國革命該走的道路。這次會見成為馬寅初人生道路上一個重要的轉折點。馬寅初後來在不同場合以及文章中多次說：以前是不與共產黨一起的，1939年以後逐漸靠攏中國共產黨，走向革命了。
多年親歷國民黨的腐敗之後，馬寅初曾說：「為了國家的利益，我是一定跟共產黨走的！」
新中國成立後，馬寅初任中央人民政府常務委員、財經委員會主任、華東軍政委員會副主席、浙江大學校長。1951年6月任北京大學校長。這位飽經憂患的古稀老人，對新中國無比熱愛，與共產黨同心同德。馬寅初的兒子馬本初的三個孩子都是由祖父取名，孫女命名思潤，長孫命名思澤、次孫命名思東。三個名字中都包含著對毛澤東的景仰與信賴。